Yerel SARS-CoV-2 izolatının in vivo ve in vitro seri pasajlarını genom boyu etkilerinin incelenmesi

Şu ana kadar dünya hala hayatımızın birçok yönünü etkileyen SARS-CoV-2 salgınıyla uğraşmaktadır. Bilim dünyası SARS-CoV-2 virüsünün mutasyonlar yoluyla evrim geçirme kapasitesine hayranlık duymaktadır; bu da virüsün bulaşma noktalarını ve konakçının bağışıklık sisteminden kaçma becerisini etkilemektedir. Bu çalışma kapsamında, yerel SARS-CoV-2 Ank1 izolatının seri pasajlanması sırasında meydana gelen genomik değişiklikleri daha iyi anlamayı amaçladık. Yerel SARS-CoV-2 izolatı in vitro ve in vivo olarak on kez seri pasajlanmıştır (sırasıyla Vero E6 hücreleri ve tip 1 interferon knockout transgenik fareleri (IFNAR-/-)). İzolatların tüm genom dizilimi Illumine NextSeq 550" Yeni Nesil Dizileme platformu (NGS) ve "Paragon CleanPlex® SARS-CoV-2 Paneli" kullanılarak elde edilmiştir. Daha sonra, ham sekans verileri, izolatların genetik materyallerindeki genom değişikliklerini araştırmak için Genome Detective, Unipro UGENE ve Geneious Prime iş akışları gibi çeşitli biyoinformatik araçlarla analiz edilmiştir. Sonuçlarımıza göre, in vitro pasajlamada, 10 numaralı pasajda, orijinal izolata kıyasla dört eşanlamlı olmayan sübstitüsyon ve iki eşanlamlı sübstitüsyon tespit edilmiştir. İlginç bir şekilde, in vivo pasajlamada, 9. ve 10. pasajlarda, iki ek eşanlamlı olmayan sübstitüsyon görülmüştür. Elde ettiğimiz sonuç, SARS-CoV-2 'nin in vitro ve in vivo pasajlama süreçlerinin genomunu etkilediğini göstermiştir, laboratuvardaki konak ortamlarının izolat üzerinde seçici olarak baskı oluşturduğunu tahmin etmiştir.