Habitat farklılıklarının rattus rattus bağırsak mikrobiyotası üzerine etkilerinin moleküler tanımlama teknikleri ile analizi (Rodentia: Muridae)

Memeliler yaşamları boyunca mikrobiyota olarak adlandırılan çeşitli mikroorganizmalar ile simbiyotik bir ilişki içerisindedir. Bu mikroorganizmaların konağın fizyolojisini, sağlığını ve hatta ruhsal dengesini etkilediği bilinmektedir. Memelilerde en yoğun ve en çeşitli mikroorganizma topluluğunun barınmasında bağırsakların kıvrımlı yapısı ve zengin besin içeriğine sahip olması etkilidir. Bağırsak mikrobiyotasının gelişimi, diyet ve yaşam tarzı dâhil olmak üzere konak ve çevresel faktörler arasındaki karmaşık bir etkileşimle düzenlenir. Bu çalışmada kentsel ve kırsal olmak üzere farklı habitatlarda yaşayan memelilerin bağırsak mikrobiyotasındaki değişimlerin detaylı olarak aydınlatılması amaçlanmıştır. Amaçlarımız doğrultusunda, Bilecik ilinin kentsel ve kırsal alanlarından yakalanan Rattus rattus türüne ait yabanıl ve laboratuvar ratlarının bağırsak mikrobiyotasındaki tüm taksonomik değişimler 16S rRNA yeni nesil dizileme tekniği ile karşılaştırmalı olarak incelenmiştir. Sonuç olarak 3 farklı yaşam alanından alınan bağırsak mikrobiyotasında yaklaşık 2000 farklı bakteri türü tanımlanmıştır. Tüm bakteri türlerinde hesaplanan Shannon ve Simpsons değerlerine göre laboratuar ratları en yüksek tür çeşitliliği göstermiştir. Mikrobiyota profillerinin benzerlikleri pCoA tekniği ile karşılaştırıldığında mikrobiyotayı oluşturan türlere ait bakteri popülasyonları farklı habitatlarda değişkenlik sergilemiştir. Gruplar arasındaki tür zenginliği tür seyreltme tekniği ile karşılaştırıldığında ise kırsal yaşam alanı başta olmak üzere tüm yabanıl ratlardaki toplam farklı tür sayısı laboratuar ratlarına göre daha yüksek bulunmuştur. Mikrobiyotada tür zenginliğine ve çeşitliliğine katkı sağlayan en önemli faktörün besin kaynakları olduğu belirlenmiştir. Besin çeşidinin artması mikrobiyotada tür zenginliğinin artmasına neden olurken, besin çeşidinin azalması tür çeşitliliğinin artmasına neden olmaktadır. Çalışmamız ilk defa olarak farklı mikrobiyal türlerin konak fizyolojisi üzerine etkileri açısından değerli bilgiler ortaya koymuştur. Anahtar Kelimeler: Habitat farklılıkları; Kentsel ve Kırsal Yaşam; Mikrobiyota; Rattus rattus; Yeni Nesil Dizileme.