RNA
172 theses under this subject heading
Crohn hastalarında budesonid ile tedavi öncesi ve sonrasında inflamasyonla ilişkili mikroRNA ekspresyon seviyelerinin araştırılması
Crohn hastalığı, sindirim kanalını tutan tekrarlayan, kronik inflamatuar bir hastalıktır. Hastalığın oluşumunda immun sistem, çevresel ve genetik faktörlerin rol oynadığı düşünülmekte ancak etiyolojisi halen tam olarak bilinmemektedir. MikroRNA (miRNA) molekülleri hücre çoğalması, hücre farklılaşması, organogenez, apoptozis gibi hücresel olayları düzenleyen, kodlanmayan RNA molekülleridir. Anormal miRNA ekspresyonlarının kanserden, nörodejeneratif hastalıklara kadar birçok hastalığın etiyolojisinde rol oynadığı gösterilmiştir. Yapılan çalışmalar, miRNA'ların inflamatuar süreçlerin düzenlenmesi ve inflamasyonla seyreden hastalıkların patogeneziyle yakından ilişkili olduğunu ortaya koymuştur. Bu çalışmada yeni tanı almış Crohn hastalarında budesonid ile tedavi öncesi ve sonrasında inflamasyonla ilişkili miR-744-3p, miR-320a ve miR-17-5p ekspresyon seviyeleri belirlenerek hastalığın patogenezi ve tedaviye verilen yanıttaki potansiyel etkileri incelendi. Çalışmamızda hafif aktiviteli ileoçekal Crohn hastalığı tanısı konmuş olan 20 hastadan budesonid tedavisi öncesi ve sonrasında alınan periferik kan örneklerinden ve 20 sağlıklı kontrol bireyin periferik kan örneklerinden elde edilen miRNA'ların ekspresyon seviyeleri kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) yöntemi ile analiz edilerek gruplar arasında istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Bulgular değerlendirildiğinde, Crohn hasta grubunun budesonid ile tedavi öncesi ve sonrasına ait miRNA-744-3p, miRNA-17-5p ve miRNA-320a ekspresyon seviyeleri kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde yüksek bulundu (tedavi öncesi sırasıyla p=0.000, p=0.000, p=0.004; tedavi sonrası sırasıyla p=0.000 p=0.000 p=0.002). Hasta grubunun tedavi öncesi ve tedavi sonrası miRNA ekspresyon seviyeleri arasında ise istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı (p>0.05). Elde ettiğimiz sonuçlar, miRNA-744-3p, miRNA-320a ve miRNA-17-5p'nin Crohn hastalığı için tanısal spesifik biyobelirteçler olarak kullanılabileceğini, ancak tedavi öncesi ve sonrası ekspresyon seviyelerinde farklılık olmaması, bu miRNA'ların tedavi yanıtı ile ilişkili olmadığını göstermektedir. Bu çalışma sonuçlarının doğrulanması için daha büyük hasta gruplarında yapılacak çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır.
Dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğu etiyogenezinde sirkadiyen ritim ilişkili uzun kodlanmayan RNA'ların düzenleyici rolünün değerlendirilmesi
DEHB, çocuk ve ergenlerde sık görülen, yaşam boyu süren nörogelişimsel bir bozukluktur. Çalışmalar, DEHB'li çocuklarda uyku sorunlarının sık görüldüğünü, bu çocukların kronotipik özelliklerinin sağlıklı kontrollerden farklılık gösterdiğini saptamıştır. Bu nedenle DEHB etiyogenezinde sirkadiyen ritmin önemli bir yere sahip olabileceği düşünülmektedir ancak DEHB'de sirkadiyen ritmi düzenleyen süreçler henüz tam olarak aydınlatılmış değildir. Bu çalışmada, DEHB'li çocuklar ile sağlıklı kontrollerin kronotipik özellikleri ve ana sirkadiyen saat genlerinden CLOCK, PER1 genleri ile daha önce sirkadiyen ritimle ilişkili olduğu gösterilen lncRNA HULC, lncRNA UCA1 genlerinin ekspresyon düzeyleri açısından karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya 43 DEHB kombine tip tanılı çocuk ve 40 sağlıklı kontrol dahil edilmiştir. Katılımcılarla yapılan yarı yapılandırılmış görüşmenin ardından Duygusal Reaktivite Ölçeği, Conner's Anababa Dereceleme Ölçeği-Yenilenmiş Kısa Formu, Çocukluk Dönemi Kronotip Anketi, Çocuklar için Uyku Bozuklukları Ölçeği uygulanmıştır. Gen ekspresyon düzeylerinin belirlenmesi amacıyla katılımcılardan sabah 09:00'da periferal kan örneği alınmıştır. Çalışmamızın sonucunda, kontrol grubuna göre DEHB grubunda akşamcı kronotipin daha yüksek oranlarda görüldüğü, uyku başlatma sürdürme bozukluğu, uyku uyanıklık geçişi bozukluğu ve aşırı uykululuk bozukluğunun daha fazla olduğu, irritabilite düzeyinin daha yüksek olduğu tespit edildi. CLOCK, PER1, lncRNA HULC, lncRNA UCA1 gen ekspresyon düzeyleri DEHB grubunda kontrol grubuna göre istatistiksel olarak anlamlı düzeyde daha yüksekti (p<0,05). DEHB grubunda CLOCK, PER1, lncRNA HULC ve lncRNA UCA1 genlerinin ekspresyon düzeyleri ile kronotipik özellikler, ortalama uyku süresi, sosyal jetlag, SJLsc ve uyku borcu arasında herhangi bir ilişki bulunmazken; CLOCK ekspresyon düzeyi ile hiperaktivite şiddeti arasında (r=0,314; p=0,041), HULC ekspresyon düzeyi ile karşı gelme şiddeti arasında (r=0,315; p=0,040) pozitif yönde zayıf bir ilişki bulundu. Uyku bozukluğunun DEHB varlığını 5,01 kat artırdığı (p=0,002), artan yaşın DEHB varlığını 1,4 kat düşürdüğü (p=0,020) ve cinsiyetin DEHB varlığı için bir risk faktörü olmadığı (p=0,307) tespit edildi. Çalışmamız, DEHB ile lncRNA HULC ve lncRNA UCA1 ilişkisinin gösterildiği ilk çalışma olup, sonuçlarımız her iki lncRNA'nın DEHB etiyolojisinde rolü olabileceğini göstermektedir. Ek olarak sirkadiyen ritim ve uyku sorunları da DEHB etiyolojisinde önemlidir. LncRNA'ların birçok hücresel süreçte düzenleyici rol aldığı düşünüldüğünde DEHB etiyogenezindeki rolünün aydınlatılması için daha fazla araştırmaya ihtiyaç vardır.
Ülseratif kolit hastalarında mesalazin ile tedaviden önce ve sonra inflamasyonla ilişkili mikroRNA düzeylerinin analizi
Ülseratif kolit (ÜK), kolonu rektumdan proksimale doğru sağlam kısım bırakmadan tutan, yüzeyel mukozal tutulum gösteren, remisyon ve alevlenmelerle seyreden, sindirim sistemi dışındaki sistemleri de tutan, etyolojisi tam olarak bilinmeyen kronik inflamatuar bir bağırsak hastalığıdır. MikroRNA (miRNA) molekülleri küçük kodlamayan RNA molekülleri olup; hücrelerin farklılaşması, proliferasyonu, metabolizması ve apoptozis gibi normal biyolojik işlevleri düzenlemektedir. MikroRNA ekspresyon düzeyindeki değişikliklerin kanser, viral hastalıklar, kardiyovasküler hastalıklar ve metabolik inflamasyonla ilişkili birçok hastalığın etyopatogenezinde önemli rol oynadıkları belirlenmiştir. Bu çalışmada, inflamasyonla ilişkili miR-744-3p, miR-320a ve miR-17-5p ekspresyon seviyelerinin ÜK hastalığında potansiyel biyobelirteç olarak kullanılıp kullanılamayacaklarını ve mesalazin tedavisine verilen yanıtla olan ilişkilerini değerlendirmek amaçlandı. Bu amaçla, çalışmaya yeni ÜK hastalığı tanısı almış 20 hasta ve yaş/cinsiyet uyumlu 20 sağlıklı gönüllü dahil edildi. Hasta grubunda mesalazin ile tedavi öncesi ve tedaviden 3 ay sonra, sağlıklı kontrol grubunda ise başvuru anında periferik kan örnekleri alındı. MikroRNA ekspresyon seviyeleri kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) yöntemi ile analiz edildi ve sonuçlar gruplar arasında istatistiksel olarak değerlendirildi. Bulgulara göre, hasta grubunun mesalazin ile tedavi öncesi ve tedavi sonrasındaki miRNA744-3p, miRNA-320a ve miRNA17-5p gen ekspresyon seviyeleri kontrol grubuyla karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmadı (p>0.05). Ayrıca, hasta grubunun tedavi öncesi ile tedavi sonrası miRNA ekspresyon seviyeleri arasında da istatistiksel olarak anlamlı fark bulunmadı (p>0.05). Sonuç olarak çalışmamızın bulguları, inflamasyonla ilişkili miRNA744-3p, miRNA-320a ve miRNA17-5p' nın ÜK hastalığı için spesifik biyobelirteçler olmadığını, mesalazin ile tedavi öncesi ve sonrası bu miRNA seviyelerinde farklılık bulunmadığını, dolayısıyla bu miRNA'ların mesalazin tedavi yanıtı ile ilişkili olmadığını göstermektedir. Sonuçlarımızın doğrulanması için daha büyük hasta gruplarında çalışmalara gereksinim bulunmaktadır.
