Helicobacter pylori CagA geni yönünden pozitif olan nazal mukoza ve polip örneklerinde miR-96-5P ve miR-5194 ifade seviyelerinin moleküler yöntem ile araştırılması

Nazal polipler, nazal ve paranazal boşluklardaki kronik mukozal inflamasyonun bir sonucu olarak ortaya çıkan yarı saydam, yuvarlak, soluk gri renkli kitlelerdir. Nazal polip sebebi olarak düşünülen Helicobacter pylori'nin cagA geni, vücutta şiddetli inflamasyona neden olur. Nazal poliplerde de inflamasyon önemli bir rol oynadığı için, H.pylori enfeksiyonlarının enfeksiyonlarının burundaki inflamasyon süreçlerini etkileyebileceği düşünülmektedir. Bu tez çalışmasındaki amaç; H.pylori cagA nın nazal mukozada ve poliplerdeki varlığını moleküler yöntemlerle incelemek ve bunun yanı sıra, cagA pozitif örneklerde, bu proteinin burun polibi oluşumundaki kritik rolünü belirli miRNA biyobelirteç analizleriyle aydınlatmaktır. Çalışma, H. pylori enfeksiyonlarının etiyolojisini daha iyi anlamak ve yeni tedavi yöntemleri geliştirmek açısından önemli bir adım teşkil etmektedir. Çalışmada, nazal mukoza ve polip örneklerinde PZR yöntemi ile pozitif bulunan H.pylori cagA'nın miR-5194 ve miR-96-5p'in ifade düzeylerine bakılmıştır. Bu amaç için, T.C. Malatya İnönü üniversitesi Turgut Özal Tıp Fakültesi Kulak, Burun ve Boğaz polikliniği'ne başvuran Ekim 2024-Aralık 2024 tarihleri arasında, nazal polip tanısı alan 45 hastanın dokuları değerlendirmeye alındı. Steril şartlarda iki parçaya ayrılan doku örneklerinden bir kısmından, H.pylori ve cagA gen bölgesi pozitifliğini belirlemek için DNA ekstrakrasyonu gerçekleştirilerek PCR yapıldı. Pozitif sonuç veren hastalara ait olan geri kalan polip örneklerinden Trizol ile RNA izolasyonu yapıldı. RNA izolasyonu sonucunun kalite kontrolü ise 3.5 μL RedSafe içeren % 1'lik agaroz jelde yürütüldü. Bantlar SYNGENE G-BOX ChemiXRQ UV jel görüntüleme sistemi ile görüntülenip RNA'ların degredasyon durumları kontrol edildi. RNA molekülerinin miktarı ve verimi Qubi̇t HS RNA Assay Kit (Katalog No: Q32852, Q32855) kullanılarak Qubit Florometre cihazında ölçümleri yapıldı. Uygun kalitedeki RNA örneklerinden ABScript III RT Master Mix for qPZR (RK20428) ile cDNA sentezi yapıldı Sentezlenen cDNA örnekleri ile Applied Biosystem Step One Plus Real-Time cihazında PZR reaksiyonu protokolü uygulandı. Bu şekilde belirlenen genlerin doku örneklerindeki ifade düzeyleri tespit edildi. Real-Time PZR sırasında normalizasyon geni olarak (Housekeeping Gen) U6 kullanıldı. cDNA sentezi yapıldıktan sonra miR-5194 ve miR-96-5p genlerinde mRNA gen ifade düzeylerinin belirlenmesi için qRT-PZR reaksiyonu kuruldu. Reaksiyon karışımı ve termal döngü şartları Genious 2X SYBR Green Fast qPZR Mix (High ROX Premixed) (RK21206) kiti kullanıldı ve üreticinin tavsiye ettiği protokole uygun olarak gerçekleştirildi. Veriler gruplar arasındaki farklılıkları ortaya koymak için QRT-PZR sonucunda elde edilen sonuçlar DataAssist v3.01 programında analiz edildi. Elde edilen H.pylori PZR sonuçları, H.pylori DNA'sı ve cagA gen bölgesinin varlığını nazal poliplerde ortaya koymaktadır. Bu çalışmada, miR-96-5p ve miR-5194'ün ekspresyon seviyelerindeki değişimler incelendi ve miR-96-5p'nin kontrol grubuna kıyasla polip grubunda benzer seviyelerde kaldığı, anlamlı bir değişiklik göstermediği gözlemlendi. Öte yandan, miR-5194'ün polip örneklerinde belirgin bir şekilde arttığı ve polip dokularında daha yüksek seviyelerde ifade edildiği tespit edildi. Anahtar Kelimeler: CagA gen, Helicobacter pylori, miRNA, Moleküler Nazal polip