84
Archived Theses
0
DOIs Assigned
0%
DOI Rate
Discipline
Şeker pancarı genomunda bZIP genlerinin biyoinformatik analizleri ve kuraklık - sıcaklık stres koşullarında ifade profilleri
Lösin fermuar (bZIP) transkripsiyon faktörü ailesi, bitkilerdeki en büyük ve en çeşitli transkripsiyon faktörü ailelerinden biridir. Bitki büyümesini ve gelişimini düzenlemesine ek olarak biyotik ve abiyotik streslere yanıtta önemli rol oynamaktadır. Şeker pancarı (Beta vulgaris L.) taksonomik olarak, Amaranthaceae ailesine ve Beta cinsine aittir. Bu çalışmada, şeker pancarı genomunda 251 adet bZIP geni belirlenmiştir. BvbZIP genlerinin kromozomal dağılımları incelendiğinde en çok genin 7. kromozomda yer aldığı görülmüştür. Tahmini gen yapısı analizine göre 28 adet BvbZIP geninin intron içermediği saptanmıştır. Arabidopsis, soya, çeltik ve kavak bitkilerindeki bZIP genleri ile karşılaştırmalı fiziksel haritalara bakıldığında en çok ortolog gene sahip bitkinin soya olduğu görülmüş ve en yakın ayrılma süresi kavak bitkisindeki genler ile belirlenmiştir. Ayrıca BvbZIP genleri için filogenetik ilişkileri, korunmuş amino asit motifleri, gen ontolojileri, bZIP genlerini hedefleyen miRNA'ları, tahmini üç boyutlu yapıları farklı biyoinformatik araçlar kullanılarak belirlenmiştir. Bunlara ilaveten, açık veri tabanlarından elde edilen transkriptom verileri kullanılarak bu genlerin farklı koşullardaki ifade profillerinin incelenmesi yapılmış olup seçilen genler kuraklık toleranslı ve kuraklık hassas şeker pancarı çeşitlerinin yaprak dokularında RT-PZR analizi ile incelenmiştir. Yapılan analizler sonucunda şeker pancarında BvbZIP-31, BvbZIP-54, BvbZIP-59 ve BvbZIP-63 genlerinin abiyotik stres direncinde rol aldığı düşünülmektedir. Ayrıca BvbZIP-59 geninin her iki çeşitte de tüm streslerde ifade seviyelerinin belirgin bir şekilde arttığı görülmüştür. Böylece 2014 yılında şeker pancarının tüm genom dizisi çıkarılmış olsa da şeker pancarı genomunda ilk kez bu tez çalışması kapsamında bZIP genlerinin belirlenmesi, karakterizasyonu ve sıcaklık, kuraklık, sıcaklık-kuraklık kombine strese karşı yanıtlarının incelenmesi ve bu stresler altında oluşan moleküler mekanizmalar hakkında önemli bilgiler elde edilmiştir. bZIP gen ailesine ait elde edilen bilgiler ışığında, sıcaklık, kuraklık ve kombine stres koşullarına dayanıklı şeker pancarı ve diğer tarım bitkilerinin üretilmesine katkı sağlayacak önemli verilerin elde edileceği düşünülmektedir. ANAHTAR KELİMELER: Şeker Pancarı, bZIP, Biyoinformatik Analizler, Sıcaklık, Kuraklık ve Kombine Stresi, Gen Ekspresyon Analizi
Kabak bitkisinde ısı şoku proteini ve ısı şoku faktörü genlerinin biyoinformatik karakterizasyonu ve farklı abiyotik stres koşullarında ifade profilleri
Isı şoku proteinleri (Hsp) bitkinin normal büyüme ve gelişme süreçlerinin yanında protein homeostazisini sağlayarak çevresel strese yanıt oluşum mekanizmasında görev almaktadır. Cucurbitaceae ailesi; salatalık, kavun, karpuz, bal kabağı gibi ekonomik ve besinsel değere sahip birçok bitkiyi çatısı altında bulundurur. Ülkemizde yıl boyu üretimi devam eden Cucurbita pepo (sakız kabağı) ise, bu ailenin ekonomik değer taşıyan bir diğer üyesidir. Seyden F1 ve Cordelia F1 iç piyasada ve ihracatta en çok tercih edilen iki kabak çeşididir. Bu çalışmada kabak genomunda 44 adet sHsp, 188 adet Hsp40, 42 adet Hsp60, 28 adet Hsp70, 10 adet Hsp90, 152 adet Hsp100 ailesi üyesi olmak üzere toplam 464 adet Hsp geni; 77 adet ise Hsf geni in silico olarak tanımlanmıştır. Tespit edilen gen ve proteinlerin; kromozomal yerleşimi, ekzon-intron ve motif organizasyonu, aile içi filogenetik ilişkileri, ortolog ilişkileri, miRNA ve protein-protein etkileşimleri, duplikasyon olayları, tahmini üç boyutlu yapıları, gen ontolojisi analizleri ile karakteristik özellikleri ortaya konmuştur. Çalışmanın moleküler kısmında ise belirlediğimiz genlerin yüksek sıcaklık, kuraklık ve yüksek sıcaklık-kuraklık kombine streslerindeki ifade profilleri qRT-PCR yöntemi ile belirlenmiştir. Her iki varyetenin Hsp ve Hsf gen ifade seviyelerini çoğunlukla arttırarak strese yanıt verdiği gözlenmiştir. Özellikle tüm zaman dilimlerinde ve tüm stres koşullarında ifadesinde artış belirlenen CpHsp70-20 ve CpHsf-68 genlerinin, bitkinin strese tolerans mekanizmasında etkin rol üstlendiğini işaret etmektedir. Çalışmamızda belirlenen markör genlerin ve in silico etkileşim çıktılarının klonlama, ileri fonksiyonel araştırmalar ve moleküler ıslah çalışmalarında kullanılarak mahsul iyileştirilmesine katkı sağlayacağını öngörmekteyiz
İdrar yolu enfeksiyonundan izole edilen patojenik Escherichia coli bakteri suşlarının antibiyotik direncinin ve genetik özelliklerinin belirlenmesi
İdrar yolu enfeksiyonunda patojenik Escherichia coli suşlarının antibiyotik direnci ve genetik özelliklerinin belirlenmesinde toplanan 30 idrar örneğinin %66,66 oranında kadınlardan, %33,33 oranında ise erkeklerden üro-patojenik E. coli izole edilmiştir. Örneklerden elde edilen 30 izolatın %73,30 oranındaki kısmı iki ila on üç antibiyotiğe karşı direnç göstermiştir. Yapılan antibiyogram tesitinde izolatların sırasıyla trimetoprim+sülfametoksazole (17) %56,66 oranında, siprofloksasin ve gentamisine (14) %46,66 oranında ve ampisilin/sulbaktam ve sefiksimin (9) %30,00 oranında direnç gösterdiği belirlenmiştir. Bunun yanı sıra ertapeneme 93,33 oranında, imipeneme %96,33 oanında ve meropeneme ise %100 oranında hassas oldukları belirlenmiştir. Resistans geliştirdiği tespit edilen 5 suşun tüm genom dizileme (WGS) düzeneği, izolat 1 için 5,24 Gbp, izolat 2 için 5,20 Gbp izolat 3 için 5,25 Gbp, izolat 4 için 5,25 Gbp ve izolat 5 için 5,36 Gbp olarak bulunmuştur. Seçilen bu 5 dirençli suş içindeki direnç genlerini araştırmak için, web tabanlı platform verileri birden çok sınıfa ait 19 direnç geni göstermiştir. Bunlardan β-laktamaz (blaTEM-1B, blaCTX-M-15 ve blaOXA-1) çeşitli nesillerde sefalosporinlere karşı dayanıklı bulunmuştur. sul1, sul2, dfrA17 ve dfrA14 genleri trimetoprim+sülfametoksazole karşı, aph(3")-Ib, aph(3")-Ia, aph(6)-Id, aac(3)IId, aac(3)IIe, aac(6)-Ib-cr, aadA5 genleri aminoglikozidlere karşı, tet(B) ve tet(A) genleri tetrasiklinlere karşı, catA1 geni kloramfenkole karşı, qnrS1 florokinolonlara karşı ve mph(A) geni makroliglere karşı dirence sahip bulunmuştur. Florokinolonlar, gyrA, parC ve parE genlerindeki nokta mutasyonlarını kaçırmışlardır. Bu çalışmaya dahil edilen virülans faktör genleri (VF) bakımından izolat 1, %17,85 oranında, izolat 2 %15,47 oranında ve izolat 3 %14,28 oranında insidansa saip bulunmuştur. İzolat 4 %25 oranında, izolat 5 ise en yüksek insidans oranı ile %27,38 olarak bulunmuştur. İzolatların VF kategorisi; adhesins 12, demir alım sistemi 9, koruma ve istila, toksin 4 ve muhtelif protein 7 olarak dağıtılmıştır. Filogruplar dört ana türde sınıflanmış olup; izolat 1 ve izolat 4 B1 ve B2 olurken izolat 2, izolat 3 ve izolat 5 grup D'de aynı filogenetik grupta yer almışlardır.
Phlomoides moluccelloides (Bunge) Salmaki bitki ekstraktlarının in vitro terapötik potansiyelinin araştırılması
Günümüzde modern tıpta kullanılan birçok ilacın temelini şifalı bitkiler oluşturmaktadır. Bu nedenle daha önce çalışılmamış endemik bitki türlerinin biyolojik aktivitelerinin araştırılması ve literatüre kazandırılması önemlidir. Bu tez, Phlomoides moluccelloides (Bunge) Salmaki'nin toprak üstü ve kök bölümlerine ait metanol (MeOH) ve infüzyon ekstraktlarının antibakteriyel, anti-quorum sensing ve antiproliferatif aktivitelerini belirlemeyi amaçlamıştır. Antiproliferatif aktivite, MTT testi kullanılarak HeLa, MCF-7 ve MDA-MB-231 kanser hücre kültürü hatlarında araştırılmıştır. Ekstraktların minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri, sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak bir takım referans bakteri suşlarına karşı değerlendirilmiştir. Ekstraktların anti-quorum sensing aktiviteleri, Pseudomonas aeruginosa PAO1 ve Chromobacterium violaceum ATCC 12472 bioraportör suşlarında viyolasin ve piyosiyanin pigment üretiminin inhibisyonu, biyofilm formasyonunun inhibisyonu ve yayılma hareketliliğinin (swarming motilite) inhibisyonu üzerine test edilmiştir. Kullanılan tüm ekstraktlar, MCF-7 hücre hattına karşı doza bağımlı antiproliferatif aktivite gösterirken, yalnızca toprak üstü kısmının MeOH ekstraktı HeLa ve MDA-MB-231 hücre hatlarına karşı doza ve zamana bağlı antiproliferatif aktivite göstermiş olup, toprak üstü kısmının infüzyon ekstraktı ise HeLa hücre hattına karşı doza ve zamana bağlı antiproliferatif aktivite sergilemiştir. En etkili sonuç, 48. saatte MCF-7 hücre hattında toprak üstü kısma ait MeOH ekstraktı için (IC50 = 875,7 µg/mL) belirlenmiştir. Tüm ekstraktların test edilen bakterilere karşı minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri> 2000 µg/mL olarak tespit edilmiştir. Ekstraktların hepsinin P. aeruginosa PAO1'in swarming hareketliliğini kısmen inhibe ettiği belirlenmiştir. Ayrıca toprak üstü kısma ait MeOH ekstraktı, bakteri üremesini durdurmadan piyosiyanin üretimini %81,7 oranında engellemiştir. Biyofilm oluşumu ve viyolasin pigmentlerinin üretimi söz konusu olduğunda ise ekstraktlar önemli bir inhibe edici etki göstermemiştir. Bulgular, P. moluccelloides'in kanser hücreleri üzerinde antiproliferatif bir etkiye ve iyi bir anti-quorum sensing ajanı olma potansiyeline sahip olduğunu göstermektedir. Bu biyolojik aktivitelere sebep olan mekanizmaların aydınlatılması için ileri analizlerin gerçekleştirilmesi önerilmektedir
Bitkilerde ekspansin gen ailesinin biyoinformatik analizleri ve veritabanı oluşturulması
Bitkiler yeryüzünde kendi besinini üreten ökaryotik canlılardır. Bitkiler aleminde çok fazla organizma bulunmaktadır ve canlıların yaşam kaynağı olan oksijenin üretilmesinden sorumludurlar. Bu da bitkileri solunum yapan canlılar için önemli kılmaktadır. Bitki hücrelerinde bulunan hücre duvarı, bitkiye destek sağlayan, turgor basıncına karşı hücreye esneklik katan ve en dış katmanda bulunan selülozik bir yapıdan oluşmaktadır. Hücre duvarı biyotik ve abiyotik birçok etmenden etkilenmektedir. Ekspansinler, hücre duvarına etki eden ve genişlemesini sağlayan bir protein ailesidir. Tüm bitkilerde ve hücre duvarının bulunduğu diğer canlılarda ifade edilmektedir. pH'a bağımlı olmak koşuluyla hücre duvarının genişlemesi yönünde etki göstermektedir. Bitkilerde; hücre büyümesi, meyve olgunlaşması, tohum çimlenmesi gibi gelişimsel süreçlerde görev aldığı bilinmektedir. Ekspansin gen ailesi dört alt aileye ayrılmaktadır. Bunlar; alfa expansin (EXPA), beta ekspansin (EXPB), alfa benzeri ekspansin (EXLA) ve beta benzeri ekspansindir (EXLB). Bu tez çalışması kapsamında toplam 70 adet bitkide bulunan ekspansin genlerine ait gen yapılarının, korunmuş motiflerin belirlenmesi, tahmini üç boyutlu yapılarının gösterilmesi gibi biyoinformatik analizler gerçekleştirilmiştir. Ayrıca ekspansinlerin hangi alt aileye ait olduğunun belirlenmesi amacıyla derin öğrenme yöntemi geliştirilmiştir. Yapılan analizlerin tamamı http://www.expansingenefamily.com/ adresinde veritabanı haline getirilmiştir. 'Expansin Gene Family' veri tabanı, çevrimiçi ücretsiz erişim sağlanabilen uluslararası bir veritabanıdır. Bu çalışma ile ekspansin gen ailesine yönelik çok geniş kapsamlı bir veri tabanı oluşturulmuş olup ekspansin genleri ile çalışmak isteyen bilim insanları için öncü bir çalışma niteliği taşımaktadır.