Investigation of possible interaction between ARID3A, ARID3B, lncRNAs MALAT1 and NORAD in non-small cell lung cancer (NSCLC)
The most common cancer-related death with a poor prognosis is lung cancer. For attempts at survival, early diagnosis and effective treatment methods are crucial. Approximately 85% of lung cancers are non-small cell lung cancers (NSCLC). Long non-coding RNAs, also known as lncRNAs, are crucial to numerous biological processes. Their conflict causes carcinogenesis and may have an effect on the pathways that are considered important therapeutic targets in various cancers. The neoplastic initiation, progression, metastasis, tumor angiogenesis, chemoresistance, and genomic instability in NSCLC are caused by a lack of regulation of long non-coding RNAs, MALAT1 and NORAD, that are involved in metastasis. Both MALAT1 and NORAD are important for cell cycle progression as they directly regulate the expression of the transcription factor E2F1. It has been reported that the expression of p53 target genes is also affected by MALAT1 by repressing p53 promoter activity followed by cell cycle progression, and NORAD is indirectly regulated by p53. The AT-rich interaction domain (ARID) family of DNA-binding proteins, especially ARID3A and ARID3B are involved in various biological processes, including cell proliferation, differentiation, and development. ARID3A and ARID3B play important roles in E2F-dependent transcription and are transcriptional targets of p53. The pivotal function in promoting either cellular proliferation by pRB-E2F or growth arrest by p53 pathways implies a tight and finely tuned regulation. Both ARID3A, ARID3B and lncRNAs MALAT1, NORAD are involved in pRB-E2F and p53 pathways. In this study, we tried to find probable interactive and functional connectivity among ARID3A, ARID3B, lncRNAs MALAT1 and NORAD in NSCLC.
Tip 2 diabetes mellituslu hastalarda mikroalbuminüri düzeyi ile mikro RNA ilişkisinin incelenmesi
Diyabetik nefropati kronik böbrek hastalığının en önemli nedenidir. Diyabetik nefropati zemininde gelişen kronik böbrek hastalığı yaşam kalitesinde bozulma ve azalmış yaşam beklentisi ile ilişkilidir. Böbrek fonksiyon bozukluğu olan hastaları tespit etmeye yönelik basit laboratuvar testlerinin yaygın olarak kullanılabilmesine rağmen, hastalar hastalığın geç dönemlerinde tanı alabilmektedir. Yakın zamana kadar böbrek fonksiyonundaki düşüşü yavaşlattığı gösterilen tek ilaç sınıfı anjiyotensin dönüştürücü enzim inhibitörleri ve anjiyotensin reseptör blokerleriydi. Son yıllarda kullanımda olan sodyum glukoz kotransporter 2 inhibitörleri ile yapılan çalışmalar sonucunda renal olumlu etkiler gösterdikleri tespit edilmiştir. Çalışmamızda diyabetik nefropatisi olan hastalarda miRNA let 7a, miRNA 25 ve miRNA130b'nin dapagliflozin tedavisi öncesi ve sonrası alınan kan örneklerindeki düzeylerinin analizi yapılmıştır. Tedavi öncesi ve sonrasında araştırılan miRNA'ların düzeylerinde anlamlı fark görülmesi halinde, diyabetik nefropatinin tedavisinde ve takibinde kullanılabilecek invaziv olmayan bir biyobelirteç olarak kullanılabileceği ve tedavide bir terapötik hedef olarak değerlendirilebileceği düşünülmüştür. Çalışma sonunda elde edilen veriler ışığında dapagliflozin tedavisi öncesi ve sonrası 2.ay hasta serumlarında miRNA let 7a, miRNA 25 ve miRNA130b değerleri arasında anlamlı fark olduğu tespit edilmiştir. Dapagliflozin tedavisi öncesi ve sonrası bakılan idrarda mikrototal protein ve mikroalbuminüri düzeyleri arasında anlamlı fark tespit edilmesine rağmen miRNA düzeyleri ile anlamlı bir korelasyon tespit edilememiştir. Diyabetik nefropatili hastalarda dapagliflozin kullanımının mikroalbuminüri üzerindeki olumlu etkisinin diyabetik nefropatiyle alakalı miRNA değişiklikleri ile ilişkisinin daha net aydınlatılabilmesi için daha kapsamlı çalışmalar gerekmektedir.
Tip 2 diabetes mellitus'lu hastalarda nefropati ile ilişkili miRNA değişikliklerinin değerlendirilmesi
Diyabetik nefropati, prevalansı ve mortalitesi artan diabetesmellitusun en ciddi mikrovasküler komplikasyonlarından biridir. Günümüzde böbrek fonksiyonu, albümin atılım hızı ve glomerüler filtrasyon hızı hesaplanarak değerlendirilmektedir. Diyabetik nefropatinin erken teşhisi, böbrek fonksiyonlarını iyileştirmede ve ilaçlarla hastalığın ilermemesini geciktirmede önemli bir role sahiptir. Böbrekle ilişkili yapısal değişiklikleri karakterize edebilen biyobelirteçlere ihtiyaç duyulmaktadır. Son yıllarda birçok hastalığın patogenezinde ve tanısında kullanılan mikrornalar tanımlanmıştır. Çalışmamızda retrospektif olarak sodyum glukoz kotransporter 2 inhibitörü olan dapagliflozin kullanan hastaların diyabetik nefropati ile ilişkili mikrornalar üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Diyabetik nefropati tanısı alan ve dapagliflozin kullanan 47 hastanın tedaviden sonraki 60.günde tedavi öncesine göre miRNA 21, miRNA 141 ve miRNA 377 düzeylerinde istatiksel anlamlılıkta azalma tespit edilmiştir (p<0.05).İncelenen mikRNA düzeyleri ile serum glukoz, hbA1C değeri, mikroalbüminri ve mikrototal protein düzeyleri arasında istatiksel bir anlamlı fark saptanmadı.
Gaziantep Üniversitesi Tıp fakültesi Hastanesine 2010-2022 yılları arasında başvuran human immunodeficiency virus (HIV) ile yaşayan bireylerde metabolik parametrelerin değerlendirilmesi
Antiretroviral tedavideki (ART) gelişmeler HIV enfeksiyonu ile yaşayan bireylerin (HİYB) yaşam beklentisini genel topluma yakın hale getirmiştir. HIV'den etkilenen bireylerde mortalite ve morbidite üzerine olumlu etkileri olan antiretroviral ilaçlar, persistan immun aktivasyon, kronik enflamasyon, yaşam tarzı ve birçok komorbiditenin normal popülasyondan daha sık ve daha erken yaşlarda ortaya çıkmasına neden olmaktadır. Metabolik kemik hastalıklarından osteoporoz, osteopeni, osteomalazi, dislipidemi, diyabet, kardiyak hastalıklar, metabolik sendrom sıklıkla karşımıza çıkan komorbiditelerdir. Bu çalışmada Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji polikliniklerine başvuran HİYB'de metabolik parametrelerinin (karaciğer fonksiyonları, böbrek fonksiyonları, iskelet sistemi) değerlendirilmesi ve kullandıkları antiretroviral ilaçlarla özellikle kan yağlarının, açlık kan şekerinin, böbrek fonksiyon testlerindeki değişimlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya dahil edilen 247 hastanın demografik verileri ve sigara, alkol kullanımı gibi alışkanlıkları incelendi. Çalışmamızdaki hastaların yaşları 18 ile 69 arasında değişirken hastaların yaş ortalaması 37,49 (±12,4) olarak tespit edildi. Hastaların büyük bir ksımının erkek (%86.6) ve heteroseksüel (%63.4) olduğu tespit edildi. Kontrol grubu ile yapılan kıyaslamada, HIV taşıyan bireylerde psikiyatrik bozukluk oranı belirgin oranda daha yüksek tespit edildi. Hastaların büyük bir kısmında DEXA skoruna göre osteopeni tespit edilirken yine önemli bir kısmında D vitamini eksikliği mevcuttu. Tanı anındaki böbrek fonksiyon testleri kreatinin ve GFR değerleri ile tedavinin 1., 2. ve 3. yılları karşılaştırıldığında GFR'de istatistiksel olarak anlamlı azalma ve kreatinin değerinde istatisksel olarak anlamlı artış saptandı. Başvuru anındaki HDL, LDL, total kolesterol, trigliserid düzeyleri tedavinin 1., 2. ve 3. yıllardaki değerlerle karşılaştırıldığında anlamlı artış saptandı. Tedavi rejimi TAF içeren hastalarda total kolesterol ve LDL kolesterol seviyelerinde 1. yılın sonunda istatistiksel olarak anlamlı yükseklik tespit edildi. En sık tercih edilen başlangıç ART rejimi %23.1 ile DTG+TDF/FTC olduğu görüldü. HIV hastalık seyrinde yakından takip edilmesi gereken metabolik parametrelerin belirlenmesi ve özel hasta grupları için tedavinin kişiselleştirilmesine olanak sunmak amaçlanmıştır. HİYB'de yaşam beklentisinin artması ile birlikte yaşlandıkça artan komorbiditelerin ve metabolik yan etkilerin doğru yönetilebilmesi için multidisipliner yaklaşım gereklidir. Anahtar kelimeler: HIV, AIDS, CD4, CD8, Total kolesterol, LDL kolesterol, Antiretroviral Tedavi, HIV RNA
