Genome mapping of phosphate solubilizing bacteria using bioinformatic analysis

Pseudomonas türü bitki büyümesini teşvik edici bakteriler olarak bilinmesinin yansıra iyi bir fosfat çözücü olarak da tanımlanmaktadır. Pseudomonas türü sadece biyoteknolojik ve tarımsal alanda değil aynı zamanda tıp alanında da yaygın bir şekilde kullanılmaktadır. Bu çalışmada, Seben bölgesinde yetişen IZA buğdayı (Triticum monococcum spp. monococcum) bitkisinin kökünden izole edilmiş ve fosfat çözünürlük aktivitesi doğrulanmış Pseudomonas türünün tüm genom dizilemesi yeni nesil dizileme (Illumina NextSeq 550) kullanılarak yapılmış ve 76x derinliğinde çift-uç okumalı toplamda 2,188,517 okuma ile 655,555,100 baz elde edilmiştir. Sekans okumaları, de novo birleştirme yaklaşımıyla bir araya getirilerek GC içeriği 61.03% ve uzunluğu 6,520,191 olan 252 contig ile Pseudomonas spp. ESU1531 taslak genomu oluşturulmuştur. Tüm genlerin tanımlanması PROKKA ile yapılmıştır. PROKKA sonuçlarına göre, 5652 kodlayan gen tahmin edilmiş ve bunların 4547'si fonksiyonel olarak atanmıştır. Genomda, 1 adet 16s rRNA ve 66 adet tRNA bulunmuştur. Ek olarak, 16s rRNA filogenetik ve çoklu lokus analizi yapılarak izole edilen bakteri taksonomik olarak sınıflandırılmıştır. Pseudomonas spp. ESU1531'in tüm genom analizi, birçok farklı çalışmaya yarar sağlayabileceği düşünülmektedir. Özellikle, biyoteknolojik ve tarımsal alanda biyogübre veya biyokontrol ajanı olarak kullanılmasına yönelik yapılan çalışmalara, diğer yandan Pseudomonas türünün fosfat çözme mekanizmasının anlaşılmasına katkı sağlayacaktır. Bununla birlikte, Pseudomonas spp. ESU1531, ileride yapılacak Seben bölgesindeki genomik veya metagenomik çalışmalarda da oldukça önemli bir referans olacaktır.