Irak Felluce'deki meme kanseri vakalarının incelenmesi
Dünya'da birçok kadını etkileyen meme kanseri, Orta Doğu'da önemli bir sağlık sorundur. BRCA1 ve BRCA2 dahil olmak üzere meme kanseri ile ilişkili genler, bu yıkıcı hastalıkla mücadelede iyi bilinen isimler haline gelmiştir. Vücuttaki tümörlerin büyümesini baskılamaya yardımcı olan proteinler üreten bu genlerin, meme kanseri gelişme riskini arttırmaktadır. Çalışmada 8 hastaya kimyasal testler, PCR ve Sanger dizileme analizleri uygulanmıştır. Hemogram verilerinde, her iki aile içerisindeki değerleri yakın bulunmuştur. BRCA1-ex10a amplifikasyonu ve BRCA1-ex10b amplifikasyonu sonuçlarının benzer olduğu görülmüştür. Bu çalışmada, meme kanserli Iraklı deneklerde yedi SNP'nin (rs16941, rs799917, rs1799950, rs55906931, rs778359104, rs786203979 ve rs2053655843) belirgin bir yaygınlık gösterdiği bulunmuştur. Halihazırda tanımlanmış SNP'lerin her birinin, meme kanserinin başlangıcı ve gelişimi ile olası etkileşiminin doğasını değerlendirmek için ayrı ayrı gösterilmiştir. 8 örnek için 7 SNP Sanger dizisi ile sekanslama yapılmıştır. Bu analiz BRCA1 geni ID: 672 ile gerçekleştirilmiştir. BRCA1 geninde tanımlanan rs16941 SNP, meme kanseri riski ile ilgili olarak kapsamlı bir şekilde incelenmiştir. BRCA1 geninde tanımlanan rs1799950 SNP, artan meme kanseri riski ile çelişkili ve karmaşık ilişkilere sahip olduğu görülmüştür. Tespit edilen BRCA1-rs55906931 SNP, alternatif G alleli çok düşük bir oluşumuna sahiptir. Tespit edilen BRCA1-rs778359104'un, BRCA1 geninin kodlama dizilerinde yer alan nadir bir hatalı SNP olduğu görülürken, tespit edilen BRCA1-rs786203979'un, BRCA1 kodlu protein üzerinde yanlış bir etki ile BRCA1 geninin kodlama dizilerinde yer alan nadir bir SNP olduğu belirtilmiştir. Bu çalışmada en son tanımlanan rs2053655843 SNP, BRCA1 kodlu protein üzerinde yanlış bir etki ile BRCA1 geninin kodlama dizilerinde yer alan nadir bir SNP olduğu görülmüştür. BRCA1 geninde tanımlanan rs16941, rs799917, rs1799950, rs55906931, rs778359104, rs786203979 ve rs2053655843 SNP'leri meme kanseri gelişme riskinin artmasıyla ilişkilendirilebilse de, bu SNP ile meme kanseri riski arasındaki ilişki karmaşık ve çok faktörlü olduğu tespit edilmiştir. ANAHTAR KELİMELER:Meme kanseri, BRCA1, BRCA2, PCR, SNP, genetik
QTL haritalama yöntemlerinin geçerliliği üzerine bir simülasyon çalışması
Bu çalışma QTL analiz yöntemleriyle yapılan tahminlerin geçerliliğini araştırmak üzere yapılmış bir simülasyon çalışmasıdır. Bilgisayarda R yazılım ile yapılan simülasyon programı ile lokusların yeri ile ilgili çeşitli senaryolara uygun çeşitli genişlikte örnekler üretilmiştir. Çalışma sonunda farklı senaryolar için farklı sonuçlar bulunmuştur. Programın her çalışmasında sonuçlar tesadüfi değişiklikler gösterecektir. Çalışma sonunda, lokuslar yakın olduğu zaman tahminin daha sapmasız olduğu, örnek genişliği arttıkça tahminin etkinliğinin arttığı bulunmuştur.
Belirli bir dna dizisi bakımından popülasyonlar arası farklılık üzerine bir simülasyon çalışması
Bu çalışma belirli bir DNA dizisi bakımından populasyonlar arası farklılık üzerine bir simulasyon çalışmasıdır. R'da yazılan simulasyon programıyla aynı müşterek cedden dolayı özdeş iki dizi farklı sayıda generasyonlar boyunca karşılaştırılmıştır. İki mutasyon hızı kullanılmıştır. Mutasyon hızı tahminlerinin, generasyon sayısı arttıkça, etkinliğinin ve sapmasızlığının arttığı görülmüştür.
Genetik analizlerde kullanılan istatistik yöntemler
Bilimin hemen her alanında araştırma sonuçlarının değerlendirilmesinde İstatistik yöntemlerin kullanılmasına ihtiyaç duyulur. Çünkü bilimsel araştırmaların çoğunda elde mevcut araştırma materyalinin, hipotetik bir populasyonu temsil etmesi, o populasyondan bizim araştırma materyalimiz gibi bir tesadüf örneği çekme ihtimali ne kadar büyükse o kadar mümkündür. Genetik araştırmalarda da, elde mevcut materyalin belirli bir genetik kurala uygunluğunun test edilmesi, farklı populasyonların genetik yapılarının karşılaştırılması gibi istatistik yöntemlere başvurulmasını gerektiren analizler söz konusudur. Bu tezin amacı, genetik çalışmalarda kullanılan istatistik yöntemleri bir araya getirerek sunmaktır. Bu amaca uygun olarak, genetik analizlerde kullanılan istatistik yöntemlerle ilgili kaynaklar taranmış ve belirli bir düzene sokularak sunulmuş, özellikle belirli DNA dizileri bakımından populasyon içinde ve populasyonlar arasında farklılıkları analiz etmek üzere geliştirilmiş olan testler üzerinde durulmuştur.
Taşköprü tekçam sarıçam (Pinus sylvestrıs L.) klonal tohum bahçesinde ibre element analiz yöntemiyle genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Günümüzde çağdaş ormancılık uygulamalarının en önemli amacı birim alandan en az masrafla en yüksek kalite ve miktarda hammadde üretmektir. Ormancılık çalışmalarında verimliliği artırmanın en temel yollarından biri ağaç ıslahı çalışmalarıdır. Islah çalışmaları ile ormanların büyüme hızını artırmak, biyotik ve abiyotik zararlılara karşı dirençli bireyler ve popülasyonlar yetiştirmek mümkün olmaktadır. Bunun için ormanların genetik çeşitliliğinin ve genetik yapılarının belirlenmesi büyük önem arz etmektedir. Ayrıca küresel ısınmaya ve hızla değişen yetişme ortamı koşullarına karşı türlerin adaptasyon sağlayabilmesi için genetik çeşitlilik oldukça önemlidir. Tohum bahçeleri, ağaç ıslahı çalışmaları kapsamında tesis edilen önemli ıslah tesislerinden birisidir. Tohum bahçelerinin kuruluş amacı; tohum ihtiyacının ıslah edilmiş kaynaklardan karşılanmasını sağlamaktır. Bu nedenle tohum bahçelerinde en çok dikkat edilmesi gereken husus genetik çeşitliliğin korunmasıdır. Çünkü genetik çeşitlilik gelecekte olması muhtemel risklere karşı türün sigortasıdır. Bunun için tohum bahçelerinde genetik çeşitliliğin belirlenmesi amacıyla birçok çalışma yapılmıştır. Ancak yapılan çalışmaların çoğu morfolojik karakterler kullanılarak yapılan çalışmalardır. Bu araştırmada ise tohum bahçesindeki genetik çeşitlilik, ibre element konsantrasyonlarına bakılarak değerlendirilmiştir. Yapılan bu çalışmada ilk defa bitki besin elementleri genetik çeşitliliğin belirlenmesinde kullanılmıştır. Ayrıca yapılan araştırmada besin elementlerinin antagonistliği ve klonlarda birikim oranları da incelenmiştir. Yapılan çalışmada Taşköprü Tekçam Sarıçam tohum bahçesinde 30 klonun 8 rametinden 3 tekerrürlü olarak toplam 240 adet ağaç rastgele örneklenmiştir. Bitkilerde makro ve mikro besin elementi olarak kullanılan elementler üzerinde çalışılmıştır. Ayrıca tohum bahçesinden toprak numuneleri de alınmıştır. Alınan örnekler ilk olarak laboratuvarda yıkama işlemine tabi tutulmuş ve sonrasında örneklerde iki farklı kurutma işlemi uygulanmıştır. Kurutmanın ardından eritiş yöntemi ile örnekler hazırlanmış ve ardından ICP-OES cihazı ile element konsantrasyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sonuçlar Minitab 18 paket programı yardımıyla varyans analizi ve Tukey testi ile değerlendirilerek klonlar ve rametler arası farklılıklar element konsantrasyonlarına bağlı olarak belirlenmeye çalışılmıştır. Elde edilen bulgularda çalışılan elementler bakımından klonlar ve rametler arasında p<0,05 olasılık düzeyinde önemli farklılıklar olduğu tespit edilmiştir.
Taşköprü Elekdağ Tarım İşletmesinde yetiştirilen buzağıların büyüme ve gelişme özelliklerinin incelenmesi
Bu araştırma Kastamonu/Taşköprü ilçesinde Özel Elekdağ Tarım İşletmesinde 01.01.2023- 31.12.2023 arasında doğan 192 Siyah Alaca (Holstein) ve 348 Simmental (Sarı Alaca) olmak üzere toplam 540 adet buzağının doğum ağırlığı, sütten kesim ağırlığı ve günlük ağırlık artışının incelemesi amacıyla yapılmıştır. Bu özellikleri etkileyen çevresel faktörler: cinsiyet, ırk, buzağılama mevsimi, kolostrum içme şekli olarak belirlenmiştir. Sonuç olarak ortalama doğum ağırlığı, sütten kesim ağırlığı ve günlük canlı ağırlık artışı sırasıyla 36,47±0,182 kg, 90,16±0,601 kg, 0,73±0,008 kg/gün olarak tespit edilmiştir. Erkek buzağıların doğum ağırlığı ortalaması 37,71±0,302 kg, dişi buzağıların ise 35,41±0,197 kg olarak ölçülmüştür. Sütten kesim ağırlığı ortalaması erkeklerde 93,79±0,916 kg, dişilerde ise 87,08±0,749 kg bulunmuştur. Günlük canlı ağırlık artışı ortalamaları erkeklerde 0,76±0,013 kg/gün, dişilerde ise 0,71±0,011 kg/gün' dür. Cinsiyetin buzağı doğum ağırlığı üzerindeki etkisi çok önemli (P<0,01), sütten kesim ağırlığı üzerindeki etkisi önemli (P<0,05), günlük canlı ağırlık artışı üzerindeki etkisi ise önemsiz olmuştur. Irkın doğum ağırlığı, günlük ağırlık artışı ve sütten kesim ağırlığına etkisi önemsizdir. Kolostrum içme şekli doğum ağırlığı, sütten kesim ağırlığı ve günlük canlı ağırlık artışı için önemsiz, buzağılama mevsimi ise çok önemli (P<0,01) bulunmuştur.