Metamfetamin kullanım bozukluğu hastalarında tedavi öncesinde ve arınma sonrasında, TRAF-6 genini hedefleyen miRNA-146a'nın ekspresyonunun incelenmesi
Metamfetamin, dünya çapında esrardan sonra en çok kullanılan yasa dışı uyuşturucu maddedir. Metamfetamin kullanım bozukluğu toplumda önemli düzeyde morbidite ve mortaliteye sebep olan, kişilerin mesleki işlevselliğini, ailevi yaşantısını, sosyal hayatını ve beden sağlığını ciddi düzeylerde etkileyen bir hastalıktır. Son yıllarda psikiyatrik hastalıkların etiyopatogenezine yönelik araştırmalarda nöroinflamasyona olan ilgi artmaktadır. Çalışmamızda nöroinflamasyonda rolü olduğu düşünülen mikro RNA-146a'nın metamfetamin kullanım bozukluğu etyopatogenezindeki rolünü araştırdık. Araştırmalarımız sonucundaliteratürde metamfetamin kullanım bozukluğunun mikro RNA-146a (miRNA-146a) ile ilişkisini araştıran çalışma bulunmamaktadır. Çalışmamız prospektif eşleştirilmiş vaka-kontrol çalışması olarak planlanmıştır. Mart 2022- Aralık 2022 tarihleri arasında Gaziantep Üniversitesi Ruh Sağlığı ve Hastalıkları Kliniği'nde yatarak tedaviye alınan, idrarda toksik tarama testinde sadece metamfetamin pozitifliği saptanan, DSM-5 tanı kriterlerine göre metamfetamin kullanım bozukluğu tanısı konulan, ek bir psikiyatrik veya bedensel hastalığı olmayan 30 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Kontrol grubu olarak cinsiyet, yaş, sigara kullanımına göre eşleştirilmiş, herhangi bir hastalığı olmayan 30 sağlıklı kişi randomize olarak çalışmayaalınmıştır. Çalışmadaki tüm katılımcılara depresyon komorbiditesini dışlamak için Hamilton Depresyon Derecelendirme Ölçeği (HAM-D) uygulanmıştır. Yapılandırılmış bir görüşme ile (SCID-5) bipolar bozukluk, dikkat eksikliği ve hiperaktivite bozukluğu gibi en sık görülen komorbiditeler dışlanarak sadece metamfetamin kullanım bozukluğu tanısı olanlar çalışmaya alınmıştır. Kişilik bozuklukları yüksek oranda komorbidite göstermesine rağmen nöroinflamasyonla belirgin bir ilişkisi gösterilememiş olduğundan dışlama kriterlerine dahil edilmemiştir.Hastalarla klinik görüşmeler yapılmış, Penn Madde Aşerme Ölçeği uygulanmış ve sonrasında nöroinflamasyonla ilişkili olduğunu düşündüğümüz miRNA- 146a düzeylerini ölçmek için hem metamfetamin arınma tedavisi öncesi, hem de sonrası kan alınmıştır. Çalışmamızda hasta grubunun arınma tedavisi öncesindeki miRNA-146a ekspresyon düzeyleri, sağlıklı kontrol grubuna göre istatiksel olarak anlamlı bir şekilde düşük saptanmış olup arınma tedavisi sonrasındaki miRNA-146a ekspresyon düzeyi sağlıklı kontrollere göre istatiksel olarak anlamlı bir düzeyde yüksek saptanmıştır. Hasta grubunun HAM-D skoru kontrollere kıyasla istatiksel olarak anlamlı bir şekilde yüksek saptanmıştır. Toplamda metamfetamine maruz kalınan süre ile arınma tedavisi sonrası ölçülen miRNA-146a ekspresyon düzeyi arasında pozitif yönde orta düzeyde ilişki saptadık. Çalışmamızda hasta grubunda, miRNA-146a ekspresyon düzeyinin arınma tedavisi öncesinde anlamlı bir şekilde düşük ölçülmesi ve tedavi sonrasında anlamlı düzeyde artmış olması bu parametrenin nöroinflamasyonun göstergesi olması nedeniyle metamfetaminin, nöroinflamasyonda önemli bir rolü olduğunu düşündürmektedir. MiRNA-146a ekspresyon düzeyi ile metamfetamin kullanım bozukluğu arasındaki ilişkinin daha net olarak aydınlatılması sonrasında miRNA-146a ile bağlantılı yeni tedavi stratejileri geliştirilebilir. Toplamda metamfetamine maruz kalınan süre ile arınma tedavisi sonrası ölçülen miRNA-146a ekspresyon düzeyi arasında pozitif yönde bir ilişkinin olması, miRNA-146a ekspresyon düzeyinin hastalığın prognozunu öngörmede önemli bir parametre olabileceğini düşündürmektedir. Çalışmamızın literatürde oldukça kısıtlı verinin olduğu bu alana katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.
Kilis Devlet Hastanesine başvuran ve anti HCV pozitif saptanan hastalarda HCV RNA ve genotip dağılımının araştırılması
Bu araştırmada Kilis Devlet Hastanesine başvuran ve anti HCV pozitif saptanan hastalarda HCV RNA ve genotip dağılımının araştırılması amaçlanmıştır. Araştırmanın amacı doğrultusunda Kilis Devlet Hastanesi'ne başvurup hepatit panelleri istemiyle kan örneği alınan ve anti-HCV pozitif tespit edilen 104 hastanın serumları toplanarak çalışılıncaya kadar -80°C de saklanmıştır. Anti HCV'leri ELISA yöntemiyle (Architect i2000, Abbott, Almanya) pozitif saptanan numunelerde Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarında HCV RNA araştırıldı. HCV RNA pozitif saptanan 61 örnekte üretici firmanın önerileri doğrultusunda, (Qiagen, Hilden Almanya) genotip çalışıldı. Altmış bir örneğin üçünde belirgin bir genotip saptanamadı. Genotip saptanan 58 hastanın 31'i (%53.4) kadın, 27'si (%46.6) erkek olup, 27'sinin (%46.6) Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı, 31'inin (%53.4) ise yabancı Uyruklu olduğu görüldü. Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı olan 27 kişide etkin olarak Tip 1b (%40.7), yabancı uyruklu 31 kişide ise en fazla görülen genotipin Tip 4 (%64.5) olduğu saptandı. Genotip dağılımının cinsiyet ile anlamlı bir farklılığı olmadığı saptandı. Baskın tipler olan Tip 1 ve Tip 4'ün ileri yaşlarda daha yüksek oranlarda olduğu görüldü. Çalışmada elde edilen bulgular, yabancı uyruklularda Tip 4 ve Tip 5'in daha fazla olduğunu göstermektedir. Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlarında ise Tip 1b'nin sık olduğu görülmektedir. Bu da, bölgedeki mültecilerin hastalığı kendi ülkelerinden getirdiğini düşündürmektedir. Çalışmamız, yabancı uyruklu kişilerdeki genotip dağılımını göstermesi açısından önemlidir. Yine tedavi rejimlerinin Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlarında daha dikkatli planlanmasının gerekliliğini gözler önüne sermektedir.
Koroner arter bypass cerrahisi sonrası görülen atriyal fibrilasyon gelişiminin kardiyak SİRT 1 proteini, mikro RNA 195-199A ile ilişkisi
Giriş: Koroner arter bypass cerrahisi sonrası gelişen atriyal fibrilasyon (AF) hayatı tehdit edici potansiyele sahip bir komplikasyondur. Postoperatif AF (POAF) olan hastaların kardiyak dokusunda antioksidan özelliği olan kardioprotektif SİRT 1 protein ekspresyonu artmıştır. Bugüne kadar yapılan çalışmalarda SİRT 1 protein düzeyini regüle eden mikro RNA lar, SIRT proteini ve POAF arasındaki ilişkiyi inceleyen veriler yetersizdir. Gereç ve Yöntem: Koroner arter bypass greft (CABG) yapılan ve aortic kross klemp öncesi sağ atriyal apendiksten biyopsi alınan 63 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Bütün postoperatif hastalar taburcu olana kadar 24 saatlik ritm holter ile monitörize edildi, POAF ve sinüs ritmi olarak 2 gruba ayrıldı. Gerçek zamanlı PCR ile miRNA 199a ve mirRNA 195 ekspresyonları ölçüldü. SİRT 1 protein düzeyi Western Blot analizi ile ölçüldü. Bulgular: POAF grubunda miRNA 199a ekspresyonu kontrol grubuna göre anlamlı olarak daha düşüktü, miRNA 199a ile POAF arasında ters korelasyon mevcuttu. MiRNA 195 ile POAF arasında korelasyon saptanmadı. POAF gelişen hastaların doku örneklerinde SİRT 1 protein ekspresyonu anlamlı olarak daha fazla saptandı. Sonuç: SİRT 1 proteinini regüle eden miRNA 199a'nin azalması POAF gelişimi ile ilişkili bulunmuştur. Bu sonuçla kardiyak cerrahi sonrası miRNA 199a, POAF'ı öngörmede kullanışlı bir biyobelirteç olabilir.
