Farklı kaynaklardan elde edilen bakteri izolatlarının metagenomik analizi

Mikroorganizmalar, Dünya üzerinde en çok sayıda bulunan biyolojik varlıktır ve en büyük biyolojik ve genetik çeşitliliğini sağlar. Bu çok sayıda mikroorganizma, tüm yaşamı sürdüren enerji ve madde döngülerinde önemli rol oynarlar. Yakın geçmişe kadar bu geniş mikrobiyal dünya çoğunlukla klasik mikrobiyoloji ve kültüre bağlı yöntemlerle araştırılmıştır. Doğrudan çevreden izole edilen büyük rastgele nükleik asit dizileri örnekleri olan metagenomların üretilmesindeki son gelişmeler, mikrobiyal toplulukların bileşimi, yapısı ve işleyişinin kapsamlı portrelerini sunmaktadır. Metagenomik çalışmalar, bir organizmadaki toplam genetik materyalleri ve hücresel fonksiyonların korunmasında kilit rol oynayan deoksiribonükleik asit ve riboz nükleik asit gibi tüm genetik materyalleri tanımlayan yeni ortaya çıkan bir alandır. Bu teknolojinin en iyi yanı, mikrobiyal toplulukların muazzam genetik değişkenliğine anında öncülük etmek için çevresel mikrobiyologlara daha fazla esneklik sağlamasıdır. Bu tez kapsamında İstanbul Üniversitesi Biyoloji Bölümü, Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı (TEMA) Laboratuvarı tarafından Küçükçekmece Gölü, Manyas Gölü ve Batı Karadeniz gibi farklı kaynaklardan alınarak oluşturulmuş bakteri izolatlarının metagenomik analizi yapılmıştır. TEMA Laboratuvarı tarafından ticari olarak mevcut API 20E test sistemi kullanılarak standart biyokimyasal yöntemlerle fenotipik olarak tanımlanan izolatlar, genotipik olarak, 16S bakteriyel rRNA geni, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile amplifiye edildi ve sekanslandı. PCR ürününün dizisi, SILVA ( Version 99) veri tabanındaki bilinen 16S rRNA gen dizileri ile çoklu dizi hizalaması ile karşılaştırıldı. Bu çalışma, klasik yöntemler kullanılarak yapılan fenotipik tanımlamaların hatalara yol açabileceğini ve dolayısıyla daha güvenilir, ucuz ve hızlı tanımlama yöntemlerinden olan Metagenomik analizlerin önemini gösteren örnek bir çalışma olarak değerlendirilebilir.