Eupatorium cannabinum bitki ekstraktlarının biyolojik aktivitesinin araştırılması
Geleneksel tıpta çeşitli hastalıkların tedavisi için kullanılan bitkilerin, biyolojik aktivitelerinin tespit edilmesi modern tıpta ilaç hammadde kaynağı olarak değerlendirilmesi için önemlidir. Çalışmada, Eupatorium cannabinum bitkisinin toprak üstü kısımlarından maserasyon ve ultrasonikasyon yöntemleriyle hazırlanan etil asetat, metanol ve su ekstraktlarının antikanser, antimikrobiyal, anti-quorum sensing (anti-QS) ve anti-biyofilm aktiviteleri test edilmiştir. Ekstraktların antikanser aktivitesi, PC-3 prostat kanseri ve HeLa rahim ağzı kanseri hücre hatları üzerinde 3-(4,5-dimetiltiyazol-2-il)-2,5-difenil tetrazolyum bromid yöntemi (MTT) ile araştırılmıştır. Araştırma sonucu hücre canlılığında PC-3 ve HeLa hücre hatlarında en etkili düşüş ultrasonikasyon etil asetat ekstraktında tespit edilmiş, 48. saat sonunda sırasıyla IC50 değerleri 22,03 μg/mL ve 114,2 μg/mL olarak hesaplanmıştır. Ekstraktların referans mikroorganizma suşları üzerine antimikrobiyal etkinlikleri disk difüzyon yöntemi ile belirlenmiştir. Ekstraktların test edilen konsantrasyonlarda mikroorganizma suşlarına karşı antimikrobiyal etkisi tespit edilmemiştir. Anti-QS aktivitenin belirlenmesi için ekstraktların Chromobacterium violaceum CV026 mutant suşu kullanılarak viyolasin pigment üretimi üzerine inhibitör etkinliği araştırılmıştır. Anti-biyofilm aktivitenin belirlenmesi için ekstraktların Staphylococcus aureus ATCC 25923 suşu üzerine biyofilm oluşumunu inhibe etme ve oluşmuş biyofilm tabakasını eradike etme etkinliği araştırılmıştır. Araştırma sonucunda maserasyon ve ultrasonikasyon yöntemleriyle hazırlanan su ekstraktlarının anti-biyofilm aktiviteye sahip olduğu tespit edilmiştir (p<0,05). Söz konusu ekstraktların biyofilm oluşumunu sırasıyla %53,7 ve %26,8 oranında inhibe ederken; biyofilm eradikasyonunu ise sırasıyla %55,2 ve %53,7 oranında gerçekleştirdiği tespit edilmiştir. Bitkinin ultrasonikasyon etil asetat ekstraktının düşük konsantrasyonda PC-3 hücre hattı üzerine antikanser aktiviteye sahip olması sebebiyle yeni antikanser ajan olma potansiyeli taşıdığı gözlemlenmiştir. Maserasyon ve ultrasonikasyon yöntemleri ile hazırlanan su ekstraktlarının ise anti-biyofilm ajanların geliştirilmesine katkıda bulunabileceği değerlendirilmektedir. Bitkinin antikanser ve anti-biyofilm ajan olma potansiyeli taşıması sebebiyle çalışma, gelecekte etkili tedavilerin geliştirilmesine yönelik umut verici bir adım olarak kabul edilebilir.
Endemik Hypericum salsolifolium bitkisinin antikanser ve antimikrobiyal özelliklerinin incelenmesi
Bu tez çalışmasında, Hypericum salsolifolium bitkisinin toprak üstü kısımlarından elde edilen etil asetat, metanol ve su ekstraktlarının antikanser, antimikrobiyal ve anti-qourum sensing aktiviteleri belirlenmiştir. Ekstraktların antikanser etkisi MDA-MB-231 ve MCF-7 hücre hatları üzerinde MTT testi uygulanarak değerlendirilmiştir. En etkili sonuçlar MDA-MB-231 hücre hattı üzerinde etil asetat ekstraktında gözlemlenmiş olup, 48 saatlik süre sonunda IC50 değeri 270 µg/mL olarak hesaplanmıştır. MCF-7 hücre hattında ise en düşük IC50 değeri 24 saat sonunda etil asetat ekstraktında gözlenmiş ve 192,1 µg/mL olarak hesaplanmıştır. Antimikrobiyal aktivite 3 Gram (+), 6 Gram (-) bakteri ve bir maya üzerinde agar kuyucuk difüzyon yöntemi ile araştırılmıştır. Aktiviteye sahip ekstraktların minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) ve minimal bakterisidal konsantrasyon (MBK) değerleri belirlenmiştir. Agar kuyucuk diffüzyon sonuçlarına göre en yüksek zon çapı Bacillus subtilis (11 mm) ve Staphylococcus aureus (8 mm) suşlarına karşı ölçülmüştür. Ekstraktların anti-quorum sensing aktivitelerini belirlemek için, viyolasin pigmenti üretimi ve biyofilm oluşumu üzerindeki inhibitör etkinlikleri sırasıyla Chromobacterium violaceum CV026 ve Staphylococcus aureus ATCC 25923 suşları üzerinde araştırılmıştır. Ekstraktlar viyolasin pigment üretimini inhibe edici etki göstermemiştir. Biyofilm oluşumunu en fazla inhibe eden ekstrakt %81,5 oranı ile etil asetat ekstraktı olmuştur. Etil asetat ve metanol ekstraktlarının yeni antikanser ajanları geliştirilmesi adına bir potansiyele sahip olduğu düşünülmektedir. Ayrıca, farklı kanser hücre hatları üzerinde ekstraktların etkinliğinin test edilmesi ileriki, çalışmalar için önemlidir. S. aureus suşunda biyofilm oluşumunu en çok inhibe eden etil asetat ekstraktı, ileriki çalışmalarda anti-biyofilm ajanı olarak kullanılabilir.
Farklı ekstraksiyon yöntemleriyle elde edilen Diplotaxis tenuifolia bitki ekstraktlarının antikanser ve antimikrobiyal potansiyelinin karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi
Bitkiler yeryüzünde ortaya çıktıktan sonra özellikle karasal ekosistemlerde besin piramidinin ilk basamağına yerleşerek heteretrof canlılar için yaşamın temelinde yer alan karbonun kaynağı olmuştur. Tarihin en eski zamanlarından bu yana insanlar değişik amaçlar için bitkileri kullanmış, incelemiş ve tanıtmak için gayret göstermişlerdir. Bu tez çalışması kapsamında, Diplotaxis tenuifolia bitkisinin toprak üstü kısımlarından maserasyon ve ultrasonikasyon yöntemleriyle izolasyon sonucu elde edilen etil asetat (EA), metanol (MeOH) ve su ekstraktlarının antikanser, antimikrobiyal ve anti-Quorum Sensing (anti-QS) aktiviteleri araştırılmıştır. Test edilen ekstraktların antikanser aktivitesi PC-3 ve MDA-MB-231 kanser hücre hatları üzerine MTT yöntemi ile değerlendirilmiştir. Antibakteriyel aktiviteleri insan patojenlerini temsil eden altı Gram-negatif, üç Gram-pozitif bakteri ile bir maya suşuna karşı disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon yöntemleri ile araştırılmıştır. Ekstraktların anti-QS aktiviteleri ise Chromobacterium violaceum CV026 biyosensör suşunda viyolasin pigment üretimi üzerine inhibitör etkinliği yarı-katı agar yöntemi ile, anti-biyofilm aktivitesi Staphylococcus aureus ATCC 25923 suşuna karşı kristal viyole yöntemi kullanılarak test edilmiştir. Sonuç olarak her iki hücre hattı için 48 saat sonunda en düşük canlılık oranı (%2,0-%2,8) EA ekstraktlarının 1000'er µg/mL konsantrasyonunda saptanmıştır. IC50 değerleri ise MDA-MB-231 ve PC-3 hücre hatlarına karşı sırasıyla 304,4 µg/mL ve 313 µg/mL şeklinde hesaplanmıştır. Çalışılan konsantrasyonlarda bitkinin yalnızca ulstrasonikasyon metodu ile hazırlanan EA ekstraktının Bacillus subtilis'e karşı zon çapı oluşturduğu tespit edilmiştir. Minimal inhibitör konsantrasyon (MİK) ve minimal bakterisidal konsantrasyon (MBK) değerleri ise 1000'er µg/mL olarak tespit edilmiştir. Ekstraktların viyolasin pigment üretimi üzerine inhibitör etkinliği gözlenmezken biyofilm formasyonunu %81,9 oranına kadar inhibe ettikleri belirlenmiştir. Bulgular D. tenuifolia ekstraktlarının umut vadeden terapötik özelliklere sahip olduğunu göstermiştir. İleriki çalışmalarda ekstraktların fitokimyasal analizinin gerçekleşmesi ve biyolojik aktivtelerden hangi bileşiğin veya bileşiklerin sorumlu olduğunun belirlenmesi önerilmektedir.
Kenevir bitkisinde agronomik açıdan önemli genlerin biyoinformatik yöntemler ile belirlenmesi
Bu çalışma, yerli kenevir (Cannabis sativa L.) çeşitleri olan "Narlı" ve "Vezir"de brassinosteroidlerin (BR) ve BR inhibitörü brassinazole'un (BRZ) etkilerini morfolojik açıdan incelemiştir. Diğer yandan, Cannabis sativa türüne özgü TF proteinlerini içeren bir veri tabanı oluşturulmuş, Cannbio-2 genom birleştirmesinde korunmuş peptid domainleri ile belirlenmiş 57 TF ailesine ait toplam 1.323 TF geni tanımlanmış ve biyoinformatik yöntemler kullanılarak karakterize edilmiştir. Kromozomal lokasyonları, gen yapıları, peptidlerinin fizikokimyasal özellikleri, korunmuş peptid motifleri, filogenetik ilişkileri, tahmini 3 boyutlu peptid yapıları, dizi bilgileri biyoinformatik analizler ile belirlenmiş ve veritabanına yüklenmiştir. Cannabis sativa genomunda kodlanan tüm TFlerin tahminlemesini yapabilmek amacıyla bir hibrit derin öğrenme modeli geliştirilmiştir. Bu model, Word2Vec tabanlı dizi temsilini Convolutional Neural Networks (CNN), çift yönlü Geçitli Tekrarlayan Birim (BiGRU) ve Dikkat mekanizmasıyla birleştirmiştir. Model, 13.499 peptitlik veri seti ile eğitilmiş; %97,80 doğruluk ve %97,74 F1-skora ulaşarak, bu proteinlerin sınıflandırılmasında mevcut yöntemlere göre üstün bir performans sergilemiştir. Narlı ve Vezir çeşitleri kontrollü koşullarda yetiştirilmiştir. Farklı gelişimsel dönemlerde uygulanan BR ile BRZ, bitki boyu ve teknik sap uzunluğu parametrelerini anlamlı şekilde etkilemiştir. Erkek bitkiler, dişilere kıyasla BR uygulamasına özellikle daha güçlü yanıt vermiştir. Erkek bitkiler, dişilere oranla BR uygulamalarına daha güçlü bir yanıt vermiş, bu da potansiyel lif veriminde artışa işaret etmiştir. BR uygulamaları, bitki boyu ve teknik sap uzunluğu gibi büyüme parametrelerini artırırken, BRZ uygulaması bu etkileri baskılamıştır. Bu bulgular, kenevir tarımı ve brassinosteroidlerin tarımsal uygulamalardaki potansiyel kullanımları için yeni ufuklar sunmaktadır. Ayrıca, bu çalışma kapsamında geliştirilmiş biyoinformatik araçlar ve derin öğrenme tabanlı sınıflandırma modeli, kenevir genomunda yer alan TF genlerinin kapsamlı ve yüksek doğrulukla tanımlanmasına imkân tanımıştır. Bu yaklaşım, gelecekte lif gelişimi, stres toleransı ve metabolik düzenleme gibi konularda kenevirin genetik temellerini aydınlatacak ileri çalışmalar için stratejik bir başlangıç noktası oluşturmaktadır.
Bazı şeker pancarı genotiplerinin çimlenmesi ve fide gelişimi üzerine nano partiküllerin etkisinin belirlenmesi
Bu araştırma, doğada yaygın olarak bulunan ve biyolojik sistemler üzerinde geniş spektrumlu etkiye sahip iki farklı nanopartikülün (ZnO ve CuO) çeşitli konsantrasyonlarının şeker pancarı çeşitleri (Kuzgun kaplı ve Kuzgun kapsız) üzerindeki çimlenme ve fide gelişimi üzerindeki etkilerini belirlemek amacıyla gerçekleştirilmiştir. Çalışma, 2025 yılında Kastamonu Üniversitesi Veteriner Fakültesi laboratuvarında yürütülmüştür. Laboratuvar ortamında, şeker pancarı genotiplerine ait tohumların yüzey sterilizasyonu %1 sodyum hipoklorit çözeltisinde 10 dakika bekletilerek yapılmış, ardından beş kez distile su ile yıkanıp kurutulmuştur. Hazırlanan tohumlar, kontrol grubu ve 300, 600, 900, 1200, 1500, 1800 ve 2100 mg/l konsantrasyonlarındaki ZnO ve CuO çözeltilerinde 18 saat süreyle bekletilmiştir (Gül vd., 2024). İşlem sonunda, tohumlar üç kez saf su ile yıkanarak filtre kağıtları üzerinde tamamen kuruyana kadar bekletilmiştir. Deney kapsamında, her petri kabına 20 tohum olacak şekilde üç tekerrürlü ekim yapılmıştır. Her nanopartikülün yedi farklı dozu ve kontrol grubu olacak şekilde düzenlenen bu deneyde, tohumlar çimlenme süreci için karanlık bir ortama yerleştirilmiştir. Deney süresince her gün çimlenen tohumların sayımı yapılmış, petri kaplarındaki filtre kağıtlarının nem düzeyi kontrol edilerek gerekli düzenlemeler sağlanmıştır. Petri kaplarında yapılan gözlemler, steril torf ortamında viyollerde gerçekleştirilen ekimlerle paralel olarak izlenmiştir. Viyollerde yürütülen çalışma, yaklaşık 18 °C sıcaklığa sahip oda koşullarında gerçekleştirilmiştir. Araştırma bulgularına göre, uygulanan nanopartiküller ve farklı dozları incelenen tüm parametreler üzerinde anlamlı etkiler göstermiştir. Çimlenme oranı hariç, nanopartikül konsantrasyonlarının kök uzunluğu, kök çapı, sürgün uzunluğu ve kök ağırlığı gibi büyüme parametreleri üzerinde önemli değişimlere neden olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, farklı nanopartikül türleri ve benzer konsantrasyon aralıklarının kullanıldığı çalışmaların tekrarlanması ve daha geniş kapsamlı araştırmaların yapılması önerilmektedir.
