Farklılaşmış PANC-1 hücrelerinde INSIG1 geninin incelenmesi

PANC-1 hücre hattı, literatürde çoğunlukla pankreas kanserinin araştırılması ile ilişkili çalışmalarda kullanılmaktadır. İnsüline proliferatif yanıt verdiği bilinen bu hücre hattının metabolik hastalıkların açıklanmasında bir araç olarak kullanılabileceği öngörülmüş ve diyabet araştırmalarında deneysel bir model oluşturmak amacıyla kullanılmıştır. Bu kapsamda grubumuzda gerçekleştirilen bir önceki çalışmada PANC-1 hücreleri 14 günlük özel bir protokol ile farklılaştırılarak mikroarray analizine tabi tutulmuş ve hücre farklılaşmasının kolesterol metabolizması, lipogenez ve glikoz homeostazisi regülasyonunda rol alan INSIG1 gen anlatımında 4 kat anlamlı değişime neden olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışmasında ise, PANC-1 hücre hattında, uygulanan bu farklılaşma protokolünün INSIG1 gen dizisinde herhangi bir değişikliğe neden olup olmadığı araştırılmıştır. Ayrıca bir önceki çalışmanın mikroarray çıktılarını doğrulamak amacıyla kantitatif RT-PZR de gerçekleştirilmiştir. Bu hedefler doğrultusunda öncelikle INSIG1 geninin farklı transkriptlerini de kapsayacak şekilde primerler tasarlanarak bazal ve farklılaşmanın 14. gününe ait örneklerde INSIG1 geni dizilenmiştir. Diğer bir hedef olan mikroarray çıktılarının validasyonu için ise farklışma protokolünün 0 ve 14. günlerinde toplanan PANC-1 hücrelerinden RNA izolasyonu yapılarak SYBR Green ve UPL Prob yöntemleri ile kantitatif RT-PZR gerçekleştirilmiştir. Dizi analizi sonucunda, farklı intronik bölgelerde beş tane tek nükleotit değişimi olmakla birlikte bir tane tek nükleotit delesyonu tespit edilmiştir. Ayrıca, kantitatif RT-PZR sonuçlarına göre mikroarray çıktıları, INSIG1 gen anlatımının 14. güne gelindiğinde yaklaşık 4 kat az anlatım sergilediğinin tespiti ile valide edilmiştir. Sonuç olarak, INSIG1 geni ilk defa PANC-1 hücre hattında karakterize edilmiştir. Dizi analizi sonucuna göre, bu hücre hattında oluşan farklılaşmanın INSIG1 gen dizisini mutasyona uğratmadığı görülmüştür. Ayrıca yapılan INSIG1 mRNA ekspresyon analizi sonuçları ile mikroarray çıktıları valide edilmiştir. Anahtar Kelimeler : PANC-1, INSIG1, Farklılaşma, Sanger Dizilemesi, Metabolik Yolak