Kanserli ve ailesel kanser riski nedeniyle klinik ekzom dizi analizi yapılan olgularda saptanan patojenik ve olası patojenik varyantların tekrarlı analizlerle değerlendirilmesi ve klinikle ilişkilendirilmesi

Genetik ve biyoinformatikteki ilerlemeler özellikle genom dizileme teknolojilerindeki gelişmeler ve veri bankalarındaki bilgilerin artması kanser patogenezinde ve kanser yatkınlığının belirlenmesinde genetiğin önemini arttırmaktadır. Ekzom dizileme ile tanı halen %50'nin altında kalmaktadır. Dizi analizlerinin tekrarlı değerlendirilmesi tanı olasılığını arttırabilir. Bu çalışma retrospektif, tanımlayıcı ve gözlemsel bir çalışmadır. Çalışmaya kanser tanısı almış veya ailevi kanser yatkınlığı olan 23 olguya ait klinik ekzom dizi analiz (KED) verileri alındı. KED analizindeki kanserle ilişkili genlerdeki varyantlar Amerikan Medikal Genetik ve Genomik Birliği (ACMG) kriterlerine göre patojenik, olası patojenik ve önemi bilinmeyen (VUS) olarak sınıflandırıldı. Benign ve olası benign varyantlar çalışmaya dahil edilmedi. Bu varyantlar yaklaşık 1 yıl sonra yeniden analiz edildi ve klinik ile ilişkilendirildi. Olguların 12'sinde meme patolojisi, 4'ünde over kanseri, 1'inde akciğer, 1'inde prostat, 5 olguda ailede kanser öyküsü vardı. KED verilerinin ilk sınıflandırmasında 26 (%32,50) olası patojenik/patojenik varyant, 54'ünde (%67,50) önemi bilinmeyen varyant (VUS) tespit edildi. Varyantların yapısal dağılımında 4 duplikasyon, 4 delesyon ve 72 SNP saptandı. Sekiz olguda olası patojenik/ patojenik varyant yoktu. Bu olguların altısında meme patolojisi diğer ikisinde ailesel kanser öyküsü vardı. Varyantların önemli kısmı tümör baskılayıcı genlerde, protoonkogenlerde ve DNA tamir genlerinde bulundu. Yeniden analizde 15 varyantın (%18,75) patojenitesi değişmiştir. Patojenitesi yükselen tek varyant (BRCA2 geni 23.ekzon c.9097dup) saptandı. İlk değerlendirmede olası patojen olan 17 varyanttan altısı ve patojen varyantlardan ikisi VUS olarak yeniden sınıflandırıldı. İlk değerlendirmede VUS olarak değerlendirilen 54 varyantın ise altısı sonraki değerlendirmede olası benign/benign olarak sınıflandırıldı. Hasta klinikleri ile ilişkilendirildiğinde klasik kanser yatkınlık genlerinde önemli bir farklılık gözlenmezken orta ya da seyrek görülen varyantlarda değişim daha fazla olmuştur. Mevcut kılavuzlar, ortaya çıkan veriler ışığında CES ve NGS verilerindeki varyantların durumunun periyodik olarak gözden geçirilmesini önermektedir. Yeni bilgilere hızla uyum sağlayarak ve yeni verileri analizlere uygulayarak bulgularımızın doğruluğunu ve ilişki düzeyini artırabiliriz. Sonuçta hasta tedavisi hakkında hedefe yönelik kararlar almak için daha fazla veri sağlayabiliriz. Araştırma bulgularımız tekrarlanan analizlere dayanarak tedavi kararları vermenin hastaya fayda sağlayabileceğini göstermektedir. Bu yaklaşım kapsamlı tedavi planının bir parçası olarak düşünülebilir. Genetik danışma oturumlarında hastalara yeniden analiz yapılmasının gerekliliği ve yararları anlatılmalıdır.