Kastamonu Araç ilçesinde yetişen yaşlı ceviz ağaçlarının belirlenmesi
Bu araştırma Kastamonu Araç İlçesinde tohumdan yetişmiş yaşlı ceviz ağaçlarının belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Çalışmada Araç İlçesi Köylerinde yaşlı ceviz ağaçları araştırılmış olup; Çavuş, Dereçatı, Yenice, Yurttepe, Huruçören, Doğanca ve Toygaören Köylerinde asırlık ceviz ağaçları bulunmuş ve kayıt altına alınmıştır. Bu Köylerde yüz yaşını aşkın 46 adet ceviz ağacı belirlenmiştir.
LEA (Late embryogenesıs abundant) genlerinin kavun (Cucumis melo L.) ve karpuz (Citrullus lanatus) türlerinde tanımlanması, biyoinformatik analizleri ve kuraklık stresi altında gen ifade analizlerinin incelenmesi
LEA genleri çeşitli stres faktörlerine karşı önemli fonksiyonlara sahip olan geç yanıt veren genlerdir. Kavun ve karpuz genomları yayınlanmış olmasına rağmen LEA gen ailesi ile ilgili çalışmalar yok denecek kadar azdır. Bu çalışmada kavun ve karpuz türlerindeki LEA gen ailesi üyeleri biyoinformatik programlarla kapsamlı bir şekilde incelenmiştir. Kavunda 61, karpuzda ise 73 LEA geni tanımlanmıştır. En yüksek ortolog gen oranları kavun ile soya arasında %63, karpuz ile kavak arasında %71 ilişki saptanmıştır. Diğer türlerdeki LEA genleriyle segmental ve tandem duplikasyonlar belirlenmiştir. İki tür için korunmuş miRNA'lar in silico olarak analiz edilmiştir. Kavunda 21 farklı miRNA'nın 21 CmLEA geni; karpuzda ise 22 farklı miRNA tarafından 21 ClLEA geninin hedeflendiği görülmüştür. İki türün SRA veritabanından transkriptom analizi yapılmıştır. Kavunun farklı çeşitlerinde tuz stresi altında CmLEA genlerinin ifadesinin çoğunlukla arttığı gözlenmiştir. ClLEA genlerinin ifade seviyesinin floem dokudakilerin vasküler dokulardakine göre arttığı tespit edilmiştir. Ayrıca bu çalışmada kuraklık stresi altında LEA gen ailesi üyeleri olan kavunda CmLEA 42, CmLEA 43; karpuzda ise ClLEA 46, ClLEA 48'in gen ifade seviyesi Real Time PZR analizi ile incelenmiştir. İki bitki türünde kuraklık stresi altında yaprak ve köklerden 0., 3., 12. ve 24. saatte örnekleme yapılmıştır. Eş zamanlı PZR sonuçlarına göre yaklaşık olarak kavunda CmLEA 42 geni yaprakta 24. saatte 4 kat; kökte 3. saatte 1,5 kat; CmLEA 43 geni 24. saatte yaprakta 2,5 kat, kökte 24. saatte 3 kat gen ifadesi artmıştır. Karpuzda ise ClLEA 46 geni yaprakta 3. saate 2,5 kat, kökte 12. saatte 1,2 kat; ClLEA 48'de ise yaprakta 3. saatte 1,2 kat, kökte 3. ve 24. satte 1,5 kat bir artış göstermektedir. Çalışmamız LEA genlerinin, kavun ve karpuzda kuraklığa yanıt mekanizmasının açığa çıkarılmasında öncü bir çalışma olabileceği gibi gelecekteki çalışmalara da farklı bir perspektif oluşturabilir.
LEA (Late embryogenesis abundant) genlerinin salatalık (Cucumis sativus L.) genomunda belirlenmesi, biyoinformatik analizleri ve kuraklık stresi altında gen ifade profillerinin çıkarılması
LEA proteinleri (late embryogenesis abundant) ilk olarak tohumlarda keşfedilmiş ve daha sonra farklı bitki türlerinin vejatatif dokularında belirlenmiştir. Salatalık bitkisinde genom seviyesinde farklı gen aileleri belirlenmiş olsa da, LEA genlerinin belirlenmesine yönelik böyle bir çalışma şu ana kadar yapılmamıştır. Salatalık genomunda toplam 79 LEA geni belirlenerek salatalık kromozomlarına yerleştirilmiştir. Genler kromozomlar üzerindeki yerleşimlerine göre CsLEA-01' den CsLEA-79' a kadar isimlendirilmiştir. Salatalıkta 44 adet CsLEA geninin intron içermediği saptanmıştır. Filogenetik olarak, CsLEA genleri 7 sınıfa ayrılmıştır. CsLEA genlerine ait en fazla tandem duplikasyon olayı 3 numaralı kromozom üzerinde olup, CsLEA genlerinin yaklaşık %70'inde bu olay gözlemlenmiştir. CsLEA genlerinin maksimum ortolog ilişkisinin %81 ile kavak genomunda bulunan LEA genleri ile olduğu belirlenmiştir. Mikro-RNA (miRNA) analizine göre, 37 adet CsLEA geni farklı miRNA' lar tarafından hedeflenmiş olup, özellikle mir854 ve mir414 en fazla belirlenen miRNA' lardır. RNA-seq verisi, salatalığın farklı dokularındaki CsLEA gen ifade analizleri için kullanılmıştır. Ayrıca, kuraklık stresi uygulanmış salatalık kök ve yaprak dokularında 10 adet CsLEA geninin ifade değişiklikleri Eş Zamanlı PZR ile incelenmiştir. Bunların arasında, CsLEA-54 geni hem yaprak hem de kök dokusunda stres uygulamasından sonra uyarılmıştır. CsLEA09, CsLEA-32, CsLEA-57 genleri ise kuraklık stresinin 3. saatinin sonunda cevap oluşturmuş ve bu genlerin su kıtlığı durumunda erken cevap oluşturabileceği düşünülebilir. Çalışmamızın CsLEA genlerinin, salatalıkta kuraklık tolerans mekanizmasını anlamamıza yardımcı olacağı ve yeni çalışmalara farklı bir bakış açısı oluşturacağı düşünülmektedir.
Kastamonu ilindeki gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) işletmelerinin mikrobiyolojik olarak incelenmesi
Kastamonu ilinde faaliyet gösteren Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı tarafından ruhsatlandırılmış ve tesislerinde örneklemelerin yapıldığı dönemlerde porsiyonluk (250 g) balık bulunduran gökkuşağı alabalığı üretim çiftliklerinin mikroaerofilik patojen bakteri florası incelenmiştir. İşletmelerden aylık olarak örneklemeler yapılmıştır. Balık çiftliklerinden alınan örnekler steril buz dolu kaplar içerisine konularak ve laboratuvara getirilmiştir. Laboratuvarda balıkların dış muayeneleri yapıldıktan sonra, insizyon yolu ile balıkların hematopoetik dokularından bakteriyolojik incelemeler için örnek alınmıştır. İşletmelerden alınana balık numunelerinden, balıklarda patojen olduğu bilinen Aeromonas hydrophila, Lactococcus garviae, Vibrio anguillarum ve Vibrio fluvialis bakterileri izole edilmiştir. İşletmelerin üretim sularından alınan su örneklerinden ise patojen bu bakteriler dışında Burkholderia cepacia, Pseudomonas aeruginosa and Pseudomonas fluorescens baterileri izole edilmiştir.
Kastamonu içme suyunu sağlayan Karaçomak göletinin mikrobiyolojik ve kimyasal yönden incelenmesi
Yapılan bu çalışmanın amacı; Kastamonu ilinin içme suyu ihtiyacını karşılayan Karaçomak Baraj Göleti suyunun kimyasal ve mikrobiyolojik olarak incelenmesidir. Bu maksatla Karaçomak Baraj Göletinde belirlenen dört faklı istasyondan alınan su örneklerinin insan içme kullanımı bakımından fizikokimyasal ve mikrobiyolojik incelemesi yapılmıştır. Kimyasal, fiziksel ve bakteriyolojik olarak incelenmesi yapılan su örneklerinden elde edilen sonuçlar Türkiye Cumhuriyeti Sağlık Bakanlığı (Türkiye Halk Sağlığı Kurumu) tarafından hazırlanan İnsani Tüketim Amaçlı Sular Hakkında Yönetmelik ve Dünya Sağlık Örgütü tarafından yayımlanan konu hakkındaki düzenlemeler ile karşılaştırılmıştır. Karaçomak Baraj Göletinde belirlenen istasyonlardan alınan örneklerde: Ortalama sıcaklık 4,45±0,75 ºC; pH 8,84±0,12; çözünmüş oksijen 9,90±1,30 mg L-1; toplam alkalinite 37,50±11,09 mg L-1; toplam sertlik 25,63±6,04 mg L-1; türbidite 4,69±5,96 FTU, toplam nitrat 0,50±0,28 mg L-1; nitrit 0,03±0,04 mg L-1; fosfat 0,18±0,095 mg L-1 ve amonyum 0.08±0.06 mg L-1 olarak ölçülmüştür. Yapılan mikrobiyolojik inceleme sonucunda toplam bakteri sayısı ortalama 115±124 cfu mL-1 olarak sayılmıştır. Ayrıca Karaçomak Baraj gölünden alınan örneklerden elde edilen bakteri izolatların Pseudomonas aeruginosa bakterisi olduğu tanımlanmıştır.
1,3,4-tiyadiazol türevlerinin DNA etkileşimlerinin ve antimikrobiyal aktivitesinin incelenmesi
Fosfor oksiklorit ile metoksi sinnamik asit türevleri ve feniltiyosemikarbazid türevlerinin reaksiyonuyla, 5-[(E)-2-(3-metioksifenil]vinil-N-[4'-nitrofenil]-1,3,4-tiyadiazol-2-amin (1), 5-[(E)-2-(2-metoksifenil]vinil-N-[4'-nitrofenil]-1,3,4-tiyadiazol-2-amin (2), 5-[(E)-2-(3-metoksifenil]vinil-N-[4'-metilfenil]-1,3,4-tiyadiazol-2-amin (3) ve 5-[(E)-2-(2-metoksifenil]vinil-N-[4'-metilfenil]-1,3,4-tiyadiazol-2-amin (4) molekülleri sentezlendi. Seçilen bakteriler için, antibakteriyel aktivite çalışıldı. Sentezlenen moleküllerin CT-DNA ile etkileşimin incelenmesi için UV-Vis spektroskopik yöntem kullanıldı. UV, FT-IR, 13C-NMR, 1H-NMR temel yöntemleriyle sentezlenen bileşikler karakterize edildi. Thermo Scientific MULTISKAN GO ile CT-DNA için soğurum pikleri 1 ve 4 bileşikleri için görüntülendi. Bileşiklerden 1 ve 4, klebsiella pneumonia ve Staphylococcus huminis üzerinde engelleme bölgeleri gösterirken, 1,3 ve 4 numaralı bileşiklerin, Staphylococcus epidermitis ve Alfa streptococcus haemolyticua üzerinde etkili olduğu görüldü. Bunlardan 1 ve 4 numaralı bileşikler ile CT-DNA arasında etkileşimin olduğu gösterildi. Anahtar Kelimeler: 1,3,4-Tiyadiazol, DNA.
Çörek otu, acı badem, haşhaş ve susamın soğuk pres yağlarının antimikrobiyal aktivitesi
Bu çalışmada, bazı şifalı bitkilerden soğuk pres yöntemi ile elde edilen aromatik yağların mikroorganizmalara olan etkisi ile kimyasal içerikleri GC-MS kullanirak incelenmiştir. Bu yağlar, çörek otu, susam, acı badem ve haşhaş bitkisinden soğuk pres yontemi ile elde edilmistir. Daha sonra çalismada Gram pozitif; Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis, Klebsella subtilis, Bacillus subtilis bakterilerine ve Gram negatif; Salmonella typhimurium, Salmonella kentucky, Salmonella infantis, Salmonella enterocolitis, Escherichia coli, Enterobacter aerogenes, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluorescens bakterilerine ve Candida albicans mantarına karşı antimkrobiyal etki testleri yapılmıştır. Ayrıca elde edilen bu aromatik yagiarin kimyasal içerikleri GC-MS kullanırak incelenmiştir.