Timokinon tedavisinin sporadik alzheimer modeli oluşturulmuş sıçan beyin dokusundaki mikroRNA ve mRNA ekspresyonu üzerindeki etkisinin araştırılması
Alzheimer hastalığı en sık rastlanan nörodejeneratif hastalıklardan birisidir. Hafıza ve öğrenme kontrolünün gerçekleştiği hipokampüs bölgesinde sinaptik yetmezlik, nöron hasarı ve nöron kaybı Alzheimer hastalığının nöropatolojik bulguları arasında sayılabilir. Moleküler boyutta incelendiğinde ise nöronların ölümüne ve sinaptik bağlantılardaki bozulmalara bağlı olarak apoptoz, nörogenez, hücre bölünmesi ve döngüsü, sağ kalım vb. yolaklarda gen düzeyinde ve protein düzeyinde bir çok regülasyon meydana gelmektedir. Ayrıca hücre fonksiyonunun epigenetik seviyede kontrolünde büyük önemi olduğu bilinen mikroRNA'ların Alzheimer hastalığında da etkili olduğu, hastalık süreciyle birlikte tekrardan düzenlendiği hem insan hem de hayvan çalışmalarıyla gösterilmiştir. Timokinon (TQ), Nigella sativa (çörek otu) bitkisinde %18.4-24 oranında bulunan en önemli biyoaktif bileşendir. Daha önce yapılan birçok çalışmada TQ'nun anti-oksidatif, anti-inflamatuar, anti-kanserojenik gibi pek çok yararlı etkiye sahip olduğu gösterilmiştir. Benzer şekilde nörolojik bozuklukların patolojilerinde TQ'nun nöroprotektif etkili bir bileşik olduğu bildirilmektedir. Aynı zamanda in vitro yapılan çalışmalarda TQ'nun Alzheimer hastalığına karşı nöroprotektif etkiye sahip olduğu gösterilmiştir. Fakat literatürde TQ'nun moleküler etki mekanizmasına dair in vivo çalışma bulunmamaktadır. Bu nedenle çalışmamızda, Amiloid beta (Aβ) ve Streptozotosin (STZ) ile indüklenen sporadik Alzheimer modellerinde Timokinon tedavisinin etkinliğinin karşılaştırılmasını ve bu modellerden elde edilen hippocampus dokularında TQ'nun ilgili genlerin ve mikroRNA'ların ekspresyon düzeylerindeki etkisini araştırmayı amaçladık İnanıyoruz ki elde ettiğimiz veriler, TQ'nun henüz tedavi edici bir ilaca sahip olmayan Alzheimer hastalığında aday molekül olma potansiyeline ışık tutacaktır.
PRP'den elde edilen lipid fraksiyonunun yara iyileşme tedavisinde etkisi ve ilişkili genlerin MRNA ekspresyon profillerinin değerlendirilmesi
Günümüzde yara iyileşmesi tedavisi olarak uygulanan birçok yöntem olmasına karşın yara kapanma hızını arttırmak, en az yara izi oluşumunun sağlamak ve hissedilen acıyı en aza indirgemek amacıyla yara üzerine çalışmalar devam emektedir. Son zamanlarda, içerdiği bileşenlerin rejenerasyonu arttırıcı etkisi ortaya konulan PRP (plateletten zengin plazma) tedavisi, yara iyileşmesi çalışmalarının da popüler konusu haline gelmiştir. PRP'nin içeriğini oluşturan protein ve lipid yapılı biyoaktif biyomoleküller yara iyileşmesini moleküler düzeyde uyararak iyileşmeyi hızlandırırlar. PRP'nin bileşenlerinden protein yapılı olanların yara bölgesinde bulunan proteaz aktivitesi ile yıkılarak işlevsiz hale geldiği bu sebeple PRP'nin iyileştirici etkisinin protein yapılı bileşenlerinden ziyade lipid yapılı olanların aktivitesi ile gerçekleştiği üzerine yapılan in vitro çalışmalar literatürde yer almaktadır. Söz konusu hipotezin in vivo olarak test edilmesi, tez çalışmamızın konusu olup, PRP'den elde edilen lipid fraksiyonunun yara iyileşmesi üzerindeki etkisi makroskopik ve moleküler olarak değerlendirilmiştir. Makroskopik anlamda yara alanlarına bağlı yara kontraksiyon hesaplamaları yapılırken moleküler anlamda ise yara iyileşmesiyle ilişkili olduğunu bildiğimiz 84 tane farklı genin mRNA ekspresyon seviyeleri analiz edilmiştir. mRNA protein sentezinde genetik şifreyi taşıyan RNA molekülü olup ekspresyon profillerinin değerlendirilmesi yara iyileşmesi süresince moleküler seviyede meydana gelen protein sentezi hakkında bilgi vermektedir. Çalışmamızın hayvan deneyleri, 20 tane Sprague Dawley türü sıçanların sırt bölgelerinde yaklaşık 1.2 cm çapında dairesel tam kat yaralar oluşturularak 4 faklı grup üzerinden tamalanmıştır. PRP, lipid fraksiyonu, DMSO ve SHAM grublarına ait yaralardan yara iyileşmesinin inflamasyon, proliferasyon ve olgunlaşma (yeniden şekillenme) evrelerine denk gelen 3., 7., ve 14. günde biyopsi örneği alındı. Alınan biyopsi örneklerinden yararlanılarak PCR array tekniği ile gerçek zamanlı PCR yapıldı ve yara iyileşmesi genlerine ait ekspresyon seviyeleri analiz edildi. 2ˆΔΔCT yöntemi ile kat değişimleri hesaplandı ve artış veya azalış gösteren genler belirlendi. Günlere göre regülasyon gösteren gen sayısı bakımından en fazla sayıda gen regülasyonu proliferasyon evresinde gözlenmiştir. PRP ve lipid fraksiyonu tedavi grupları inflamasyon, proliferasyon ve olgunlaşmada benzer regülasyonları gösterse de kat değişimleri açısından PRP daha fazla fark göstermiştir. Makroskopik değerlendirmelerde lipid fraksiyonu tedavi grubuna ait yaraların PRP'ye göre kapanma hızının daha az olduğu tespit edilmştir. PRP grubuna ait yara kontraksiyon bulguları T-test ile analiz edildi ve istatistiksel olarak anlamalı bulundu. PRP tedavi grubu ve lipid fraksiyonu tedavi grubuna ait RT-PCR verileri, moleküler seviyede benzerlik göstermeleri açısından PRP'den elde edilen lipid fraksiyonu, PRP'nin sahip olduğu içeriğe ve iyileştirici etkiye sahip olduğu ancak PRP'nin daha etkili olduğu sonucuna varılmıştır. Anahtar Kelimeler : Yara, Yara İyileşmesi, PRP, Lipid Fraksiyonu, mRNA Profili, PCR Array
Poli laktik-ko-glikolik asit nanopartikülleri kullanarak hedefli hücrelerde RNA interferans ile gen susturma yöntemi geliştirilmesi
Pankreas kanseri hem dünyada hem de Türkiye'de mortalite insidans oranı en yüksek kanser türleri arasında sayılmaktadır. Bu veri var olan tedavi stratejilerinin yeterince etkili olmadığını göstermektedir. Modern yöntemlere rağmen henüz etkili bir ilaç tedavisi geliştirilememiştir. Ayrıca tedavi amaçlı kullanılan kemoterapi ilaçlarının tümörü hedef alamaması ve sağlıklı dokular üzerinde etkili olması; tedavi amaçlı kullanılan radyoterapinin ise radyasyona maruz kalan sağlıklı dokuda fonksiyon kaybı oluşturması gibi bu yöntemlerin çeşitli dezavantajları vardır. Kanser tedavisinde geleneksel tedavi yöntemlerinin yerini, tümöre özgü hedeflenmiş yeni nesil tedaviler almaktadır. Hedefe yönelik tedaviler sağlıklı hücrelere zarar vermediği ve yüksek seçiciliğe sahip oldukları için oldukça ilgi görmektedir. RNA interferans (RNAi) tekniği, çekirdekte DNA tarafından kodlanan çift iplikli mi-RNA'nın tek sarmalının sitoplazmada komplementeri olan spesifik mRNA moleküllerini yıkıma uğratması