Hepatoselüler karsinoma hastalığının tanısında ve izlenmesinde kullanılabilecek biyo-belirteç taranması

Hücrelerin kontrolsüz ve düzensiz çoğalması sonucu doku veya organlarda meydana getirdiği anormallikler kanser olarak tanımlanır. Primer karaciğer tümörlerinin %80-90'ını oluşturan Hepatoselüler karsinoma, özellikle kronik Hepatit B (%80) ve kronik Hepatit C enfeksiyonundan kaynaklanır. Günümüzde, araştırmacılar tarafından hastalıkların erken teşhisi için biyo-belirteç analizleri gerçekleştirilmektedir. Bunlardan birisi de serbest DNA analizleridir. Serbest DNA'lar hücre nekrozu veya apoptoz sonucu vücut sıvılarına salınırlar. Hücre nekrozu sonrası vücut sıvılarına salınan DNA, tümör dokuyu temsil etmektedir. Serbest DNA'lar genomik DNA parçaları olduğu gibi mtDNA da olabilmektedir. Tamir mekanizması zayıf olan mtDNA çevresel etmenlere karşı aşırı duyarlı olduğundan kanserin moleküler mekanizmasında önemli rol aldığı bilinmektedir. mtDNA kopya sayısının bazı hastalıklarda artarken bazı hastalıklarda azaldığı bildirilmiştir. Prognostik ve prediktif biyobelirteçler olabileceği düşünülen MikroRNA'lar, kodlayıcı özelliği olmayan küçük RNA parçacıklarıdır. Hücrede meydana gelen birçok olayda rol alırlar. İmmünolojik aktivasyonda önemli role sahip olan PD-1 proteinin ligana sahip tümörler, T hücrelerindeki PD-L1 ile etkileşime girerek kendilerine karşı gelişen immünolojik savunmayı inhibe eder. Bu özelliğinden dolayı PD-L1 çeşitli kanser türlerinde etkin rol aldığı bilinmektedir. Bu tez çalışmasında, Hepatoselüler karsinomada mtDNA kopya saysının değişimini belirlemek için 34 hasta ve 34 sağlıklı gönüllüden izole edilen DNA örneklerinde, ilk defa dijital PCR ile ve qPCR ile kesin miktar tayini yapılmıştır. Dijital PCR sonucuna göre hasta ve kontrol grubu arasındaki oranın 2,8 kat olduğu, qPCR analizi sonucu ise 1,7 kat olduğu belirlenmiştir. Aynı hasta ve kontrol grubunda (hsa-mir-33a'nın 7,3 kat, hsa-mir-203b'nin 4,6 kat, hsa-mir361-3p'nin 5,1 kat daha az eksprese olduğu ve hsa-mir-424'ün eskpresyon seviyesinin ise hasta ve kontrol grubu arasında anlamlı bir değişim göstermediği belirlenmiştir. Bu çalışmada ayrıca PD-L1 geni ile Beta Aktin geni arasında kopya sayısı değişimi analizi gerçekleştirilmiştir., Hasta ve kontrol grubunda iki gen arasındaki kopya sayısı oran farkı anlamlı bulunmamıştır. Ayrıca, serum/plazma örneklerinden serbest DNA izolasyonu için yöntem geliştirilmesi yapılmıştır. Bu amaçla ikisi ticari kit olmak üzere 9 farklı izolasyon yönteminin hem nükleer DNA hem de mtDNA referans alınarak qPCR ile karşılaştırılması yapılmıştır. Bu çalışma sonucunda HCC hastalarında, mtDNA kopya sayısının, hsa-mir-33a'nın, hsa-mir-203b'nin ve hsa-mir361-3p'nin sağlıklı bireylere göre anlamlı farkı ortaya konulmuştur.