HIV-1 proteaz enziminin kesme konumlarının tespitinde yeni öznitelik vektörleri

Canlıların vücudunda bulunan proteaz enzimleri, pek çok yararlı biyolojik işlevi yerine getirirler. Bununla beraber, virüsler, parazitler gibi pek çok bulaşıcı mikroorganizmalar, proteazları enfekte olabilmek için kullanırlar. Proteazların temel görevi yeni sentezlenmiş çoklu proteinleri uygun yerlerinden keserek yapısal hale gelmelerini sağlamaktır. Böylece, ait oldukları mikroorganizmanın olgunlaşması ve çoğalmasında rol alırlar. Bu nedenle proteazların özgünlüklerini çözmek ilaç ve aşı geliştimek için çok önemlidir. Bununla beraber, proteaz enzimlerinin özgünlükleri konusunda yetersiz bilgi bulunmaktadır. Bu nedenle laboratuvar ortamlarında, proteaz verileri elde etmek ve proteazların özgünlüklerini karakterize etmek için uygun biyobilişim öznitelik kodlama yöntemleri ve algoritmaları geliştirmek hayati derecede önemlidir. Bu tezde, Human Immunodeficiency Virüs Tip 1 (HIV-1) proteazının proteinleri kesme konumlarının tespiti üzerine çalışılmıştır.Proteinlerle çalışırken göz önününde bulundurulması gereken iki temel bilgi bulunmaktadır: kalıntıların birbirleri ile olan fizikokimyasal etkileşimleri ve protein dizilimi içindeki konumları. Bu iki temel bilgi, proteinin işlevini anlamada nirengi noktalarıdır ve HIV-1 proteazının çoklu proteinleri nereden keseceğinin tahmin edilmesinde kullanılabilir. Bu varsayımdan yola çıkarak, HIV-1 proteaz enzimi özgünlüğünün modellenmesinde Fizikokimyasal Tabanlı Kodlama Yöntemi (FTKY), Birimdik Taylor Venn Diyagramı (BirTVD ) ve Birimdik BOOL (BirBOOL) olarak isimledirilen üç öznitelik kodlama yöntemi geliştirilmiştir.HIV-1 proteazın kesme konumlarını tespit etmek için güncel iki HIV-1 proteaz veri setlerine ait peptit örüntüleri, öznitelik çıkarım yöntemleri ile kodlanmıştır. Bu kodlanan örneklerin öznitelikleri Temel Bileşenler Analizi (TBA) ve Doğrusal Ayırıcı Analiz (DAA) ile çıkarılmıştır. Ardından doğrusal Destek Vektör Makineleri (DVM) algoritması ile sınıflandırılmıştır. Elde edilen deneysel sonuçlara göre; BirTVD ve BirBOOL öznitelik çıkarım kodlama yöntemlerinde, başarım mevcut yöntemlere göre daha yüksek elde edilmiştir.