Formalinle sabitlenmiş ve parafine gömülmüş meme kanseri doku örnekleri için yeni bir DNA izolasyon protokolu gelistirme

Kütüphanelerde uzun süre saklanan formalinle sabitlenmiş ve parafine gömülmüş (FFPE) dokulardan nükleik asitlerin ekstraksiyonu ve kullanımı için teknikler geliştirilmiştir. Bununla birlikte, FFPE dokularından ekstrakte edilen DNA genellikle hasar görür ve uzun süreli depolama, DNA kalitesini etkileyebilir. Bu nedenle uzun süreli depolamanın FFPE dokuları üzerindeki etkisinin aydınlatılması ve bunlardan kaliteli ve yeterli DNA elde etmek için kullanılan tekniklerin geliştirilmesi önemlidir. Bu projede meme kanseri dokularının FFPE bloklarından DNA izolasyon protokolü oluşturmayı amaçladık. Farklı meme kanseri türlerinden toplam 30 FFPE meme kanseri doku bloğu üç tekrarlı olarak analiz edildi. Bloklar, incelemeden önce Harran Üniversitesi Hastanesi'nde cerrahi olarak elde edildi ve sabitlendi ve ardından birkaç yıl boyunca 4 santigrat derecede saklandı. DNA kalitesinin ortalama spektrofotometre ölçümleri 1.9 (A260/A280) ve 1.4 (A260/A230) idi. Ortalama DNA miktarı, mikrolitre başına 78.2 nanogram olarak bulundu. DNA ekstraksiyonunun sonuçları, yeni nesil dizileme teknolojileri gibi tüm DNA tabanlı yöntemler için uygundur. Geliştirilen DNA ekstraksiyon protokolünün, yaygın olarak bulunan kimyasallar ve solüsyonlarla birlikte altı kolay adımı vardır. Meme kanserinin FFPE doku bloklarından geliştirilen protokol ile 30 örnekten üç saatten kısa sürede ve örnek başına 1 dolardan daha az bir maliyetle DNA elde etmek mümkündür. Geliştirilen protokolün patoloji laboratuvarlarında ve kütüphanelerde FFPE bloklarının hazine sandığını açmak için birçok avantajı bulunmaktadır.