İç Batı Anadolu bölgesinde örtü altı alanlarda yetiştirilen domateslerde görülen virüslerin tespiti ve moleküler karakterizasyonu

Ülkemiz ekonomisinde çok önemli bir yeri olan domates, çiftçilerin önemli gelir kaynaklarındandır. Örtü altı domates yetiştiriciliği faaliyetlerinin yoğun olarak yapıldığı kıyı bölgelerde aşırı sıcaklar nedeniyle üretimin bittiği yaz döneminde bir boşluk oluşmaktadır. Bu dönemde ekonomik açıdan üretimin devamlılığını sağlamak için son yıllarda yayla koşullarında seralarda domates yetiştiriciliği yaygın olarak yapılmaya başlanmıştır. Bu çalışmada yayla seracılığı yapılan Afyonkarahisar, Burdur, Denizli, Isparta, Kütahya, Uşak illerinde domates seralarından arazi çalışması yapılmış, virüs belirtileri gösteren 282 örnek toplanmıştır. Örnekler SYBR Green bazlı iki aşamalı RT-qPCR yöntemi ile 18 farklı virüs için ayrı ayrı test edilerek domates virüslerinin tanılaması yapılmıştır. Test edilen örneklerden 224'ünün virüsle bulaşık olduğu ve örneklerden 98 tanesinin birden fazla virüs ile karışık enfeksiyon içerdiği tespit edilmiştir. Çalışma alanları içerisinde en çok virüs bulunan bölge Burdur olurken en çok bulunan virüsler ise TSWV, ToBRFV, ToMV, TMV, PVY ve PepMV olarak belirlenmiştir. Daha sonra RT-qPCR sonucunda pozitif olduğu tespit edilen virüsleri ve farklı örnekleme alanlarını temsil eden 4 izolat seçilmiştir. Seçilen TSWV ve ToBRFV virüslerinin kılıf protein (CP) genlerinin tamamı iki aşamalı RT-PCR yöntemi ile çoğaltılmış, saflaştırılmış, klonlanarak CP gen dizilimleri belirlenip moleküler karakterizasyonları yapılmıştır. Bu diziler analiz edilerek farklı bölgelerden elde edilen virüs izolatlarının CP gen dizilimleri genbankası veri tabanından alınan, dünyanın farklı üretim bölgelerinden elde edilen virüs izolatlarının CP genleriyle karşılaştırılarak benzerlik oranları ve filogenetik ilişkileri ortaya konmuştur. Ayrıca 4 virüsün tanılanmasına yönelik TSWV, ToMV, ToBRFV ve PVY virüslerinin hassas, güvenilir ve hızlı bir şekilde eş zamanlı olarak aynı reaksiyon içerisinde tespit edilmesine olanak sağlayan TaqMan probe bazlı multipleks one-step RT-qPCR yöntemi geliştirilmiştir.