DNA dizi analizinde hizalamasız karşılaştırma için yeni yaklaşımlar

Teknolojinin hızlı gelişiminin bir sonucu olarak ortaya çıkan büyük boyutlardaki biyolojik verinin işlenmesinde geleneksel biyolojik ve istatistik metotlarının yetersiz kalması, konuyu bilgisayar biliminin çalışma alanları arasında odak noktalarından biri haline getirmiştir. Benzerlik, hesaplamalı biyoloji ve biyoinformatikte DNA dizi analizinin anahtar süreçlerinden biridir. Evrimsel ilişkileri, gen fonksiyon analizini, protein yapı tahminini ve dizi eşleşmelerini araştıran neredeyse tüm araştırmalarda, benzerlik hesaplamaları yapmak gerekmektedir. Yüksek hesaplama maliyetiyle sonuçlanan hizalamaya dayalı dizi karşılaştırma yöntemlerine bir alternatif olarak, diziyi farklı bir uzayda sayısallaştırarak, tanımlanan yeni matematiksel tanımlayıcılarla benzerliği hesaplayan hizalamasız yöntemler ortaya çıkmıştır. Bu tez çalışmasında hizalamasız DNA dizi benzerlik analizinde yeni yaklaşımlar önerilmiştir. Önerilen metotlarla DNA dizileri arasındaki benzerliklerin tespitinde kullanılmak üzere özellik çıkarım süreçleri tasarlanmıştır. Uzunluktan bağımsız olarak çalışan metotların farklı uzunluktaki DNA dizileri üzerindeki etkisini test etmek üzere, literatürde kullanılmış üç farklı veri seti ele alınmıştır. Elde edilen özellik vektörlerinin benzerlik metrikleri ile ilişkileri tanımlanmış ve referans olarak kullanılan filogenetik ağaçlarla karşılaştırılmıştır. Testler neticesinde önerilen metotların elde ettiği sonuçların başarılı ve kabul edilebilir oldukları görülmüştür.