Tiyosemikarbazon türevlerinin DNA etkileşimlerinin ve antimikrobiyal aktivitesinin incelenmesi
Kanser hastalığının tedavisi için kullanılan kemoterapi büyük gelişmeler göstermiştir, ve araştırmacılar bu hastalıkla mücadele etmek için bugüne kadar görülmemiş ve daha etkili ilaçlar geliştirmektedirler. Tiyosemikarbazon ve Tiyosemikarbazidler, biyolojik uygulamalarda geniş bir yelpazeye sahiptir. Dana timüs DNA'sı ile üç farklı izatin tiyosemikarbazon çinko kompleksi etkileşimi, UV spektrofotometrisi çalışmaları kullanılarak incelendi. 1H-Indol-2,3-Diyone-3-(N-Fenil Tiyosemikarbazon), 1 H-Indol-2,3-Dione- 3- [N-(4-Nitrofenil)-Tiyosemikarbazon] ve 1H-Indol-2,3-Dione- 3- (N-Benzil Tiyosemikarbazon) ligandlarının çinko kompleksleri ile CT-DNA arasındaki etkileşimler, UV spektrofotometresi kullanılarak ve DNA konsantrasyonunun 0 μl'den 30 μl'ye arttırılması ile gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmalar, komplekslerin DNA'ya kenetlenme çalışmalarına bağlı olarak küçük oluklar içerisinden bağlandığını doğruladı. Buna ek olarak, DNA bağlanma çalışmalarını yürütmek, tüm moleküllerin DNA (Protein Data Bank'dan indirilmiş) ile etkileşimlerinde en çok tercih edilen modunu elde etmek için Discovery Studio 3.5 programı kullanılmıştır. İzatin Tiyosemikarbazonların türevleri ve metal komplekslerinin 16 bakteri ve 1 fungi türlerine karşı etkisi in vitro olarak değerlendirildi. Sonuçlar, çalışılan bileşiklerin beş tip test edilmiş bakteriye karşı farklı antibakteriyal aktivite ve in vitro olarak test edilen bazı bakteri türlerine karşı seftriakson ile iyi bir sinerjistiğe sahip olduğunu göstermiştir. Bu metal komplekslerin ligandlara kıyasla, bazı bakteri türlerine karşı, artan bir aktiviteye sahip olması ligandların geçiş metallerin koordinasyonuna katılmasından kaynaklanabilir.
Balık sepsis modelinde Echinacea purpurea özü etkisinin NBT, MPO, lizozim testinin kullanılarak araştırılması
Bu çalışma NBT, MPO ve lizozim testi kullanılarak balık sepsis modelinde bir Echinacea purpurea özü etkilerinin araştırılmasıdır. Sepsis akut hayatı tehdit eden klinik bir durumdur ve yoğun bakım ünitelerinde ölüm ana nedeni olmaya devam ettiği bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı, septik balığın sepsisin erken ve son aşamasında iken, Ekinezya purpurea (E. purpurea ekstresi) metanolik ekstrelerinin kısa süreli uygulamalarının bağışıklık sistemini uyarıcı etkilerini araştırmaktır. Sepsis modeli, ilk 7 gününde ve deney II yedinci günde sazan balığının bir türü olan Cyprinus carpio"a intraperitoneal olarak anaerobik gram negatif bakteri (Aeromonas hydrophila) enjekte edilerek oluşturulmuştur. Özler iki farklı konsantrasyonda (24 mg, 36 mg) oral Deney I ve Deney II, 18 gün boyunca sazan balığının Cyprinus carpio türüne (4,54 ± 0.1 g) uygulanarak çalışma yapılmıştır. Bu çalışmada kullanılan doz, düşük dozda (24 mg) olarak seçilmiştir. Bu dozdaki Echinacea purpureanın önemli ölçüde, solunum patlaması, miyeloperoksidaz ve lysozyme gibi spesifik olmayan bağışıklık parametrelerinin artışına neden olduğu bildirilmektedir.
Ceftriaoxone'un fenilalanin ve DNA ile etkileşiminin incelenmesi ve antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi
Ceftriaoxone ile fenilalanin arasındaki etkileşimin ve ceftriaoxone ile Calf-Thymus Deoksiribonükleik asit (CT-DNA) arasındaki etkileşimin absorpsiyonu belirlenmiş ve ceftriaoxone ve fenilalaninin seçilen bakteriler üzerindeki anti-bakteriyal aktiviteleri incelenmiştir. Farklı sıcaklıklar, inkübasyon süreleri ve PH değerlerinde ceftriaoxone ile fenilalanin etkileşimi Ultraviyole-visible spektrofotometre (UV) ile belirlenmiş olup, absorpsiyon değerleri birbirine çok yakındı. CT-DNA ile ceftriaoxone etkileşimi ise Ultraviyole-visible spektrofotometre (UV) ile fark edilebilir durumdaydı. Tek başına ceftriaoxone ve ceftriaoxone ile fenilalanin kombinasyonu, bu araştırmada kullanılan bakteriler üzerinde (Salmonella enteritidis ATCC 13076, Proteus mirabilis ATCC 25933, Staphylococcus aureus ATCC 43300 (MRSA), Sarcina lutea ATCC 9341, Salmonella typhimurium NRRLE 4463, Yersinia enterocolitica ATCC 1501) inhibisyon zonu göstermiştir, fakat tek başına fenilalanin inhibisyon zonu göstermemiştir. Sonuçlarımız, CT-DNA ile ceftriaoxone arasındaki etkileşim mekanizmalarını çözmeye yönelik olarak fikir verici niteliktedir
5-fluoro- isatin tiyosemikarbozon türevlerinin DNA ile etkileşiminin incelenmesi ve antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi
5-Fluoro-isatin-3-(N-2-Fluoro fenil) tiyosemikarbozon, 5-Fluoro isatin-3-(N-4-Fluoro fenil) tiyosemikarbozon, 5- Fluoro fenil-3-(N-4-Nitro fenil) tiyosemikarbozon, 5- Fluoro fenil-3-(N-2-Fluoro fenil)-Zn tiyosemikarbozon, 5- Fluoro fenil-3-(N-4- Fluoro fenil)-Zn tiyosemikarbozon ve 5-Fluoro isatin-3-(N-4-Nitro fenil)-Zn tiyosemikarbozon, 5- Fluoro isatin tiyosemikarbazit türevlerinin reaksiyonu ile sentezlenmiştir. Seçilen bakteriler için antibakteriyal aktivite incelenmiştir. Sentezlenen bu moleküller ile buzağı timus DNA'nın (CT-DNA) etkileşimini incelemek için Ultraviyole-visible (UV-Vis) spektroskopik yöntem kullanılmıştır. Bileşikler (1-6), Serratia marrescens, Staphylococcus huminis, Staphylococcus edidermis ve Klebsiella pneumonia üzerinde inhibisyon zonları göstermiştir. Bileşikler (1-6), CT-DNA ile de etkileşim sergilemiştir. Bu bileşikler, CT-DNA ve mikroorganizmalar üzerindeki etkilerine göre potansiyel ilaçlar olabilir. Bunun yanında bu bileşiklerin in vivo aktivitesi ve toksisitesini değerlendirmek için ileri araştırmaların yapılması önerilebilir.
Acinetobacter baumannii OXPHOS inhibitörleri hakkında kuantum kimyasal ve QSAR çalışması
Bir pleomorfik aerobik gram negatif basil olan Acinetobacter baumannii, birçok antibiyotiğe dirençli hastanelerde bir salgına neden olan bir patojendir. Bir baumannii su organizmasıdır ve tercihan su ortamlarını kolonileştirmektedir. Bakteriyel kontaminasyon yara iyileşmesinin zayıflamasından kaynaklanmaktadır. Çözülmemiş bakteriyel enfeksiyonlar, yaranın kapanmasını inhibe eder ve alttaki dokuyu yok eder. Patojenik bakterilerin salgıladığı güçlü eksotoksinler ve proteazlar nedeniyle yaranın kapanmasını ve patojenik bakterilerin salgıladığı güçlü eksotoksinler ve proteazlar nedeniyle altta yatan dokuları yok eder Bu tezde, ATP formundaki enerji üretiminde önemli bir rol oynayan bakteriyel oksidatif fosforilasyon (OxPhos) sistemini seçici olarak hedefleyen bazı moleküllerin kuantum kimyasal özellikleri incelenmiştir. B3LYP yöntemi ile 6-311G` (d, p) ve 6-311 ++ G (2d, 2p) baz kümeleri ile yapılan kimyasal hesaplamalarla elde edilen en yüksek dolu moleküler orbital enerjisi (EHOMO), en düşük boş moleküler orbital enerjisi (ELUMO), Mulliken atomik yükler ve bağ uzunlukları değerlendirmiştir. Ayrıca global sertlik (), yumuşaklık (S), elektronegatiflik (), kimyasal potansiyel (), elektrıfilisite (ω) gibi tanımlayıcıların hesaplaması yapılmıştır. DRAGON yazılımını kullanarak, 3224 tanımlayıcılar, Geometrik,yapısal ve topolojik tanımlayıcılar atom merkezli parçalar, moleküler özellikler ve diğerleri orijinal değişkenler olarak hesaplanarak aktivite ile tanımlayıcılar aradında ilişki incelenmiştir.A.baumanii'ye karşı iyi bir antibakteriyel etki gösteren 1H-benzo[d]imidazoaul-2(3H)-imin alt türevlerınin kuantum kımyasal çalışmaları yapılarak moleküler yapı arasındaki ilişkiler 1 ila 12 arasındaki kimyasal bileşenler için doğrusal regresyon modeli kullanılarak yapılmış , 13 ila 29 arasındaki kimyasal bileşenler için ANNs yöntemi kullanılarak incelenmiştir.
Balık sepsis modelinde kurkumin özütü etkisinin, NBT, MPO ve lizozomal aktivite testleri ile araştırılması
Septisemi hastalığı ölümcül bir durumdur ve enfeksiyon yaralanmalarına vücudun tepki vereceği zaman ortaya çıkan yaşamı tehdit eder, çünkü kendisine ait organ ve dokular ölümün en yaygın sebebidir. Geleneksel ilaçlarda sepsis tedavisinde kullanılan birçok bitki, bağışıklık tepkilerini uyardığı görülmüştür ve bu tür bitkilerden birkaç etkin madde ayırmış ve izole edilmiştir.Bu çalışmada suni enfekte sazan (Cyprinus Carpio) balığındaki curcumin (Curcuma longa) ekstraktısının, Nitroblue tetrazolyum (NBT), miyeloperoksidaz (MPO) ve lizozim testi dahil olmak üzere spesifik olmayan bağışıklık parametrelerinin immün modülatör özelliklerini değerlendirmek için yapıldı. Ortalama 8 ± 2 g ağırlığındaki balık, deney 1'de 7 gün ve deney 2'de 18 gün boyunca 24 mg / kg ve 36 mg / kg'lık iki konsantrasyonda ekstre ile beslendi. Sağlıklı yaygın sazan balıkları, 1 × 108 CFUs / ml) A. hydrophila, deney 1 için ilk gün intraperitoneal enjeksiyon ile ve deney 2 sonrası beslenme için yedinci gün. Deney 1'de 1., 3. ve 7. günlerde ve deney 2'de 12, 15 ve 18. günlerde Nitroblübür tetrazolyum (NBT), miyeloperoksidaz üretimi (MPO) ve lizozim aktiviteleri belirlendi. Bulgular, belirgin değişikliklerin (p <0.05) Lizozim aktivitesinin istisnası dışında tüm deney gruplarının tüm örnekleme günleri için spesifik olmayan bağışıklık parametrelerinde (NBT, MPO) kontrol gruplarında diyet tedavilerinde önemli bir değişiklik (P> 0.05) bulunmadı.
Tıbbi ve aromatik bitkilerden elde edilen esansiyel yağların bazı balık patojenleri üzerine antimikrobiyal etkisi
Bu çalışmada, balık yetiştiriciliği için tehdit oluşturan ve ciddi ekonomik kayıplara neden olan ve ticari işletmelerden izole edilmiş dört patojen bakteri (Yersinia ruckeri, Citrobacter freundii, Lactococcus gravicae ve Edwardsiella tarda) üzerinde; Libya'da tıbbi ve aromatik bitki ticareti yapan bir firma tarafından Yeşil Vadi Bölgesi'den temin edilen 10 bitki türünden [Artemisia herba alba (pelin), Capparis spinosa (kapari), Globularia alypum (kürrevi), Matricaria chamomilla (papatya), Ocimum basilicum (reyhan), Origanum majorana (mercanköşk), Peganum harmala (üzerlik otu), Phagnalon rupestre (kaya boz çalısı), Punica granatum (nar) kabuğu, Thymus vulgaris (kekik)] elde edilen esansiyel yağların antibakteriyel etkisi incelenmiş ve MIC değerleri tespit edilmeye çalışılmıştır. Yersinia ruckeri ve Citrobacter freundii bakterilerinin 106 cfu mL-1 dozunda, bitkilerden elde edilen esansiyel yağın 250, 500 ve 1000 µL dozlarının etkisinin olmadığı görülmüştür. Lactoccus garvieae bakterisinin 106 cfu mL-1 dozunda, Peganum harmala bitkisinin esansiyel yağının 250, 500 ve 1000 µL dozlarının tamamında, Thymus vulgaris bitkisinin esansiyel yağının ise 1000 µL dozunda etkili olduğu belirlenmiştir. Edwardsiella tarda bakterisinin 106 cfu mL-1 dozunda; Thymus vulgaris bitkisinin esansiyel yağının 250, 500 ve 1000 µL dozlarının tamamında, Artemisia herba alba, Ocimum basilicum ve Phagnalon rupestre bitkisilerinin esansiyel yağının 1000 µL dozunda etkili olduğu, Matricaria chamomilla bitkisinin esansiyel yağının ise 1000 µL dozunda kısmi seviyede etkili olduğu görülmüştür.
