Kurkuminin helikobakter pilori 5'-methylthıoadenosıne/s-adenosylhomocysteıne nucleosıdase üzerine etkisinin moleküler dinamik yöntemi ile incelenmesi

Helikobakter pilori (H. pilori), gastrik ülsere ve mide enfeksiyonlarına neden olan bir bakteridir. H. pilori, metiyonin ve purin kurtarma yolları, futalosin yolu ve poliamin biyosentezi gibi çoğu bakteriyel metabolik işlemlerde 5′-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase (MTAN) proteinine ihtiyaç duyar. MTAN proteini, bakteriyel metabolizmada ve bakteriler arası iletişimde önemli bir rol oynadığı için, H. pilori gelişimini önlemede önemli bir hedef inhibitör olabilir. Doğal bir bileşik olan kurkumin, H. pilori gelişimine karşı etkili bir inhibitör olarak varsayılabilir. Bu çalışmada, Moleküler Dinamik simülasyon yöntemiyle HpMTAN'ın konformasyonel yapısı ve dinamikleri üzerine kurkumin'in etkisini araştırdık. Kurkumin, HpMTAN'ın tek bir zincirine ve her iki zincirine bağlıyken, HpMTAN'ın davranışlarını karşılaştırdık. Elde edilen sonuçlara göre; kurkuminin yaklaşık olarak -8 kcal/mol'lük yüksek bir bağlanma enerjisiyle HpMTAN'a bağlandığı ve aktif sitedeki bazı rezidülerle Hidrojen bağı oluşturduğu tespit edildi. Ayrıca, HpMTAN'a kurkumin bağlanması büyük konformasyonel değişiklere ve rezidü dalgalanmalarına neden olmadığı ancak HpMTAN'ın ara ve iç zincir korelasyonlarını arttırdığı gözlemlenmiştir.