Dört farklı kansere ait transkriptom verisinin in silico karşılaştırılması ve pankreas kanserine özgü biyobelirteç adaylarının belirlenmesi

Pankreas kanseri en yaygın görülen kanserler arasında dünyada on birinci sırada yer almaktadır. Kanser ilişkili ölümlerde ilk üç sırada yer alan akciğer, kolon ve mide kanserlerinin beş yıllık sağkalımı sırasıyla %19, %65 ve %20 iken yedinci sırada yer alan pankreas kanserinde bu oranın %9 olması pankreatik tümörleri en ölümcül neoplazmlardan birisi yapmaktadır. Literatürde bildirildiği üzere pankreas kanserinde rol oynayan temel mutasyonlar ve bozulan sinyal yolakları tanımlanmıştır. Ancak pankreas kanserinin diğer epitel kanserlerden daha agresif ve metastaz eğilimli olmasında rol oynayan pankreas spesifik moleküler hedefler hakkında yeterli veriye rastlanmamıştır. Ayrıca pankreas kanserinde yeni tedavi hedeflerine ve prognostik/prediktif biyobelirteç tanımlanmasına da ihtiyaç duyulmaktadır. Önerilen tez çalışmasında bu ihtiyaçlar göz önüne alınarak, pankreas kanserini çalışmada incelenen diğer epitelyal kanserlerden daha ölümcül statüye taşıyan gen ifade değişimlerinin tespit edilmesi ve bu genlerin rol aldığı biyolojik süreçlerin incelenmesi amaçlanmıştır. Çalışmamız kapsamında pankreas kanseri, akciğer kanseri, mide kanseri ve kolon kanseri transkriptom verileri analiz edilerek in silico karşılaştırılmıştır. Pankreas kanserine özgü ifadesi anlamlı değişen genlerin rol aldığı biyolojik süreçler ve sağkalım üzerindeki etkileri araştırılmıştır. Çalışmamızın sonucunda pankreas kanserinde metabolizma, immünite, hücre ölümü süreçleri ve metastatik karakterde rol oynayan on dört gen biyobelirteç adayı olarak saptanmıştır. Biyobelirteç adaylarının literatür taramasının bulgularımızı destekler nitelikte olması tez çalışmamızın tasarımında, analiz yaklaşımlarında ve kullanılan araçların seçiminde uyguladığımız metadolojik yaklaşımın başarılı olduğunu göstermektedir.