Boron taşıyan hiyalüronik asit bazlı doku iskeletlerinin hücre üzerine sitotoksik, genotoksik ve proliferatif etkilinin araştırılması
Yapılan bu araştırmada; sitotoksisite, genotoksisite, hiyalüronik asit ve metabolizmada kullanımı, ayrıca bor ve borun canlılardaki kullanımı detayları ile değerlendirilmiştir. Yapılan değerlendirme neticesinde ise borun toksisitesinin zaten memeliler açısından düşük olması ve sağlık alanında bir çok hastalığın tedavisinde halihazırda kullanılıyor olması ve aynı zamanda kanser hastalığının tedavisinde yeni uygulamalarda kullanılması borun sitotoksik, genotoksik veya proliferatif etkisinin olmayacağı yönünde bir hipotez geliştirmemizi sağlamıştır. Yine aynı yaklaşımla immünojenik olmayan ve kanser gibi proliferatif olan bir yapıda olmaması ve malignant tümörlerin yapısına girmemesi nedenleri ile hiyalüronik asidin herhangi bir şekilde sitotoksik, genotoksik veya proliferatif etkisinin olmayacağı yönünde bir diğer hipotez geliştirmemizi sağlamıştır. Sonuç olarak bu çalışmada; sitotoksik, genotoksik ve proliferatif etkilerinin olmayacağı yönünde hipotez geliştirdiğimiz bor ve hiyalüronik asidin, aynı yapı içerisinde bulunması durumunda da sitotoksik, genotoksik ve proliferatif etkilerinin olmayacağı yani boron taşıyan hiyalüronik asit bazlı doku iskeletlerinin hücre üzerinde herhangi bir şekilde sitotoksik, genotoksik ve proliferatif etkisi olmayacağı konusunda bir değerlendirmeye varılmıştır.
Linum usitatissimum, Lepidium sativum ve Vitis vinifera soğuk pres yağlarının antimikrobial aktivitelerinin incelenmesi
Bu çalışmada, bazı şifalı bitkilerden soğuk pres yöntemi ile elde edilen aromatik yağların mikroorganizmalara olan etkisi ile kimyasal içerikleri GC-MS kullanirak incelenmiştir.Yağ, Linum Usitatissimum, Lepidium Sativum ve Vitis Vinifera'nın her birinden ekstre edildi, daha sonra gram-pozitifliğe karşı test edildi Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Enterococcus faecium, Enterococcus faecalis, Klebsella subtilis, Bacillus subtilis bakterilerine ve Gram negatif; Salmonella typhimurium, Salmonella kentucky, Salmonella infantis, Salmonella enterocolitis, Escherichia coli, Enterobacter aerogenes, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluorescens bakterilerine ve Candida albicans mantarına karşı antimkrobiyal etki testleri yapilmistir. Ayrica elde edilen bu aromatik yaglarin kimyasal icerikleri GC-MS kullanirak incelenmiştir.
Tıbbi ve aromatik bitkilerden elde edilen esansiyel yağların insan patojenleri üzerine antimikrobiyal etkisi
Bu çalışmada, Libya'nın doğal florasından toplanmış Artemisia herba alba, Capparis spinosa, Globularia alypum, Matricaria chamomilla, Ocimum basilicum, Origanum majorana, Peganum harmala, Phagnalon rupestre, Punica granatum kabuğu ve Thymus vulgaris bitkilerinden elde edilen esansiyel yağlar insanlardan izole edilmiş ve patojen olan Enterococcus faecium, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Proteus vulgaris, Pseudomonas aeroginosa ve Staphylococcus aureus bakterilerine karşı antimiktobiyal aktiviteleri in vitro olarak test edilmiştir. Yapılan çalışma neticesinde elde edilen sonuçlar literatür ile genel manada uyumlu olup, Capparis spinosa (kapari) bitkisinden elde edilen esansiyel yağın Escherichia coli bakterisinin 106 cfu mL-1 dozuna karşı antimikrobiyal aktivite gösterdiği ve 250 µL dozunun minimum inhibitör konsantrasyon (MIC) olduğu belirlenmiştir. Ayrıca verilerden yola çıkılarak bitkiler üzerinde yapılacak bu ve benzeri çalışmalarda birçok biyotik ve abiyotik faktörün dikkate alınması gerektiği de ortaya konulmuştur.
Çeşitli mantarlardan elde edilen ekstraktların mikroorganizmalar üzerine antimikrobiyal etkisi
Bu çalışmada, Kastamonu ili çevresinde yetişen ve halk tarafından yoğun olarak tüketimi yapılan Agaricus bisporus (kültür mantarı), Lactarius deliciosus (kanlıca mantarı) ve Pleurotus ostreatus (istiridye mantarı)'nın balıklarda patojen Citrobacter freundii, Edwardsialla tarda, Lactococcus garvieae ve Yersinia ruckeri bakterilerine karşı antimikrobiyal aktiviteleri test edilmiştir. Agaricus bisporus (kültür mantarı)'dan aşırı köpürme ve taşma nedeni ile su/buhar distilasyon yöntemi ile esansiyel yağ elde edilememiştir. Lactarius deliciosus (kanlıca mantarı) ve Pleurotus ostreatus (istiridye mantarı)'dan elde edilen esaniyel yağların 250, 500 ve 1000 µL dozlarının ise Citrobacter freundii, Edwardsialla tarda, Lactococcus garvieae ve Yersinia ruckeri bakterilerinin 106 cfu mL-1 dozlarına karşı antimikrobiyal aktivite göstermediği tespit edilmiştir. Mantarlardan elde edilen ekstrakt ve esansiyel yağların antimikrobiyal aktivitelerinin biyotik ve abiyotik faktörlere göre değişebileceği kanaati oluşmuştur.
5-methoxy-isatin thiosemicarbazone türevlerinin DNA ile etkileşiminin incelenmesi ve antimikrobiyal etkilerinin belirlenmesi
Tiyosemikarbazon ve Tiyosemikarbazidler, çok çeşitli biyolojik uygulamalar için kullanılmaktadır. 5-Metoksi isatin-3-(N-2-Florofenil) Tiyosemikarbazon + Zn (II), 5- Metoksi isatin-3-(N-4-Nitro fenil) tiyosemikarbazon + Z(II), 5- Metoksi isatin -3-(N-4-Florofenil) tiyosemikarbazon + Zn(II), 5-Metoksi isatin-3- (N-2-Florofenil) tiyosemikarbazon ve 5-metoksi isatin-3 -(N-4-Florofenil) tiyosemikarbazon; 5-Metoksi isatin tiyosemikarbazid türevlerinin reaksiyonu ile yeniden sentezlenmiştir. Bu bileşiklerin antimikrobiyal etkisi ve CT-DNA ile etkileşimi incelenmiştir. Isatin tiyosemikarbazon türevleri ve bunların metal bileşikleri, in vitro koşullarda, 16 farklı bakteri suşu ve bir mantar suşu mukabilinde değerlendirilmiştir. Bütün bileşiklerin S. aureus ATCC 25923, S. hominis ve S. aureus ATCC, P. vulgaris, E. aerogenes ATCC 13048 ve S. kentucky bakterilerine kaşı antimikrobiyal etkisinin olduğu gözlemlenmiştir. Ayrıca, tiyosemikarbazonun ligand bileşiklerinin, çinko bileşiklerine göre daha fazla sayıda bakteri suşunu etkilediği de fark edilmiştir. Bu çalışmada isatin tiyosemikarbazon türevlerinin sönümleme katsayısı hesaplanmıştır. Beş bileşiğin tamamının konsantrasyonundaki artışın, bu bileşiklerin absorbans artışına neden olduğu bulunmuştur. Bileşiklerin buzağı timüs DNA'sı ile etkileşimi, UV spektrofotometrisi kullanılarak araştırılmıştır. Beş bileşiğin tümü için Kb değerleri hesaplanmış ve bileşiklerin tümünün CT-DNA ile etkileşime girdiği görülmüştür. CT-DNA 'nın artan konsantrasyonu ile birlikte, 5- Metoksi isatin-3-(N-4-Nitro fenil) tiyosemikarbazon +Z(II) ve 5-metoksi isatin-3 -(N-4-Florofenil) tiyosemikarbazonun absorbansının artışına neden olduğu görülmüştür. Diğer bileşikler, CT-DNA etkileşim analizi yönünden zıt bir durum göstermişlerdir. Bu bileşikler, mikroorganizmalar ve DNA üzerindeki etkileri temel alınarak, olası ilaçlar veya ilaç katkı maddeleri için kullanılabilirler. Bu bileşiklerin in vivo etki şekli ve toksisitesinin değerlendirilmesi için daha ileri çalışmalar gerekmektedir.
Pd-1 gen polimorfizminin (PD-1.5 C/T) Türk kolorektal kanserli hastalarda araştırılması
Aktive edilmiş T hücreleri tarafından ifade edilen programlanmış ölüm-1 (PD-1), bağışıklık ve tolerans sırasında T hücresi görevinin düzenlenmesiyle ilgili bir inhibitör hücre yüzeyi reseptörüdür. İmmun yanıtla ilişkili genlerin kanser ile ilişkileri kurulmuştur. Bu çalışma, kolorektal kanserli (CRC) hastalarda PD-1.5(C/T) polimorfizmini araştırmaktadır. PCR-RFLP kullanarak 249 Türk bireyde (CRC'si olan 99 hasta ve kontrol olarak 150 sağlıklı birey) PD-1.5(C/T) polimorfizmi araştırıldı. CRC'li hastalar ile sağlıklı kontrol grubu arasında PD-1.5(C/T) genotip dağılımı istatistiksel olarak anlamlıydı (p=0.003). Uzak metastazı olan hastalarda olmayanlara göre C alleli ve CT genotipleri daha yüksektir {p=0.016, odds oranı (OR), 1.248; %95 güven aralığı (CI), 1.063-1.465; p<0.001, odds oranı (OR), 1.732; %95 güven aralığı (CI), 1.291-2.322}. Ayrıca, anjiyolifatik invazyona sahip olan hastalarda, PD-1.5(C/T) homozigot CC genotip taşıma frekansı, anjiyolifatik invazyon bulunmayan hastalara göre daha yüksektir {p=0.043, OR: 2.25; %95 GA: 1.063-4.763}. Müsinöz bileşeni olan hastalar, T allel frekansı müsine komponenti bulunmayan hastalara göre daha yüksektir {p= 0.023, OR: 1.284, %95 GA: 1.066-1.546}. Sonuçlarımız, PD-1.5 (C/T) polimorfizmi ile CRC duyarlılığı ve hastalığın progresyonu arasında anlamlı ilişkiler olduğunu göstermiştir. PD-1.5 polimorfizminin belirli bir genotipinin kolorektal kanser ile ilişkili olup olmadığını ve PD-1.5(C/T) polimorfizminin ve klinikopatolojik özelliklerin ilişkisini açıklığa kavuşturmak için daha fazla hastadan oluşan daha fazla araştırmaya ihtiyaç vardır.
Metastatik göğüs kanseri hastalarında serum IL-17 ve lipoksin A4 düzeyleri arasındaki ilişkinin araştırılması
Metastatik form meme kanserinden ölümlerin yüzde doksanından fazlasını oluşturur. Metastaz ve tümör ilerlemesi için inflamasyonun gerekli olduğu bulunmuş olduğundan tümörogenez için proinflamatuar ve anti-inflamatuarimmün cevap arasında bir denge mevcut olmalıdır. Bizim çalışmamızda metastatik meme kanseri hastalarında proinflamatuar sitokin IL-17 ve anti-inflamatuarlipidmediatörü LXA4 düzeylerinin ve aralarındaki ilişkinin araştırılması hedeflenmiştir. Evre 4 meme kanseri olan 35 Libyalı hastadan serum numuneleri toplanmış ve enzyme-linkedimmünsorban tayinle interlökin-17 ve lipoksin A4 düzeyleri ölçülmüştür. Sonuçlar üçlü negatif ve üçlü pozitif hastalar arasındaki farkın anlamlı olmadığını göstermiştir (p=0.8). Ek olarak, üçlü negatif ve üçlü pozitif hastalar arasında LXA4 düzeylerinde de anlamlı fark gözlenmemiştir (p=0.5). LXA4 ve IL-17 arasında pozitif korelasyon mevcuttur (p=0.006). Sonuçlarımız metastatik aşamadaki göğüs kanserinde lipoksin A4 ve interlökin-17 arasında anlamlı bir doğrudan ilişki olduğunu göstermiştir. Lipoksin A4 ve interlökin-17'nin metastazdaki rolünün ve ER-negatif ve üçlü negatif olan hastalardaki rolünü değerlendirmek için büyük örneklemli grup çalışmalarının yapılması gereklidir.
