Karpuz bitkisinde bZIP (temel lösin fermuarı) transkripsiyon faktör genlerinin biyoinformatik analizleri ve gen ifadelerinin kuraklık stresi altında incelenmesi

Transkripsiyon faktörü ailelerinden birisi olan Bazik Lösin Fermuar (bZIP) ailesi üyeleri, çok çeşitli morfolojik ve fizyolojik süreçlerde düzenleyici olarak rol oynarlar. Çeşitli bitkilerde yapılan çalışmalarda bZIP genlerinin tespiti yapılmış ancak bugüne kadar karpuz üzerinde kapsamlı bir çalışma yapılmamıştır. Citrillus lanatus kromozomları üzerinde 59 adet ClabZIP geninin yeri tespit edilmiştir. Citrillus lanatus'ta bulunan bZIP protein ailesi üyeleri, filogenetik olarak 7 alt aileye ayrılmıştır. Aynı alt aileyi oluşturan bZIP proteinlerinin çoğu, korunmuş motiflerden oluşur, benzer gen yapılarına sahiptir. Kromozom dağılımı ve genetik analizlere göre, 21 ClabZIP geninde duplikasyon gözlemlenmiştir. Ayrıca bZIP proteinlerinin üç boyutlu yapı ve işlevleri tahminlenmiştir. Farklı dokularda bulunan ClabZIP gen ifade profillerinin değerlendirilmesi için, farklı meyve gelişim aşamaları ve vasküler dokularda belirlenmiş olan RNA-seq verileri analiz edilmiştir. Buna ek olarak, kuraklık stresi uygulanan karpuz bitkisinin kök ve yaprak dokularında seçilen ClabZIP genlerinin ifade seviyeleri, Real time PZR kullanılarak incelenmiştir. Sonuç olarak, ClabZIP-57 geninin kuraklık stresi uygulaması sonrasında kök ve yapraklarda en yüksek ifade düzeyine ulaştığı gözlemlenmiştir. Bu tür gen tanımlama çalışmaları, bitkilerde bZIP protein ailesinin işlevlerinin incelenmesinde yeni bakış açıları oluşturmaktadır.