sonucu, gen ekspresyonunun inhibe edildiği doğal, biyolojik bir süreçtir. Antisense etki gösteren moleküllerin hedef mRNA'ya bağlanması, genin eksprese olmasını engellemektedir. RNAi mekanizmasında, antisens etki gösteren mikroRNA (miRNA), küçük engelleyici RNA (siRNA) gibi çeşitli moleküller kullanılmaktadır. Poli (laktik-ko-glikolik asit) (PLGA) nanopartiküller; biyobozunurluk, yüksek biyouyumluluk, düşük toksisite gibi özellikleriyle kanser teşhis ve tedavisinde kullanılmaktadır. PLGA nanopartiküllerin içerisine yüklenen siRNA ile mRNA düzeyinde etkili gen susturulması mümkündür. GPR87 (G-protein bağımlı reseptör 87) geni, GPCR (G protein-bağlantılı hücre yüzeyi reseptörleri) ailesine dahil hücre yüzey reseptörünü kodlayan gendir. Pankreas kanserinde aşırı eksprese olan GPR87 geni hücrelerin canlılığını devam ettirmede önemli rol oynamaktadır. GPR87 geni, siRNA yüklü PLGA nanopartikülleri kullanılarak genin susturulması hücrelerin yaşam süresini önemli derecede etkilemektedir. Bu çalışmada farklı hücrelerde GPR87 geni PLGA nanopartikülleriyle hedeflenerek, genin RNAi mekanizmasıyla post transkipsiyonel susturulması hedeflenmiştir. Bu amaçla ilk olarak GPR87 geni HEK293T hücre hattından izole edilmiş, izole edilen gene özgü tasarlanan primerler ile genin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) amplifikasyonu gerçekleştirilmiştir. PCR ürünü ve psiCHECK™-2 vektörü XhoI ile kesilerek ligasyonu gerçekleştirilmiştir. GPR87-psiCHECK™-2 rekombinant vektörü E. coli One Shot® Mach1™-T1R hücrelerine transforme edilmiştir. Transformasyon kontrolü PCR, agaroz jel elektroforezi ve biyoinformatik araçlarla kontrol edilmiştir. Daha sonra GPR87 gen dizisine özgü siRNA üretimi gerçekleştirilmiştir. siRNA üretimi ilk önce oligonükleotit template tasarımı gerçekleştirilmiştir. Tasarlanan bu template T7 promoter primer ile hibridizasyonu sağlandıktan sonra Klenow DNA polimeraz ile polimerizasyonu gerçekleştirilerek dsRNA elde edilmiştir. Tezin ikinci aşamasında PLGA nanopartiküllerinin sentezlenmesi, karakterizasyonu, optimum salım süresi ve toksisitesi tespit edilmiştir. Bu amaçla ilk önce water-oil-water (W1/O/W2) çift emülsiyon çözücü buharlaştırılması yöntemiyle PLGA nanopartikülleri hazırlanmıştır. Üç farklı formülasyonda nanopartiküller hazırlanmış ve bu nanopartiküllere siRNA yüklenmiştir. Elde edilen siRNA-PLGA nanopartiküllerinin karakterizasyonları gerçekleştirilmiş, enkapsülasyon veriminin (%EE) ve yükleme veriminin (LE) hesaplanmıştır. Ayrıca oluşturulan nanopartiküllerin in vitro salım süreci optimize edilmiş ve sitotoksisitesi ölçülmüştür. Son aşamada ise üretilen nanopartiküller insan embriyonik böbrek hücre hattı HEK293T ve pankreas hücre hattı 1.1B4 hücrelerinde gen susturma oranları lusiferaz aktivitesi ile tespit edilmiştir. Üç farklı protokol kullanarak hazırlanan siRNA-PLGA nannopartiküllerin gen susturma oranlarının farklı olduğu, yüksek enkapsülasyon ve yükleme verimliliğine sahip olduğu, in vitro salım süresinin istenilen düzeyde olduğu ve ayrıca hazrılanan siRNA-PLGA nanopartiküllerinin genin post transkripsiyonel susturulmasını sağlayarak hücre ölümüne neden olduğu belirlenmiştir.
Bariatrik cerrahinin obezite ile ilişkilendirilmiş mikroRNA düzeylerine etkisi
Amaç: Obezite ile ilişkilendirilmiş olan miRNA ekspresyon düzeyleri ile kilo kaybı arasındaki ilişkinin değerlendirilerek, hastaların postoperatif ne kadar kilo verebileceğini öngörmek ve planlanan cerrahiden maksimum fayda edinilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Mayıs 2017-Temmuz 2018 yılları arasında Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Genel Cerrahi AD Obezite ve Metabolik Cerrahi Polikliniği'nde bariatrik cerrahi için endikasyon konulan ve laparoskopik sleeve gastrektomi planlanan 17 hasta çalışmaya dahil edildi. Çalışmaya Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Etik Kurulu'ndan onay alındı. Hastalardan preoperatif ve postoperatif 6. ay kan örneği ile intraoperatif yağ doku örneği alınarak obezite ile ilişkilendirilmiş miRNA (miR27b-3p, miR122-5p, miR223-3p) ekspresyon düzeylerine bakıldı. MiRNA'lar kan ve yağ dokudan izole edilip gerçek zamanlı polimeraz zincirleme tepkimesi (RT-PCR) yöntemi kullanılarak kantite edilip incelendi. Hastaların postoperatif 6. ay vücut fazla kilo kaybı oranları (%EWL) %0-50 (grup-1), %50-70 (grup-2), %70-90 (grup-3) olarak üç gruba ayrılarak değerlendirildi. MiRNA ekspresyonlarının kan ile yağ dokuları arasındaki farklılıkları, cinsiyet, kilo kaybı oranları ve diyabetes mellitus ile ilişkisi incelendi. Bulgular: Hastaların 4'ü erkek (%23,5), 13'ü kadın (%76,4), erkek/kadın oranı: 0,3, ortalama yaş 41±11,6, ortalama vücut kitle indeksi 49,1±7,6 kg/m2 idi. Altı hastada (%35,2) diyabetes mellitus mevcut olup bu hastaların ortalama glukoz ve HbA1c değerleri sırasıyla 133 ± 59,4 mg/dl ve %6,4 ± 1,3 idi. Altıncı ay % EWL oranı ortalama %62,7±17 olup grup-1, 2 ve 3'te sırasıyla 4, 7 ve 6 hasta mevcut idi. Preoperatif gruplar arasında miR223-3p'nin ekspresyonu tüm gruplar için anlamlı şekilde yüksek bulundu (grup-1 için p=0,0046; grup-2 için p<0,0001; grup-3 için p=0.0017). Grup-2 ve grup-3'teki hastaların preoperatif ve postoperatif kan değerlerinde bakılan miR223-3p gen ekspresyon düzeylerinin miR27b-3p ve miR122-5p gen ekspresyon düzeylerinden istatistiksel olarak anlamlı olacak şekilde yüksek olduğu tespit edildi (grup 2 için p değerleri sırasıyla p=0,0335 ve p=0,0328; grup 3 için p değerleri sırasıyla p=0.0446 ve p=0.0441). Ayrıca yağlı dokuda bakılan miR122-5p gen ekspresyonunun diabetes mellitusu olan olgularda diğer miRNA'lardan daha az eksprese olduğu tespit edildi (p=0,0062). Sonuç: Morbid obez hastalarda miR223-3p ekspresyonunun özellikle %EWL değeri 50 ve üzerinde olan hastalar ile korele olduğu gösterilmiştir. Bu nedenle bariatrik cerrahi sonrası kilo kaybını ön görmede miR223-3p geni olası bir biyobelirteç olarak kullanılabilir. Böylece cerrahiden daha fazla fayda görecek hasta grubu önceden belirlenip cerrahinin etkinliği arttırılabilir. Aynı zamanda cerrahiden fayda görmeyecek olan gruplar belirlenip, bu hastalarda da restriktif bariatrik cerrahi prosedürleri yerine kombine (restriktif + malabsorbtif) veya malabsorbtif cerrahi prosedürler tercih edilebilir. Ancak vaka sayısının ve miRNA tiplerinin fazla olduğu ve farklı bariatrik cerrahi prosedürlerinin uygulandığı ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.
