Diyabetli hastaların kök kanal enfeksiyonlarındaki mikrobiyal komünite

Amaç: Bu çalışmanın amacı Diabetes Mellitus hastalığının kök kanal enfeksiyonlarındaki mikrobiyal floraya etkisini değerlendirmektir. Yöntem: Çalışmaya 18-65 yaşları arasında diyabet hastalığı olan (n=21) ve sistemik olarak sağlıklı olan (n=18) toplam 39 hasta dahil edildi. Endodontik tedavi öncesinde kök kanallarından steril kâğıt konilerle örnek alındı ve içerisinde PBS bulunan eppendorf tüplerine konularak -80 °C'de saklandı. Örneklerin 16S rRNA analizleri yapılarak V3-V4 hiperdeğişken bölgeleri Illumina Miseq platformu kullanılarak sekanslandı. DADA2 algoritması ile elde edilen Amplikon Dizi Varyantlar QIIME2 sistemine aktarılarak SILVA veri tabanı ile haritalandı. Örneklerdeki bakteri topluluklarının alfa ve beta çeşitlilikleri, R'deki phyloseq paketi (sürüm 4.1) kullanılarak sırasıyla Kruskal-Wallis testi ve çift yönlü permütasyonel çok değişkenli varyans analizi (PERMONOVA) kullanılarak yapıldı. Diferansiyel olarak bol bulunan taksonlar doğrusal diskriminant analizi etki büyüklüğü (LEfSe) kullanılarak tanımlandı. Bulgular: Diyabet hastalarının dişlerinin 12'si ısrarcı apikal periodontitis (IAP), 9'u birincil apikal periodontitis (BAP) tanısına sahipti. Sistemik olarak sağlıklı 18 hastanın dişlerinin ise 12'si BAP, 6'sı IAP tanısına sahipti. Diyabetli ve sağlıklı hastalardaki BAP örneklerinin mikrobiyal kompozisyonlarının alfa ve beta çeşitlilik analizleri benzer bulundu. Diyabetli ve sağlıklı hastalardaki IAP örneklerinin alfa çeşitlilik analizleri benzer, beta çeşitlilik analizlerinden Weighted Unifrac (p=0.01) ve Unweighted Unifrac (p=0.02) analizlerinde istatistiksel olarak anlamlı fark bulundu. Diyabetli hastalardaki BAP ve IAP'ın mikrobiyal kompozisyonunun tür çeşitliliği Fisher alpha analizinde (p=0.04), Beta çeşitliliği ise Bray curtis (p=0.02) ve Weighted Unifrac (p=0.04) analizlerinde istatistiksel olarak anlamlı bulundu. Diyabetli hastaların mikrobiyal kompoziyonunda farklılığı oluşturan biyobelirteçler IAP'ta p.Synergistota, g.Fretibacterium, g.Bacteroides, g.Actinomyces, g.Escherichia shagella, g.Rothia ve g.Blautia; BAP'ta f.Bifidobacteraceae ve o. Bifidobacteratess olarak belirlendi. Sistemik olarak sağlıklı hastaların IAP'ta farklılığı oluşturan biyobelirteçler ise p.spirochaetota, g.Bacteroides, g.Leptotrichiaceae olarak belirlendi (LDA>1). Sonuç: Diyabetlilerdeki BAP ve IAP mikrobiyal kompozisyonunun farklı çeşitlilikte olduğu bulundu. Diyabetli hastalarda sistemik olarak sağlıklı hastalara göre taksonomik kompozisyonunda filum, cins, tür düzeyinde daha fazla bakteri tespit edildi. Anahtar Kelimeler: Diabetes Mellitus, Kök kanal enfeksiyonu, Yeni nesil dizileme, Apikal periodontitis, Endodontik mikrobiyoloji