Doğal fenolik ve flavonoid bileşiklerin insan kolorektal karsinom hücreleri üzerindeki İn Vitro ve İn Siliko etkilerinin moleküler düzeyde araştırılması

Kanser dünyada ve ülkemizde yüksek mortalite oranlarıyla kalp damar hastalıklarından sonra gelen en önemli sağlık sorunlarından biridir. Yüksek mortalite oranlarında üst sıralarda yer alan Kolorektal kanser (KRK), şiddetli metastaz özelliğine sahip olan ve erken teşhis dışında tedaviye yanıt vermesi zor olan kanser türlerindendir. Tedavide kullanılan geleneksel yöntemler KRK gibi şiddetli metastatik özelliğe sahip kanser türlerinde yetersiz kalmaktadır. Geleneksel yöntemlerin yetersiz kalması yeni ve alternatif tedavi metotları üzerine yoğunlaşılması gerektiğini düşündürmektedir. Son zamanlarda yapılan çalışmalarda KRK kanser tedavisi için bitkisel tabanlı ilaçlar geliştirilmiş ve sıkça kullanılmaya başlanmıştır. Bitkilerin zengin içeriğinden yararlanılarak geliştirilen bu yeni yaklaşım özellikle bitki içeriğinde yer alan fenolik bileşikler tarafından gerçekleştirilmektedir. Bu çalışmada P53, BCL-2, MLH-1, HIF, Bax, Kaspaz-3, APAF-1, Kras, APC ve VEGF proteinleri RCSB veri tabanından elde edilerek AutoDock Vina programı ile moleküler docking çalışmaları için hazırlanmış, eksik atomları tamamlanmış ve grid tanımlamaları yapılmıştır. Klorojenik asit, Ellagic asit, Gallik asit, Hidroksisinnamik asit, Tannik asit, Epikateşin, Kateşin, Antosiyanin, Kaempferol, Resveratrol, Kuersetin, Hesperidin, Apigenin, Luteolin, Ginkgolide B, Epigallocatechin-3-gallate, Naringenin, Myricetin, Pterostilbene, Genistein, Daidzein, Glycyrrhizin, Rutin, Luteolin-7-O-glucuronide, Chrysin, Ferulik asit, Proantosiyanidin, Flavanon, Pinoresinol ve Lariciresinol gibi doğal bileşiklerin 3D yapıları DrugBank ve PubChem veri tabanlarından elde edilerek PDB formatına çevrilmiş, enerji minimizasyonları yapılmış ve bağların döndürülebilir olması sağlanmıştır. Tüm bu bileşiklerle tüm hedef proteinler arasında moleküler docking çalışmaları gerçekleştirilmiş, bağlanma enerjileri hesaplanmış ve en uygun bağlanma konformasyonları PyMOL programı ile görselleştirilmiştir. Moleküler docking çalışmaları sonucunda bağlanma enerjisi en yüksek olan fenolik bileşik olarak belirlenen Tannik asit (TA), insan kolon kanseri hücre hattı HT-29 ve sağlıklı kolon epitel hücre hattı CCD-18Co üzerinde In vitro koşullarda değerlendirilmiştir. Yapılan sitotoksisite analizlerinde, Tannik asitin HT-29 hücrelerinde 37.6 µM'lik IC₅₀ değeri ile belirgin bir sitotoksik etki gösterdiği, buna karşın CCD-18Co hücreleri üzerinde hücre canlılığını anlamlı şekilde etkilemediği ve IC₅₀ değerinin 200 µM üzerinde olduğu saptanmıştır. Bu bağlamda elde edilen veriler, moleküler docking yöntemi ile düşük maliyetli ve hızlı bir ön tarama sonucu belirlenen fenolik bileşiklerin, In vitro düzeyde antikanser etkilerinin ortaya konulmasında önemli bir ön hazırlık sağlayabileceğini göstermektedir. Tannik asitin özellikle kolon kanserine karşı etkili olması ve sağlıklı hücrelere minimal zarar vermesi, bu bileşiğin potansiyel bir terapötik ajan adayı olabileceğine işaret etmektedir. Ayrıca bu çalışma, kolon kanseri tedavisinde alternatif ve hedefe yönelik yeni doğal bileşiklerin geliştirilmesine katkı sunarken, literatürde bu konuda eksik olan verilere de ışık tutmaktadır. Anahtar Kelimeler: Moleküler Docking, Kolon Kanseri, Sitotoksisite, Fenolik Bileşikler