Transkateter aort kapak implantasyonu sonrası kan basıncı yanıtı ile mikroRNAlar 1, 133a, 206, 202-3p arasındaki ilişki ve miyokardiyal strain parametreleri üzerine etkileri
Giriş ve Amaç: Başarılı Transkateter Aort Kapak İmplantasyonu (TAVI) sonrası, miyokardiyal global strainde iyileşme, ve bunun sonucu olarak kan basıncında yükselme beklenir. Her iki sonuç da hastaların sağkalımını ve yaşam kalitesini etkiler. TAVI sonrası sol ventriküler basınç yükünün ortadan kaldırılmasına rağmen, kimi hastalar işlemden sonra fonksiyonel iyileşme, morbidite ve mortalite açısından fayda görmezler. Dolaşımdaki mikroRNA'lar, hücrelerden eksozomal partiküllerin içinde salınabilen yeni bir biyobelirteç sınıfı olarak önem kazanmaktadır. Spesifik bazı miRNAların dolaşımdaki miktarının sol ventriküler yeniden şekillenme (remodelling) ve aortik kapak içinden geçen akım gerilimi (shear stress) ile ilişkili olduklarını gösteren yayınlar mevcuttur. Bu çalışmada, ileri aort darlığı olan hastalarda darlığın TAVİ ile giderilmesinden sonra eksozomal miR-1, 133a, 206, 202-3p'nin varyasyonları incelenerek, miyokardiyal strain ve kan basıncındaki değişiklikler ile ilintili kötü prognoz belirteçlerinin saptanması amaçlanmıştır. Yöntem: TAVİ işlemi yapılacak 45 hastadan; işlem öncesi, taburculuk günü ve 3. ay olarak belirlenmiş 3 farklı zamanda serum örnekleri alındı. Örneklerden eksozomlar izole edilerek seçilmiş miRNAların değişimlerini saptamak için kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu uygulandı. Aynı zaman noktalarında Global Longitudinal Strain (GLS) analizini de içerecek şekilde ekokardiyografi yapıldı ve 24 saatlik ambulatuvar kan basıncı ölçümleri ile kan basıncı değişimi kaydedildi. Bulgular: Prosedür sonrası miR-206 düşüşü ile GLS'deki iyileşme arasında negatif korelasyon saptandı. Bununla paralel olarak, miR'deki azalma ne kadar azsa, TAVI-sonrası mutlak GLS o kadar yüksekti. Ayrıca, Ki-kare testi, taburculuktan 3.aya kadar geçen sürede miR-206 miktarı daha da azalan hastaların, 3.ayda GLS kazanımlarının daha az olduğunu ortaya koydu. Ek olarak, işlemden hemen sonraki miR-206 düşüşü, 3.aydaki hem MAB hem de DKB artışı ile negatif korelasyon gösterdi. Bununla birlikte, TAVİ sonrası miR-206 miktarı belirgin olarak düşen hasta grubunda MAB artışı daha azdı. Majör kardiyak ve serebrovasküler olay (MACCE) yaşayan hastalarda miR-206, MACCE görülmeyen hastalara göre belirgin olarak azalmıştı. Üstelik 3.ayda NYHA sınıfında iyileşme olmayan hastalarda, fonksiyonel sınıfı iyileşen/sabit kalan hastalara göre miR-206 daha düşüktü. Sonuç: TAVI sonrası miR-206 düşüşü, kardiyak fonksiyon ve kan basıncında artışla ilintilidir ve kısa dönem takipte klinik sonlanım açısından prediktif olabilir. Anahtar Kelimeler: miR-206, global longitudinal strain, TAVI, kan basıncı, kalp yetmezliği
Genetik jeneralize epilepsilerde biyobelirteç belirlenmesi
Giriş: Genetik Jeneralize Epilepsiler (GJE) tüm epilepsilerin yaklaşık dörtte birini kapsamakta olup, yapısal beyin bulgusu göstermeyen genetik epilepsi grubu olarak tanımlanmaktadır. GJE tanısında kullanılan spesifik bir genetik biyobelirteç bulunmamaktadır. Genetik biyobelirteçlerin en bilineni ve üzerinde en fazla araştırma yürütüleni mikroRNA'larıdır (miRNA). Daha önce birçok epilepsi hastasının incelendiği çalışmalarda miRNA alt tipleri olan miR-106b, miR-130a-3p ve miR-194-5p incelenmiş olup sağlıklı kontrol grubuna kıyasla istatistiksel olarak ekspresyon seviyelerinin farklılık gösterdiği bulunmuştur. Çalışmamızda GJE hastalarında miR-106b, miR-130a-3p ve miR-194-5p ekspresyon düzeyleri incelendi ve olası aday genetik biyobelirteç potansiyellerinin belirlenmesi amaçlandı. Yöntem: Çalışmaya GJE tanılı 21 hasta ve 18 sağlıklı kontrol dahil edildi ve bireylerin kan örneklerinden toplam RNA izole edildi. Elde dilen RNA'lardan cDNA sentezi yapıldı. MiR-106b, miR-130a-3p ve miR-194-5p ekspresyon seviyeleri qRT-PCR ile analiz edildi. U6 housekeeping gen olarak kullanıldı. Belirtilen miRNA'ların tanısal değerini değerlendirmek için alıcı işletim karakteristiği (ROC) analizi ile eğri altındaki alan (AUC) değerleri hesaplandı ve p değerinin 0,05'ten küçük olması istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi. Sonuçlar: MiR-130a-3p'nin ekspresyon seviyesi, kontrol grubuna kıyasla hastalarda istatistiksel olarak anlamlı bir artış göstermiştir (p<0,05). ROC analizinde belirlenen AUC değeri 0,725'tir. Ancak miR-106b ve miR-194-5p'nin ekspresyon seviyeleri istatistiksel olarak anlamlı değildir. ROC analizindeki AUC değerleri sırasıyla 0,648 ve 0,571'dir. Tartışma: Çalışmamızda kullandığımız miRNA'ların değişen ekspresyon seviyeleri, GJE'nin etiyopatogenezi ile ilişkili olabilir. Bulgularımız, GJE tanısı ve prognozu için potansiyel bir biyobelirteç olarak miR-130a-3p'nin kullanılmasını önermektedir. Anahtar Kelimeler : Genetik biyobelirteç, Genetik jeneralize epilepsi, MikroRNA, ROC eğrisi
Meme biyopsilerinde histopatolojileri duktal karsinoma in situ olarak sonuçlanan lezyonların invazivliğini öngörmede mikro ribonükleik asitlerin rolü
Meme kanseri görülme sıklığı ve ölüm oranı yüksek olması nedeniyle önemli bir hastalıktır. Erken tanı aldığında yaşam süresi çok yüksektir. Duktal karsinoma in situ (DKİS) ise meme kanserinin öncül lezyonu kabul edilen, henüz metastaz yapma yeteneğinde olmayan neoplastik hücre çoğalmasıdır. Son dönemlerde meme kanseri üzerinde genetik çalışmalar yapılmış ve karsinogenez basamaklarındaki gen değişimleri ve mikroRNA'ların genler üzerindeki etkileri ortaya konmuştur. Ancak normal dokudan DKİS'e geçişte rolü olan mekanizmalar çalışılmış olsa da, bu noktada meme kanserini tespit edebilecek ve tedavi hedefi olarak da kullanılabilecek biyobelirteç tanımlanmamıştır. Çalışmamızda normal dokudan DKİS'a geçişte disregüle olan 11 miRNA'nın DKİS tanısı almış lezyonların invaziv meme kanserine dönüşümünü öngörmedeki etkinliğinin değerlendirilmesi amaçlandı. Çalışmamıza Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Genel Cerrahi Anabilim Dalı, Meme Hastalıkları Polikliniği'ne başvuran meme biyopsisi yapılmış ve histopatolojik olarak DKİS tanısı almış, 40 kadın hasta ve kontrol grubu olarak fibroadenom tanısı alan 8 kadın hasta dahil edildi. Hasta grupları; cerrahi eksizyon sonrası patolojik tanılarına göre DKİS grubu (A grubu) ve invaziv karsinom grubu (B grubu) olarak planlandı. Patoloji Anabilim Dalı arşivinden taranarak hastaların FFPE (Formalin-Fixed Paraffin-Embedded) bloklarına ulaşıldı. Parafin bloklardan total RNA ve miRNA eldesi FFPE RNA Purification Kit ile yapıldı, sonrasında RT-PCR yöntemi kullanıldı. Tüm çalışma süresince referans gen olarak miR-let-7a kullanıldı. Elde edilecek Ct değerleri ile genlerin artış ve azalış oranları 2-ΔΔCt yöntemi kullanılarak hesaplandı ve istatistiksel olarak anlamlılık p<0,05 kabul edildi. Çalışmamızda miR-21-5p ve miR-210'un gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı farklı eksprese edildiği ve invazyon derecesinin artmasıyla ekspresyon değerlerinin arttığı görülmüş olup, klinikte erken tanıda ve biyopsisi DKİS olarak saptanan lezyonların invaziv komponentinin olup olmadığını öngörmek için kullanılabilirler. Anahtar kelimeler: DKİS, Duktal karsinoma in situ, miRNA, Meme kanseri
Molecular investigation of type 2 diabetes (T2D) and its relationship with interleukin regulation
Type 2 diabetes mellitus (T2DM) is a multifactorial metabolic disorder characterized by hyperglycemia resulting from insulin resistance and impaired insulin secretion. The etiology of T2DM is influenced by both genetic and environmental factors, and recent research has shed light on the role of interleukin (IL) genes in the pathogenesis of this complex disease. Interleukins are a group of cytokines that play a pivotal role in regulating the immune response and inflammation. Studies have shown that specific interleukin genes, such as IL-6, IL-1β, IL-10, and others, are associated with T2DM susceptibility and progression. The dysregulation of these genes can contribute to chronic low-grade inflammation, leading to impaired glucose homeostasis, insulin resistance, and beta-cell dysfunction. The current state of knowledge regarding the interplay between interleukin genes and T2DM is still await to be uncovered. This study aimed to investigate the predictive significance of immunological biomarkers (IL-10 and IL-18), molecular diagnostics (IL-10 and IL-18 genes), and haematological parameters (HbA1c) in individuals with T2DM compared to healthy controls. Additionally, we examine the impact of genetic variations in IL genes on individual susceptibility to T2DM and their potential role as prognostic biomarkers. The research was conducted on 50 participants, with 35 in the T2DM patient group (Group A) and 15 healthy individuals in the control group (Group B).The findings revealed significantly higher HbA1c levels in the patient group compared to the control group. Gene expression analysis demonstrated higher expression levels of IL-10 and IL-18 genes in the T2DM group compared to the control group. These results were further confirmed when Protien levels were examined using ELISA technique when both interleukins show increased concentrations compared to their relavant controls. In both techniques IL-18 levels were higher than IL-10 levels when compared to each other indicating that T2DM drives the pro-inflamatory rather than anti-inflamatory cytokine. These results highlight the molecular and immunological alterations associated with T2DM.The study emphasizes the importance of IL-10 and IL-18 as potential markers for T2DM diagnosis, prognosis, and therapeutic interventions. The findings suggest a significant connection between T2DM and these immunological factors, warranting further research to explore their clinical applications. Understanding the role of these biomarkers may contribute to the development of personalized treatment strategies and risk assessment for individuals with T2DM. Furthermore, we suggest more research on the potential therapeutic implications of targeting interleukin signaling pathways for managing T2DM. Modulating the activity of interleukins through pharmaceutical interventions or lifestyle changes may hold promise in attenuating inflammation and improving glycemic control in affected individuals. Thus, targeting IL-18 and IL-10 signaling pathways would add more to this kind of rsearch. In conclusion, unraveling the complex link between type 2 diabetes and interleukin genes provides valuable insights into the pathophysiology of the disease and may pave the way for more targeted and personalized approaches to prevention and treatment. However, further research is warranted to fully elucidate the mechanisms involved and to identify novel therapeutic strategies that exploit the potential of interleukin modulation in managing T2DM effectively.