Farklı ploidi seviyelerine sahip Türk buğday çeşitlerinde kuraklık stresi altında fizyolojik ve biyokimyasal parametrelerin incelenmesi
Kuraklık bitki büyümesini sınırlayan en önemli abiyotik stres faktörlerinden biridir. Bu yüzden, kuraklık stresi buğday dâhil birçok bitkide ürün verimini düşürmektedir. Dolayısıyla, bitkilerde ve özelliklede buğdayda kuraklığa karşı hassas ve dayanıklı türlerin belirlenmesi ıslahçılar için kritik öneme sahiptir. Bu çalışmada, farklı ploidilere sahip olan Siyez (Triticum monococcum), Kızıltan-91 (Triticum turgidum durum) ve Yüreğir-89 (Triticum aestivum cv.) olarak bilinen Türk buğday çeşitlerinin kuraklık stresine karşı oluşturdukları cevaplar fizyolojik ve biyokimyasal seviyede incelenmiştir. Kontrol grupları ile birlikte kuraklığa maruz bırakılmış buğday türlerinin yaprak ve kök dokularında fizyolojik (taze ağırlık, kuru ağırlık ve uzunluk), biyokimyasal (membran geçirgenliği, MDA, H₂O₂, prolin ve askorbik asit miktar tayini) ve antioksidan enzim aktivite tayin (SOD, CAT, APX ve GPX) analizleri yapılmıştır. Kuraklık stresi uygulamasıyla tüm türlerin kök uzunlukları arttığı ve serbest oksijen türlerinin artmasıyla membran yapısının zarara uğradığı gözlemlenmiştir. Enzimatik olmayan antioksidanlardan olan askorbik asit ve değişen su miktarından bitkinin en az zarar görmesi için sentezlenen organik maddelerden biri olan prolin miktarının kök ve yaprak dokularında en fazla Yüreğir-89'da, en az ise Siyez'de arttığı tespit edilmiştir. Hücre için zararlı olan H2O2'nin H2O ve O2'ye parçalanmasını sağlayan CAT enzim aktivitesinin, kökte sadece Yüreğir-89'da yaprakta ise Kızıltan-91 çeşidinde arttığı belirlenmiştir. Oksidatif strese karşı bitkilerin ilk savunmalarından olan SOD enziminin aktivitesinin de benzer şekilde Yüreğir-89 ve Kızıltan-91 çeşitlerinde artış gösterdiği bulunmuştur. H2O2'nin uzaklaştırılmasında başlıca koruyucu antioksidan yolak olan GPX aktivitesininde en fazla Yüreğir-89 çeşidinde arttığı belirlenmiştir. Siyez buğday çeşidinde ise, yaprakta CAT ve kökte SOD enzim aktivitelerinin düşük oranda olduğu gözlemlenmiştir. Yapılan tüm analizlerin birlikte değerlendirilmesi sonucunda, Kızıltan-91 ve Yüreğir-89 buğday çeşitleri kuraklığa dayanıklı, Siyez buğdayının ise kuraklığa duyarlı olduğu belirlenmiştir. Bu durum, Kızıltan-91 ve Yüreğir-89 çeşitlerinde kuvvetli enzimatik ve enzimatik olmayan antioksidan savunma mekanizmalarının, kuraklık stresine karşı oluşturduğu cevaplardan kaynaklanabileceği düşünülmektedir. Çalışma ile farklı kromozom sayılarına sahip buğday türlerinin kuraklığa dayanıklılıkları ile ilgili bu değerli bilgilerin buğday ıslah çalışmalarında kullanılabileceği düşünülmektedir. Ayrıca bu tezin gelecekte, hayatta kalabilme şansı yüksek buğday türlerinin belirlenmesi çalışmaları için referans bir kaynak olma potansiyelinin de olduğu düşünülmektedir.
Isı şoku protein (HSP) ailesi üyelerinin karpuz bitkisinde tespiti, karakterizasyonu ve kuraklık ile sıcaklık streslerinde gen ifade analizleri
Isı şoku (Hsp) genleri, canlılar için hayati öneme sahip genlerdir. Bu gen ailesi altı sınıfa ayrılır ve tüm canlılarda bulunur. Bu çalışmada karpuz bitkisindeki Hsp gen aileleri biyoinformatik analizler ile belirlenmiş ve incelenmiştir. Bunun yanı sıra genlerin deneysel olarak da kombine kuraklık ve sıcaklık stresleri altındaki ifade profilleri incelenerek biyoinformatik analizler ile elde edilen sonuçlar karşılaştırılmıştır. Karpuz genomunda sHsp ailesine ait 39 gen, Hsp40 ailesine ait 101 gen, Hsp60 ailesine ait 23 gen, Hsp70 ailesine ait 12 gen, Hsp90 ailesine ait 6 gen ve Hsp100 ailesine ait 102 gen bulunmuştur. Bu proteinlere ait elde edilen filogenetik ağaçlarda aynı sınıfta yer alan proteinlerin motif kalıplarının benzer olduğu görülmüştür. Bu genlere ait proteinlerin tahmini üç boyutlu yapıları incelendiğinde hemen hemen tüm ailelerde α-sarmal yapının hakim olduğu belirlenmiştir. Gen ontoloji analizlerinde moleküler fonksiyonlarının çoğunlukla bağlanma olduğu gözlenmiştir. Kombine stres koşulları altında gen ifade seviyelerine gerçek zamanlı PZR ile bakıldığında ise tüm doku örneklerinde (kök, gövde, yaprak, sürgün) çalışılan genlerde genellikle 30. dakikada belirgin olarak bir artış tespit edilmiştir. Bu çalışma, karpuz Hsp'leri için geniş bir bilgi sunmaktadır ve Hsp genleri ile kombine stres arasındaki ilişkiler hakkında bilgi birikimimizi arttırabilir. Sonuç olarak, elde edilen veriler ile çalışmanın daha da ileriki adımlara taşınabileceği ve karpuz yetiştiriciliği için yararlı olabileceği düşünülmektedir.
Devrekani damızlık sığır yetiştiriciliği birliğine üye işletmelerde bazı döl verimi özelliklerinin incelenmesi
Bu çalışmada, Kastamonu ili Devrekani ilçesi damızlık sığır yetiştiricileri birliğine üye iki işletmede yetiştirilen sığırların bazı döl verim özellikleri araştırılmıştır. Siyah Alaca sığırlarının ilk buzağılama yaşı, servis periyodu ve buzağılama aralığına ait en küçük kareler ortalama değerleri sırasıyla, 26,931±0,125 ay; 174,838±5,335 gün; 440,519±3,773 gün olarak belirlenmiştir. Yapılan varyans analizi sonucunda Devrekani ilçesinde iki ayrı işletmede yetiştirilen Siyah Alaca sığırlarının ilk buzağılama yaşına işletme ve ana yaşının etkisi çok önemli (P<0,01), mevsimin etkisi ise önemsizdir. Servis periyoduna ana yaşının etkisi önemli (P<0,05), mevsimin etkisi çok önemli (P<0,01), işletme etkisi ise önemsiz olmuştur. Buzağılama aralığına iĢletme ve ana yaĢının etkisi çok önemli (P<0,01), mevsimin etkisi ise önemsiz bulunmuştur. Devrekani'de iki ayrı iĢletmenin döl verim özellikleri ve buna etkili faktörler doğum mevsimi, ana yaĢı, ilk buzağılama yaĢı, servis periyodu, buzağılama aralığı arasında hesaplanan korelasyon katsayıları ve önemlilik durumu bakımından bulunan değerler genellikle pozitif ve çok önemlidir (P<0,01). Ancak iĢletme faktörü ile ele alınan döl verimi özellikleri (servis periyodu hariç) arasında negatif ve çok önemli (P<0,01) korelasyonlar bulunmuĢtur. incelenen döl verimi özellikleri esasen önemli ölçüde yetiştirme ve çevre faktörlerinin etkisi altındadır. iĢletmelerin verimliliği ve karlılığı, doğrudan doğruya döl verimi parametreleri ile ilişkilidir.
Salatalıkta ısı şoku proteinlerinin biyoinformatik analizleri ve abiyotik stres koşullarına tepkisinin omiks yaklaşımlar kullanılarak incelenmesi
Isı şoku proteinleri ailesi organizmalarda hem normal koşullarda hem de stres faktörlerinin etkili olduğu koşullarda önemli bir role sahip bir protein ailesidir. Bitkilerde, özellikle stres koşullarına maruz kalındığında proteinlerin fonksiyonlarını kaybetmemeleri ve canlılığın korunması açısından çok önemli bir yere sahiptirler. Salatalık (Cucumis sativus) ülkemizin her bölümünde üretimi yapılan bir bitkidir. Özellikle besin ve vitamin içeriği açısından değerlendirildiğinde insan diyetinde önemli bir yere sahiptir. Ayrıca uzun mesafeli sinyal olaylarını kapsayan vasküler biyoloji çalışmaları ve cinsiyet belirlenmesi çalışmaları gibi birçok çalışmada model organizma olarak kullanılmaktadır. Üç bölümden oluşan bu tez kapsamında ilk olarak 6 ısı şoku protein ailesine (sHsp, Hsp40, Hsp60, Hsp70, Hsp90, Hsp100) mensup genler biyoinformatik yöntemler kullanılarak salatalık genomunda belirlenmiştir. Daha sonra genlerin ve bu genlerin ürünü olan proteinlerin karakterizasyonları gerçekleştirilmiştir. Yapılan analizler sonucunda salatalık genomunda kodlanan 36 adet sHsp, 100 adet Hsp40, 28 adet Hsp60, 14 adet Hsp70, 7 adet Hsp90 ve 17 adet Hsp100 geni tanımlanmıştır. CsHsp genlerinin ve proteinlerinin moleküler karekterizasyonu belirlemek için biyoinformatik analizleri yapılmıştır. Bunlar arasında, CsHsp' lerin kromozomal dağılımları, gen yapıları, korunmuş motifleri, filogenetik ilişkileri, gen ontolojisi sınıflandırmaları, farklı organizmalardaki ortologlarının belirlenmesi gibi biyoinformatik analizler yer almaktadır. Tezin ikinci bölümünde ise, ilk olarak salatalık bitkisine ait transkriptom verileri (RNA-seq) ilgili veri tabanlarında bulunmuştur. Ardından bu verilerin ileri biyoinformatik analizleri yapılarak, gerçek zamanlı-PZR ile ifadesi çalışılacak genler seçilmiştir. Seçilen genlerin yüksek sıcaklık, düşük sıcaklık, tuzluluk, kuraklık stresleri ve ABA uygulaması durumlarında ifade seviyelerindeki değişimler incelenmiştir. Analizlerde salatalığın kök ve yaprak dokuları, stres muamelesinden sonra 1., 3., 6. ve 12. saatlerde toplanarak kullanılmışlardır. Yapılan analizler v sonucunda, CssHsp-08, CsHsp40-70 ve CsHsp70-06 genlerinin ifadelerinin farklı stres koşulları karşısında büyük ölçüde arttığı belirlenmiştir. Bu genler arasından CssHsp-08 geninin ifadesinin kuraklık, tuzluluk, düşük sıcaklık stresleri ve ABA uygulaması karşısında büyük artış göstermesi, bu genin stres koşullarında direncin sağlanabilmesi açısından önemli bir gen olduğunu işaret etmektedir. Tezin son bölümünde ise, aynı stres koşullarında metabolit düzeyindeki değişimlerin belirlenmesi amacıyla bitki ekstraktları türevlendirmenin ardından GC-MS ile analiz edilmiştir. Amino asitlerin, şekerlerin, şeker alkollerinin ve TCA döngüsü elemanlarının stres faktörlerine karşı gösterdikleri tepkiler değerlendirilmiştir. Yapılan analizler sonucunda, yaprakta belirlenen amino asitlerin özellikle yüksek sıcaklık altında, kökte belirlenen amino asitlerin ise kuraklık karşısında birikimlerinin daha fazla olduğu dikkat çekmektedir. Çalışmamızda, çoklu doymamış bağ içeren yağ asitlerinin miktarları ile doymuş yağ asitlerinin miktarları karşılaştırıldığında; tuzluluk, kuraklık ve ABA uygulamalarında miktarlarının yakın olduğu ancak, yüksek sıcaklık ve düşük sıcaklık uygulamalarında doymuş yağ asitlerinin daha yüksek miktarda bulunduğu belirlenmiştir. Uygulanılan stres faktörlerinin büyük bölümünde, her iki dokuda da sükroz birikimi olduğu da gözlenmiştir. Çalışmamız önemli bir aile olan ısı şoku proteinleri ailesinin yapısının, organizasyonunun, evriminin ve ifade profillerinin anlaşılması açısından önem arz etmektedir ve gelecekte yaşanabilecek muhtemel gıda problemlerine karşı alınacak önlemler açısından kazançlı olacaktır. Ayrıca çalışmamız, bitki stres mekanizmalarının anlaşılmasında omiks yaklaşımlarının kullanılması açısından temel niteliğindedir ve önemli bilgiler açığa çıkartmıştır.
Karpuz bitkisinde bZIP (temel lösin fermuarı) transkripsiyon faktör genlerinin biyoinformatik analizleri ve gen ifadelerinin kuraklık stresi altında incelenmesi
Transkripsiyon faktörü ailelerinden birisi olan Bazik Lösin Fermuar (bZIP) ailesi üyeleri, çok çeşitli morfolojik ve fizyolojik süreçlerde düzenleyici olarak rol oynarlar. Çeşitli bitkilerde yapılan çalışmalarda bZIP genlerinin tespiti yapılmış ancak bugüne kadar karpuz üzerinde kapsamlı bir çalışma yapılmamıştır. Citrillus lanatus kromozomları üzerinde 59 adet ClabZIP geninin yeri tespit edilmiştir. Citrillus lanatus'ta bulunan bZIP protein ailesi üyeleri, filogenetik olarak 7 alt aileye ayrılmıştır. Aynı alt aileyi oluşturan bZIP proteinlerinin çoğu, korunmuş motiflerden oluşur, benzer gen yapılarına sahiptir. Kromozom dağılımı ve genetik analizlere göre, 21 ClabZIP geninde duplikasyon gözlemlenmiştir. Ayrıca bZIP proteinlerinin üç boyutlu yapı ve işlevleri tahminlenmiştir. Farklı dokularda bulunan ClabZIP gen ifade profillerinin değerlendirilmesi için, farklı meyve gelişim aşamaları ve vasküler dokularda belirlenmiş olan RNA-seq verileri analiz edilmiştir. Buna ek olarak, kuraklık stresi uygulanan karpuz bitkisinin kök ve yaprak dokularında seçilen ClabZIP genlerinin ifade seviyeleri, Real time PZR kullanılarak incelenmiştir. Sonuç olarak, ClabZIP-57 geninin kuraklık stresi uygulaması sonrasında kök ve yapraklarda en yüksek ifade düzeyine ulaştığı gözlemlenmiştir. Bu tür gen tanımlama çalışmaları, bitkilerde bZIP protein ailesinin işlevlerinin incelenmesinde yeni bakış açıları oluşturmaktadır.
