Hayvan, gıda ve çevre örneklerinden lısterıaların izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu

Bu çalışma, Şubat 2007-Ocak 2008 tarihleri arasında Elazığ ve çevresinde yapıldı. Sığır ve koyunlardan, süt ve peynirlerden ve bu hayvanların yetiştirildiği çevrelerden 12 ay boyunca örnekler toplanarak listeriaların varlığı araştırıldı. Bölgedeki listeriaların varlığının mevsimsel dağılımı ortaya konuldu. İzole edilen L. monocytogenes suşlarının moleküler tiplendirilmesi yapılarak, profil dağılımı ortaya konuldu. Ayrıca L. monocytogenes suşları ile hayvan, gıda ve çevre olguları arasındaki ilişkiler araştırıldı.Elazığ ve çevresinden seçilen 6 sığır ve 5 koyun işletmesinden süt, peynir, su, yem, süt tankı, fekal ve çevresel örnekler toplandı. Bu çalışmada sığır çiftliklerinden 415, koyun çiftliklerinden de 304 adet olmak üzere toplam 719 adet örnek incelendi. Bu örneklerin dağılımı 132 adet (72 adet sığır, 60 adet koyun) gaita, su, yem, çevre, 106 adet süt (75 adet sığır, 35 adet koyun), 57 adet peynir (28 adet sığır, 29 adet koyun), 28 adet sığır süt tankı svabı şeklinde oldu.Süt ve süt ürünlerinde listeria izolasyonu Association of Official Agricultural Chemists/International Dairy Federation (AOAC/IDF), diğer örneklerde ise United States Department of Agriculture/Food Safety and Inspection Service (USDA/FSIS)'in önerdiği yöntem kullanılarak yapıldı. İzole edilen Listeria spp. suşları biyokimyasal testler ile isimlendirildi. İzolatlar Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) ile cins düzeyinde ve L. monocytogenes izolatları ise tür düzeyinde PCR ile doğrulandı. Hem PCR hem de biyokimyasal testler ile identifiye edilen L. monocytogenes izolatları Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ve Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) moleküler analiz yöntemleri ile tiplendirildi.Toplam 719 örneğin 46 adedinden (% 6.40) Listeria spp. izolasyonu yapıldı. Bu izolatların moleküler ve biyokimyasal yöntemler ile 8'i (% 17.4) L. monocytogenes, 18'i (% 39.0) L. innocua, 8'i (% 17.4) L. seeligeri, 7'si (% 15.2) L. grayi ve 5'i (% 10.8) L. welshimeri olarak saptandı. Listeriaların 39 adedi (% 9.4) sığır, 7 adedi (% 2.4) koyun orijinli örneklerden izole edildi.İzole edilen L. monocytogenes suşlarının RAPD analizleri iki farklı primerle birlikte (HLWL74 ve HLWL85) yapıldı. HLWL74 primeri ile 4 farklı profil 1-4 arası sayıda bantlar, HLWL85 primeri ile 6 farklı profil ve 1 ile 3 arası bantlar elde edildi. RFLP analizi ile tiplendirmede inlA genine spesifik PCR'dan sonra AluI ve Tsp509I restriksiyon enzimleri kullanıldı. AluI restriksiyon enzimiyle 2 farklı profil ve 2-3 arasında bantlar elde edildi. AluI ve Tsp509I restriksiyon enzimleriyle toplam 4 farklı profil elde edildi. Çalışmada, RAPD analizinin RFLP analizine göre daha ayırt edici bir test olduğu saptandı.Sonuç olarak; listeriaların, o bölgedeki insan ve hayvanlar için risk faktörü olduğu tespit edildi. Ayrıca sığır çiftliklerinin koyun çiftliklerine oranla daha yüksek bir riske sahip olduğu belirlendi. Elde edilen bulgular, süt ve süt ürünlerinin listeria kontaminasyonunun, bakterilerin hayvanlardan süte geçmesinden daha çok, gıdaların işlenmesi esnasında çevreden kaynaklandığını göstermektedir. Ayrıca bu çalışmada listeriaların görülme sıklığı ve bulundukları yerler açısından sonbahar ve ilkbahar mevsimlerinde, diğer mevsimlere göre daha fazla oranda izolasyon ve identifikasyonu yapıldı.