The gene knock-out in N. benthamiana L. and P. somniferum L. by using RNA-guided CRISPR/Cas9 system
Genome modifications in plants have been doing for many centuries by mankind since from the times of ancient farmers to the scientists for now by applying selective breeding and GM techniques. Recently, a new synthetic non-GM technology has been developed for transcriptional-level manipulations. CRISPR system is an RNA-guided transient genome editing tool, that is generally composed of a target-specifically designed chimeric sgRNA and a Cas9 endonuclease, which forms DSBs in DNA and results a frame-shift mutation to knock-out any desired gene or genes in genome. CRISPR system employs genome repair mechanims of HR or NHEJ after introducing a cut into DNA and mediates genome editing by using organisms own repair mechanisms. Type II CRISPR/SpCas9 is a highly-specific and robust system which is a state of art among the other genome-editing technologies that is adapted to plant sicence. In this study, Opium poppy (Papaver somniferum L.), one of the most popular medicinal aromatic plants, and a well-known model organism Nicotina benthamiana L. genomes were investigated on the applicabilitiy of CRISPR/Cas9 system by using synthetic and viral based transcribed sgRNAs. sgRNAs targeting Pap4OMT2 and NbPDS genes were specifically designed and used to target those specific gene segments with SpCas9 endonuclease and formed InDels were demonstrated. Thus, the applicability of CRISPR/Cas9 system in non-model papaver species was shown for the first time in literature.
Relationship between HOTAIR gene expression and increased breast cancer risk in Iraqi Misan population
The breast is the tissue overlying the chest (pectoral) muscles. Women's breasts are made of specialized tissue that produces milk (glandular tissue) and fatty tissue. Breast cancer (BC) is the most frequently diagnosed malignance among women and the one of the most common causes of cancer‐related death. HOTAIR is an lncRNA, 2158 bp long, located on chromosome 12q13.13 between HOXC11 and HOXC12 genes and acts as a crucial modulator of chromatin re-modeling and transcriptional silencing. This study aimed to evaluate the difference in the Hotair gene expression in control group and patients with breast cancer and also evaluate the presence of peroxides in breast cancer tissue. 120 samples have been collected, 80 samples were collected from patients suffering from breast cancer and 40 samples collected from healthy control. RNA has been extracted from the collected samples. The eluted RNA converted to cDNA. Real time PCR has been used to evaluate the gene expression level. Immunoflourecent technique and a fluorescent microscope have been done to detect the presence of ROs. The results showed higher level of Hotair gene expression in the samples of patients than in control. The results showed a positive correlation between Hotair gene expression and the age of the samples.
Çocukluk ve yetişkin çağı akut lösemilerinde mikro-RNA paneli
Amaç: mikroRNA'lar, genom üzerinde protein kodlayan intron veya ekzon bölgeleri ve protein kodlamayan bölgelerdeki RNA genlerinden transkripsiyonu sağlanan, fakat proteine translasyonu gerçekleşmeyen, fonksiyonel RNA molekülleridir. Olgun mikroRNA'lar hedef genlerin ekspresyonunu azaltarak protein sentezinin düzenlenmesine bir nevi genin işlevlerinin engelenmesine sebep olurlar. MikroRNA'lar protein translasyonunun inhibisyonuna ve/veya mRNA'nın yıkımına neden olur. Yapılan çoğu çalışmada bu küçük moleküllerin hematopoezde farklılaşma, çoğalma ve apoptoz (programlı hücre ölümü) gibi çok önemli hücresel olaylarda kritik öneme sahip olduğunu göstermiştir. Normal ve malign hematopoesizdeki microRNA ekspresyonları ve bunlar arasındaki ilişkiyi saptamak giderek artan bir şekilde ilgi uyandırmaktadır. Akut lösemilerde mikroRNA'ların rolü giderek daha fazla araştırmanın konusu olmaktadır. Bizde bu çalışmada, hematolojik tümörlerden biri olan çocukluk ve yetişkin çağı akut lösemilerinde, mikroRNA profillerini belirlemeyi amaçladık.Gereç ve Yöntem: Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı, Pediatrik Hematoloji ve Pediatrik Onkoloji Bilim Dalları ile Dahiliye Hematoloji Bilim Dallarına Aralık 2010 ile Eylül 2011 tarihleri arasında başvuran akut lösemi tanısı alan 49 hasta çalışmaya alındı. Sitomorfolojik, immünohistokimyasal ve akım sitometrik çalışmalar ile ALL tanısı alan çocuk 31 hasta, yetişkin 4 hasta ile çocuk AML tanısı alan 6 hasta ile yetişkin 8 hasta için çocuk ve yetişkin kontrol grubu sağlıklı çocuk ve yetişkin olarak 70 (çocuk;47 , yetişkin 23) hasta ile çalışmaya dahil edildi. Hasta gruplarında tanı sırasında ve remisyon dönemlerinde olmak üzere 2 defa kan alınıp plazma örnekleri saklandı. Sağlıklı gruptan bir defa kan alınıp plazması ayrıldı. Alınan plazma örneklerinden PCR ile mikroRNA analizi araştırıldı.Bulgular: Çocuk hasta ve kontrol gruplarında (ölçümü yapılan 10 ve üzeri hasta) micro RNA değerlerinin karşılaştırması ile; miR20a, miR25, miR92a, miR30c, miR106b, miR203, miR150, miR192, miR302c, miR184, miR218, miR320, miR342-3p, miR223, miR328, miR483-5p, miR376a, miR381, miR451, miR576-3p, miR548a hasta grubunda kontrol grubuna göre istatistiksel olarak yüksek (p<0.05) iken, miR20b, miR342-3p ve miR548a ölçümlerinde kontrol grubunun ölçümleri hasta grubunun ölçümlerinden yüksek (p<0.05) bulundu.Hastaların remisyon anındaki ölçümleri ile kontrol grubunda (ölçümü yapılan 10 ve üzeri hasta) micro RNA değerlerinin karşılaştırması ile; miR769-3p, miR20a, miR92a, miR16, miR27b, miR192, miR320, miR223, miR484, miR451'in hasta grubunun remisyon anındaki ölçümlerinde kontrol grubundan yüksek (p<0.05) bulunmuşturÇocuk hastaların tedavi sırasındaki ve remisyon anındaki ölçümleri karşılaştırıldığında (ölçüm yapılan 5 ve üzeri hasta) miR30c, miR106b, miR25, miR184, miR218, miR302c, miR483-5p tedavi grubundaki hastalarda istatistiksel olarak daha yüksek (p<0.05) olduğu saptandı. Lösemi tipi ALL olan çocuk ile lösemi tipi AML olan çocukların karşılaştırılmalarında iki lösemi tipi arasında micro RNA değeri yönünden bir istatistiksel farklılık (p>0.05) saptanamamıştır.Çocuk hastalarda hücre tipleri arasında micro RNA değeri yönünden bir istatistiksel farklılık saptanamamıştır. micro RNA ölçümlerinin cinsiyete göre karşılaştırılması ile tedavi sırasında ölçülen miR30c ölçümünün erkek hastalarda kız hastalara göre daha yüksek (p<0.05) olduğu görülmüştür.Kız çocuklardan oluşan kontrol grubundan elde edilen ölçümler ile karşılaştırıldığında; miR30c, miR106b, miR25, miR92a, miR16, miR203, miR150, miR302c ve miR4835p micro RNA ölçümlerinin kız hastalarda kontrol grubundaki kız çocuklarının değerlerine göre daha yüksek (p<0.05) olduğu görülmüştür.Erkek çocuklardan oluşan kontrol grubundan elde edilen ölçümler ile karşılaştırıldığında; miR30c, miR106b, miR25, miR92a, miR150, miR302c, miR184, miR218, miR320, miR223 ve miR4835p micro RNA ölçümlerinin erkek hastalarda kontrol grubundaki erkek çocuklarının değerlerine göre daha yüksek (p<0.05) olduğu görülmüştür.Kız ve erkek çocuklarda ayrı ayrı olarak hasta grubunda tedavi ve remisyon anlarında elde edilen ölçümlerin karşılaştırılması sonucunda, kız hastalarda miR30c ölçümünün, erkek hastalarda ise miR30c, miR25, miR218 ve miR381 ölçümlerinin tedavi anındaki değerlerinin remisyon anındaki değerlerinden daha yüksek (p<0.05) olduğu görülmüştür.Yetişkin hasta ve kontrol gruplarında (ölçümü yapılan 5 ve üzeri) micro RNA değerlerinin karşılaştırması ile miR328 ölçümünde kontrol grubu hasta grubundan daha yüksek değer elde ederken, miR451 ölçümünde ise hasta grubunun ölçümleri kontrol grubunun ölçümlerinden daha yüksek (p<0.05) bulunmuştur.Hastaların remisyon anındaki ölçümleri ile kontrol grubunun değerleri karşılaştırıldığında, miR30c, miR106b, miR302c, miR184, miR218 ve miR483-5p ölçümlerinde kontrol grubunun, miR16, miR223 ve miR451 ölçümlerindeyse hasta grubunun micro RNA değerinin daha yüksek olduğu görülmüştür.Yetişkin hastaların tedavi sırasındaki ve remisyon anındaki ölçümleri karşılaştırılmak istendiğinde miR30c, miR302c, miR218 ve miR483-5p ölçümlerinde remisyon anında tedavi sırasındaki ölçüme göre istatistiksel olarak anlamlı (p<0.05) düşüş görülmüştür. Yetişkin hastalarda iki lösemi tipi arasında micro RNA değeri yönünden bir istatistiksel farklılık (p>0.05)saptanamamıştır.Lösemi tiplerine göre tedavi ve remisyon anında ölçülen micro RNA ölçümlerinde ALL hastalarında miR30c ve miR106b remisyon anında bir düşüş (p<0.05) gözlenirken, AML hastalarında sadece miR30c ölçümünde remisyon anında bir düşüş (p<0.05) gözlenmiştir.
