Cibacron blue F3GA bağlı manyetik polimerler ile albumin etkileşiminin bilgisayarlı ortamda incelenmesi

İnsan serumu albümini (HSA), insan plazması içeriğinde en sık karşılaşılan proteindir. Bu haliyle kan içeriğindeki proteinlerinin %60'ını oluşturur. Yağ asitleri ve ilaç gibi farklı molekülleri kan içinde aktarmasının yanında en önemli görevlerinden biri, kan ile doku sıvıları arasında su miktarının dengelenmesini, yani ozmotik basıncı sağlamaktır. Albüminin eksikliği çeşitli metabolik hastalıklara yol açmakla birlikte, kanda bol miktarda bulunması da proteom analizlerinin kısıtlanmasına neden olmaktadır. Bu nedenlerle, albümin uzun yıllardır çeşitli yöntemlerle saflaştırılmakta veya kan ortamından uzaklaştırılmaktadır. Saflaştırma ve ayırma yöntemleri arasında en sıklıkla kullanılan yöntem afinite kromatografisidir. Afinite kromatografisi, belli bir moleküler yapıya ve yönlenmeye sahip immobilize ligand ve hedef molekül arasındaki seçici, spesifik ve tersinir etkileşimlere dayanan bir ayırma yöntemidir. Afinite kromatografisi, immobilize metal şelat afinite yöntemlerinden boya afinite kromatografisi, afinite kapiler elektroforez afinite çöktürme ve afinite membranlara kadar birçok alanda kullanılan yöntemlerin başında gelmektedir. Boyar madde Cibacron Blue (CBD) ise boya afinite kromatografisinde en çok kullanılan boya ligandlardan birisidir. HSA saflaştırılması için CBD çok uyumlu bir boya liganddır. Ancak, CBD boya ligand içeren birçok afinite uygulaması olmasına rağmen, CBD ve HSA arasındaki etkileşimin bilgisayarlı ortamda incelendiği çok fazla araştırma bulunmamaktadır. Bu kapsamdaki tez çalışmasında, CBD ve HSA arasındaki etkileşimin değerlendirilmesi için moleküler kenetlenme yazılımı AutoDock kullanılmıştır. CBD ile yapılan moleküler kenetlenme çalışmaları, altı farklı konformasyonda CBD ve HSA arasında bir etkileşim olabileceğini ve HSA'nın farklı bağlanma bölgelerine ulaşabileceğini göstermiştir. Altı farklı konformasyonun bağlanma serbest enerjileri hesaplanmıştır. CBD'nin en uygun konformasyonunda ve enerjetik olarak en istenir sonuç, konformasyon 5 için belirlenmiştir.