İzmir ili krizantem üretim alanlarında görülen virüslerin saptanması; biyolojik ve moleküler karakterizasyonu

Bu çalışma da 2013-2014 yıllarında İzmir'in Menderes ve Urla (Bademler) ilçelerinde yoğun olarak krizantem yetiştiriciliği yapılan üretim alanlarında enfeksiyon oluşturan viral etmenlerin saptanması ve bulunma durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Menderes ilçesinden 100 ve Urla ilçesinden 95 örnek olmak üzere 195 bitki örneğiyle yürütülmüştür. Alınan krizantem örneklerindeki viral etmenlerin tanılanmasında moleküler ve biyolojik yöntemler kullanılmıştır. Toplanan örneklerden 5 viral etmenin varlığı RT-PCR yöntemi ile araştırılmıştır. Araştırma kapsamında testlenen toplam 195 örnekte viral enfeksiyon oranının RT-PCR yöntemi ile %16.5olduğu görülmüştür. Menderes ilçesinden alınan örneklerde % 33 viral enfeksiyon saptanmıştır. Urla ilçesinden alınan örneklerde herhangi bir viral etmen saptanmamıştır. Çalışmada testlenen örneklerde en yaygın olarak Cucumber mosaic virus' ün (%9) bulunduğu ve bunu Chrysanthemum B virus (%7) ve Tomato spotted wilt virus (1 örnek) adlı virüslerin izlediği saptanmıştır. RT-PCR yöntemlerinin sonuçları değerlendirilerek biyolojik testler yürütülmüştür. Elde edilen veriler sonucunda RT-PCR ile izole edilen TSWV adlı viral etmen dünyadaki diğer izolatlarla benzerliğinin karşılaştırılması amacıyla sekanslamaya gönderilmiş, elde edilen nükleotid dizilimleri dünyadaki diğer izolatlarla kıyaslanmıştır. İzole edilen TSWV' nin KF146700kodlu izolatla %94 oranında benzerlik gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma ülkemizde krizantem virüs hastalıklarının belirlenmesi için yapılan ilk çalışma olması yönünden önem taşımaktadır. Anahtar Kelimeler: Krizantem, virüs, RT-PCR, karakterizasyon