Leptospirosis tanısında LipL32, OmpL1 ve 16S rRNA gen bölgelerindeki spesifik dizileri hedef alan PCR-RFLP yöntemlerinin duyarlılıklarının tespiti
Leptospiroz, tüm dünyada ılıman ve yağışlı iklim özelliği gösteren bölgelerde görülen en önemli zoonozlardadır. Oldukça geniş bir spektrumda klinik tabloya sebep olan leptospirosis'de olguların sadece %10'unda görülebilen hematürinin de spesifik bir semptom olmaması sebebi ile Leptospirosis'in klinik tanısı son derece zordur. Leptospirozlu vakaların çoğu ya tanı almadan nonspesifik olarak ampirik tedavi almakta veya hastalık spontan iyileşme ile sonlanmaktadır. Ancak son ikterik dönemdeki hastalar araştırma hastanelerine zorunlu olarak başvurmakta ve idrar ve kan örneklerinin karanlık alan mikroskopisi ile değerlendirilmesi ile non-spesifik ve düşük sensitivitede tanı almaktadır.Bu çalışmada konvensiyonel tanıdaki yetersizliklere alternatif olmak üzere, şüpheli hastaya ait klinik materyallerde; a- leptospira varlığı, b- L.interrogans ve L.bifleksa tür tayini yapabilecek, yüksek sensitivite ve spesifiteye sahip ve hızlı sonuç üretebilen PCR bazlı tanı kiti geliştirilmesi amaçlandı.Karanlık Alan Mikroskopisi ve MAT' ne göre daha sensitif, spesifik ve hızlı bir alternatif tanı testi oluşturmak üzere 16SrRNA Nested-PCR RFLP, OmpL1 PCR ve LipL32 Nested-PCR testlerinin kullanılabilirliğini belirlemek amacı ile, Çukurova bölgesinde klinik olarak leptospirosis şüphesi olup Ç.Ü Tıp Fakültesi hastanesi ile SB Adana Devlet Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları Kliniklerine başvuran 38'i yetişkin 9'u 18 yaş altı hastalardan alınan 47 kan örneği ile bölgemizde hematüri ve ikter bulguları olan 86 büyükbaş hayvana ait kan örneği 47'si insan 86'sı hasta hayvanlara ait olmak üzere toplam 133 serum/plazma örneği değerlendirildi.Karanlık alan mikroskobisinde (KAM) incelenen 22 insan ve 34 hayvan örneğinde leptospira ile uyumlu görüntü elde edilirken, 7 farklı L.interrogans suşu ve L. patoc suşunun antijen olarak kullanıldığı MAT ile değerlendirilmesi sonucunda ise insan serum örneklerinin 21'i ile hayvan serum örneklerinin 69'unda en az 1/50 titrasyonda bir antijene karşı seropozitiflik görüldü.16S rRNA Nested-PCR-RFLP ile 77'si L.interrogans 15'i de L.biflexa olmak üzere, toplam 92 örnekte hedef diziler tespit edilirken, sadece L.interrogans türlerinde bulunan LipL32 geni spesifik primerlerin kullanıldığı PCR ile örneklerin 77'sinde, serotip düzeyinde L.interrogans ayrımına imkan veren OmpL1 PCR ile ise toplam 67 örnekte pozitiflik elde edildi.Bölgede en sık karşılaşılan serotipin %2,1'i insan %25,6'sı hayvan örneklerinden olmak üzere %17 oranı ile L.hardjo olduğu, bu serotip dışında, sırası ile L.grippotyphosa, L.Bratislava ve L.ichteriohaemmorhagia gibi serotiplerin görüldüğü tespit edilmiştir.
Meme kanserinde SIRT1 ilişkili mirna'ların araştırılması
Meme kanseri kadınlarda en sık görülen malignitelerden biri olup yine kadınlarda kansere bağlı ölümlerde de en sık nedenlerden biridir. Bu hastalığın tedavisinde son yıllarda yeni yaklaşımlar ve yöntemler geliştirilmesine rağmen, hastalığın insidansındaki sürekli artıştan dolayı, meme kanseri halen çok önemli bir sağlık problemidir. Meme kanseri, etyolojisinde birçok etkenin rol adığı multifaktöryel bir hastalıktır. Etyolojide genetik faktörler ve aile öyküsü çok önemli bir yer tutmaktadır. SIRT1, meme kanseri ile ilişkili olduğu düşünülen ve regülasyonunun meme kanserinin tedavisinde bir yol olabileceğine inanılan bir enzim ailesidir. SIRT1'in regülasyonu bazı molekülleri direkt uygulanması ile veya SIRT1 ile ilişkili olan mikro RNA'ların kullanılması ile olabilir. Mikro RNA'lardan miRNA-9, miRNA-34a ve miRNA-132 meme kanserine etkisi olduğu düşünülen SIRT1 ilişkili mikro RNA'lardandır. Literatürdeki kısıtlı çalışmalarda bu mikro RNA'ların meme kanseri dokularında, normal dokulara göre daha düşük oranda bulunduğunu bildirmiştir. Bu çalışmada etik kurul onayı ile 66 hastadan alınan 132 dokuda, bu üç mikro RNA'nın düzeylerini araştırdı. Her üç RNA için de, normal ve kanser dokuları arasında anlamlı bir düzey farkı saptanmadı. SIRT1 ve ilişkili mikro RNA'lar ile ilgili literatürdeki çelişkili sonuçlar göz önüne alındığında bu konuda ek çalışmalara ihtiyaç olduğu görülmektedir.
Osteosarkomda HSA-MİR-664A-5P ile lncrna MEP3 arasındaki ilişkinin araştırılması
Osteosarkom çocuk ve yetişkinlerde en sık görülen birincil kemik tümörüdür. Hastalığın gelişimindeki temel moleküler mekanizmaların anlaşılması alternatif tedavi yöntemlerinin geliştirilmesine yardımcı olabilir. Kodlanmayan RNA'ların (ncRNA) ifade seviyelerindeki değişim ile osteosarkom arasında bir ilişki olduğu tespit edilmiştir. Bu ncRNA'lardan MEG3 uzun kodlanmayan RNA'sının ifade seviyesinin osteosarkom doku ve hücre hatlarında düşük olduğu, hsa-miR-664a-5p'nin ifade seviyesinin de yüksek olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmada, osteosarkom kanser hücre hattı (U2-OS) ve insan osteoblast hücre hattına (hFOB 1.19) hsa-miR-664a-5p baskılayıcısı verilerek, hsa-miR-664a-5p ve MEG3 ifade seviyelerindeki değişim araştırılmıştır. Beklenildiği gibi çalışma sonucunda hsa-miR-664a-5p'nin ifade seviyesi düşerken MEG3 geninin ifade seviyesinin ise arttığı tespit edildi. Bulunan sonuçlar istatistiksel analizler ile de anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Sonuç olarak, bu çalışma ile osteosarkomda hsa-miR-664a-5p'nin artan ifade seviyesinin MEG3 geninin ifadesinde baskılayıcı bir etkisi olabileceğini gösterilmiştir. Anahtar kelimeler: hsa-miR-664a-5p, lncRNA, MEG3, miRNA, Osteosarkom