Üçlü negatif meme kanserinde temel kromatin düzenleyicilerinin etkileşim partnerlerinin incelenmesi

Üçlü negatif meme kanseri (TNBC) oldukça invazif olan ve HER2, östrojen ve progesteron reseptörlerinin yokluğu ile ortaya çıkan bir meme kanseri türüdür. Spesifik hormon reseptörlerinin eksikliği, geleneksel hedefe yönelik tedavilerin başarısız olmasına sebep olmaktadır. Tedavi seçeneklerinin yetersizliği ve genetik yolakların kompleksliği bizi üçlü negatif meme kanserinde epigenetik çalışmalara yönlendirmiştir. Önceki çalışmalarımızda, özgün bir epigenetik düzenleyici olan SS18L2'nun TNBC hücre canlılığında etkileri olduğu gözlemlenmiştir. SS18L2 (Synovial Sarcoma Translocation Gene on Chromosome 18- Like Protein 2), BAF (SWI/SNF) kompleksinde yer alan SS18 ve SS18L1 kromatin düzenleyicilerinin homoloğudur. Literatürde SS18L2 hakkında sınırlı bilgi bulunmaktadır ve SS18L2'nin kanser türleri üzerindeki etkileri henüz bilinmemektedir. SS18L2'nin TNBC hücrelerinin hayatta kalması üzerindeki etkilerini açığa çıkartmak için SS18L2'nin etkileşim partnerleri TNBC hücre modelinde incelenmiştir. SS18L2 etkileşim ağını incelemek için BioID (Proximity Dependent Biotin Identification) metodu uygulanmıştır. BioID füzyon proteinleri, SS18L2 ve homologları SS18 ve SS18L1 için tasarlanmıştır ve hücre temelli deneyler ile teyit edilmiştir. Öncelikle, western blot deneyleri tasarlanmış olan BioID füzyon proteinlerinin etkili ve spesifik olarak üretildiğini göstermiştir. SS18L2, SS18 ve SS18L1 füzyon proteinleri immünofloresan boyamalar ile tespit edilmiş ve temel olarak çekirdekte lokalize olduğu gösterilmiştir. Füzyon proteinlerinin stabil ekspresyonu ile oluşan hücre hatlarının biyotinlenme verimliliği ve pull-down deneyleri test edilmiş, N-BioID füzyonları gelecek deneyler için seçilmiştir. SS18L2'nin özgün ve homologları SS18 ve SS18L1'den farklı olan etkileşim partnerlerinin seçilmesi için kütle spektrometresi deneyleri üç homolog için de gerçekleştirilmiştir. Sonuçlar SS18L2 için LogFC değeri 2'den yüksek 169 adet etkileşim partneri ile birlikte 15 adet LogFC değeri 5' den yüksek ve p değeri 0.001'den düşük olan etkileşim partneri belirlemiştir. Bu etkileşimler çoğunlukla SMARCC1, SMARCD1, SMARCA2/4, ARID1B, GLTSCR1, DPF2, ARID1A, SMARCB1, SMARCC2 ve BCL7 gibi BAF (SWI/SNF) kompleksi üyelerinden oluşmaktadır. SS18 ve SS18L1' in etkileşim partnerleri SS18L2 ile benzer çıkmış, ancak daha fazla protein tanımlanmıştır (sırası ile 374 ve 267). SS28L2 için 17 adet özgün etkileşen protein bulunmuştur, ancak etkileşimlerin önem değerleri düşük olduğundan çalışmalar ilerletilmemiştir. Tümü ile ele alındığında, bu çalışma SS18L2'nin TNBC hücrelerinde BAF kompleks ile etkileştiğini göstermiştir. SS18L2'nin özgün hücrelerde hayatta kalım düzenleyici rolünün arkasındaki mekanizmalar henüz yanıtlanmamıştır ve farklı yaklaşımlar ile daha fazla çalışmaya ışık tutmaktadır. Bu tez, SS18L2'nin kanser üzerindeki rolünü çözmek için güçlü bir temel sağlamaktadır.