Kolorektal kanserli hastalarda homosistein düzey değişimlerinin değerlendirilmesi
Homosistein, sağlık ve hastalık üzerinde önemli rol oynayan bir aminoasittir. Tehlikeli ve ölüm riski yüksek bir hastalık olan kanser dünya çapında tüm insanlık için ciddi bir risk faktörüdür. Bu nedenle kanser üzerine bilimsel araştırmaların yoğun bir şekilde çalışılması gereklidir. Ayrıca, Homosistein düzeyleri ile hastaların klinik patolojik parametreleri arasındaki ilişki olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada, Türkiye'de kolorektal kanserli (KRK) hastalarda Homosistein çeşitliliği hakkında yeni veriler elde etmeyi amaçladık. Bu kapsamda, kolorektal kanserli hastalar ve sağlıklı kontrol grubu aynı sosyoekonomik gruptan ve benzer yaş-cinsiyet dağılımlarına özen gösterilerek seçildi. Belirlenen KRK'li otuz bir hastada ve yirmi iki sağlıklı kontrolde homosistein düzeyi saptandı. Bu kapsamda, kolorektal kanserli hastalar ve sağlıklı kontrol grubu aynı sosyoekonomik gruptan ve benzer yaş-cinsiyet dağılımlarında olmasına özen gösterilerek seçildi. Belirlenen KRK'li ve sağlıklı kontrol gruplarındaki bireylerde homosistein düzeyleri saptandı. Her iki grup arasında (KRK'li grup; 63,32 ± 2,10 ve kontrol grubu; 56,2 ±3,07 yaş) homosistein düzeyleri bakımından önemli bir fark gözlenmedi (p=0.053). KRK'li grup ve kontrol grubunun yaş, cinsiyet ve patolojik parametreleri (tümör yerleşimi, tümör evresi, lenf nodu metastazı, uzak metastaz, perinöral invazyon, müsinöz komponent varlığı) gibi özellikleri arasında da belirgin bir fark belirlenmedi. KRK'li grubun homosistein düzeylerinin, kontrol grubuna göre daha yüksek olduğu bulundu. Bu sonuç, yüksek homosistein düzeyinin kolorektal kanser riskinin artması ile ilişkili olduğunu desteklemektedir. KRK'li (n=31) ve kontrol grublarının (n=22) patolojik parametrelerinin karşileştırıldığında, KRK'li grubun Homosistein düzeylerinin (12.51 ±2.02), kontrol grubu üyelerine (8.02± 0.18) göre yüksek olduğu gözlendi (p=0.042). Her iki grubun tüm patolojik parametreleri için homosistein düzeyleri arasında anlamlı fark (p> 0,05) olmamasına rağmen müsinöz bileşeni olan bireylerde homosistein düzeyleri biraz daha yüksek bulundu ancak bu istatistiksel olarak anlamlı değildir (p> 0,05). Burada elde edilen sonuçlar daha büyük bir örnekle çalışılarak doğrulanmalıdır. Aynı zamanda, kolorektal kanserdeki plazma Hcy seviyelerinin verilerini değerlendirmek için daha fazla sayıda hasta ile daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.
Dieteil nitrofenil fosfat ve asetoksiden türevlerinin paraksonaz1 için QSAR çalışması
Son zamanlarda, biyomedikal bilimle ilgili birçok literatürde, yüksek konsantrasyonlardaki homosisteinin düşürülmesi ile ilgili çok sayıda çalışma olup bunların bazıları Paraoksonaz1 ile ilgilidir. Bu çalışma homosistein metabolitlerinden birini (homosistein tiyoklaktonu) katalize edebilen paraoksonaz' ı aktive edebilen bileşikler olarak bazı dietil p-nitrofenil fosfat ve asetoksi türevlerini incelemeyi amaçlamaktadır. QSAR, Moleküler doking ve pKa hesaplamaları bu çalışmada kullanılan yöntemlerdir. Bu hesaplamaların bir kısmı B3LYP CBS teorisi düzeyinde gerçekleştirilmiştir. Bu hesaplamaların bir kısmı Gaussian-09 serisi programı kullanılarak B3LYP / 6-311 teori düzeyinde, bir kısmı da Komple Temel Set-Q (CBS-Q) düzeylerinde gerçekleştirilmiştir. PKa çalışmaları için CBS-Q metodu kullanılmıştır. SALFORD Predictive Modeler 8.0 ve SPSS 20.0 programı ile sırasıyla CART Karar Ağacı öğrenmesi metodu ve Yapay Sinir Ağları (ANNs) metodu istatistiksel very analizi için kullanılmıştır. Sonuçlar, incelenen moleküllerin bazılarının moleküllerin yapısına ve içerdiği bağlı olarak paraoksonaza karşı aktivasyon özellikleri gösterdiği bulunmuştur.
İzatin türevlerinin DNA koruma, etkileşim ve antimikrobiyal aktivitesinin analizleri ve seftriakson-fenilalanin kombinasyonunun sinerjistik etkilerinin değerlendirilmesi
İzatin, tiyosemikarbazon ve türevleri, antimikrobiyal, antiviral ve antikanser tedavileri gibi biyolojik uygulamalarda yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada, 5-Floro izatin ve 5-Metoksi ve metal kompleksinden oluşan yirmi yedi izatin ve tiyosemikarbazon türevi bileşiği, yeniden sentezlenmiş ve plazmid DNA (pUC19) kullanılarak yapılan DNA koruma çalışmaları ve buzağı timüs DNA (Buzağı Timus DNA, CT-DNA) kullanılarak DNA etkileşimi deneyleri içeren DNA bağlama analizi için değerlendirilmiştir. Tüm bileşikler ayrıca, yirmi bir farklı patojenik bakteri suşuna karşı bileşiklerin antimikrobiyal aktivitesini değerlendirmek için in vitro analizde kullanılmıştır. Sentezlenen tüm bileşikler, % 11,7 ila 59,5 oranında DNA koruma etkinliği göstermiştir. Genelde, I3- (N-2-MP) -TSC en büyük DNA koruyucu etkinliğe sahiptir. DNA bağlanma analizi için izatin, tiyosemikarbazon ve bunların türevleri kullanılmış, ancak 5-Floro izatin ve 5-Metoksi kompleksine sahip bileşikler kullanılmamıştır. DNA bağlanma analizi için kullanılan tüm bileşikler aynı sabit konsantrasyona (40 µM) sahiptir ve CT-DNA ile etkileşime girmişlerdir. Ayrıca DNA etkileşimlerinin yüksek bir içsel bağlanma sabiti sağladığı görülmüştür (Kb = 1,72 ×104 M−1 – 9,73 × 105 M−1). Ayrıca, birçok izatin tiyosemikarbazon türevi, düşük konsantrasyonda önemli ve seçici antibakteriyel etkinlik sergilemiştir. Bu bileşikler öncelikle Gram pozitif bakterileri etkilemiştir. Ancak P. vulgaris ve E. coli'ye karşı etki göstermemişlerdir. Gram pozitif metisiline dirençli S. aureus ATCC 43300 (MRSA) bu bileşiklerden en çok etkilenen tür olmuştur. İzatin' deki metilfenil grubunun, MRSA'nin antibakteriyel etkinliği için gerekli olduğu bulunmuştur. Diğer bileşikler, Floro-izatin ve 5-Metoksi ve metal kompleksi ile birleştirilen izatin tiyosemikarbazon, hafif ila orta derecede inhibisyon zonları ile Gram pozitif ve Gram negatif bakterileri inhibe etmiştir. Bazı bileşiklere nikel ve çinko metalleri eklenmiş, ancak bu antimikrobiyal etkinlikleri veya DNA korumalarını arttırmada önemli bir fark yaratmamıştır. Seftriakson üçüncü kuşak β-laktam antibiyotiklere aittir ve hem Gram pozitif hem de Gram negatif bakterilerin neden olduğu bir dizi bulaşıcı hastalığın tedavisinde faydalıdır. Fenilalanin, dopamin ve norepinefrin nöro-vericilerinin sentezlendiği bir insan için gerekli bir aromatik amino asididir. Bu çalışmada ayrıca, bunların farklı patojenik bakteri suşlarına karşı kombine etkinlikleri incelenmiştir. Bu çalışmanın amacı, K. pneumonia, S. aureus ATCC 25923, P. vulgaris, E. coli, S.marcrescens, S. epidermis, Alfa hemolitik Streptococcus, E. faecium, P. aeruginosa, L. monocytogenes ATCC 7644, E. durans, S. kentucky, E. aerogenes ATCC 13048 ve C. albicans ATCC 26555 olmak üzere hem Gram pozitif hem de Gram negatif bakteriler için Seftriakson Fenilalanin kombinasyonunun antimikrobiyal maddeler üzerindeki etkisini araştırmak için tasarlanmıştır. Bu etki seftriakson ve fenilanin ile disk-difüzyon yöntemi ve minimum inhibisyon konsantrasyonu (MİK) ile belirlenmiştir. Daha sonra, 1mM seftriakson ve 1mM fenilalanin çözeltileri karıştırılmış ve yukarıda belirtilen bakteriyel suşlara karşı tek başına seftriakson veya fenilalaninden daha fazla inhibisyon zonu gözlenmiştir. Bu sonuçlar, fenilalaninin seftriakson ile kombinasyon halinde daha iyi antibakteriyel etkisi açısından MİK seviyesinin düşürülmesi, antibiyotiklerin yan etkilerinin ve antibiyotik dirençli bakterilerin ortaya çıkma tehditlerinin azaltılması için yeni bir yol açabilir. Bu çalışmada, fenilalanin ve seftriaksonun bir arada kullanılması, in vitro seçilmiş bazı Gram pozitif ve Gram bakterilere karşı antimikrobiyal duyarlılığın arttığını göstermiştir.
Libya yüksek öğretimindeki bireylerin e-öğrenmeye yönelik niyetlerinin incelenmesi (Zawia üniversitesi örneği)
E-öğrenme, internet teknolojileri aracılığıyla gerçekleştirilen web tabanlı eğitim, öğrenim ve bilgi yönetimi faaliyetleridir. E-öğrenme sistemleri vasıtasıyla küresel olarak öğrenme ve öğretme gelecek on yıl içerisinde daha önemli ve daha popüler bir hale gelecektir. Eğitim alanında kullanılan birçok e-öğrenme aracı mevcuttur. E-öğrenme araçları, farklı kültürel geçmişlere ve eğitim seviyelerine sahip çok sayıda öğrenciye eğitim ve öğretim sağlayabilir. Libya Yüksek Öğretim (LYÖ) kurumlarındaki eğitim kalitesinde kullanılan teknolojilerin etkisi oldukça yüksektir. LYÖ kurumlarında kullanılan teknolojilerin özellikleri göz önünde bulundurulduğunda teknoloji kullanım düzeyleri ve bireylerin teknoloji kullanım yaklaşımları, eğitimi etkileyen önemli faktörler arasında yer almaktadır. Bu tez çalışması, Libya Yüksek Öğretim kurumlarındaki öğretim elemanları ve öğrencilerin e-öğrenmeye yönelik niyetleri, Bilgisayar ve İnternet Deneyimi, Bilgisayar Öz-yeterliği, Teknoloji ve İnternet Kalitesi ve Teknoloji ve E-öğrenmeye Karşı Tutum faktörleri bağlamında tespit etmesi amaçlamaktadır. Bu amaç doğrultusunda hem öğretim elemanları hem de öğrenciler için iki farklı ölçek geliştirilmiştir. Ölçekler 2017/2018 akademik yılında Libya Yüksek Öğretim kurumlarından Zawia Üniversitesinde uygulanmıştır. Her ölçeğe ait niyet modeli önermesinde bulunulmuştur. Çalışmada elde edilen niyet modellerinin sonuçları şu şekilde özetlenebilir. İlk olarak, Libya yükseköğrenim kurumlarındaki öğretim elemanları ve öğrencilerin e-öğrenme kullanım niyetlerini etkileyen temel faktörler belirlenmiştir. Böylelikle e-öğrenme ortamında teknoloji kullanımı, hem öğretim elemanların hem de öğrencilerin derse yönelik motivasyonlarının artmasını sağlamaktadır. İkincisi, çalışma sonuçları internet ve teknoloji uzmanları tarafından daha iyi sistemlerin tasarlanması ve geliştirilmesine katkı sağlayacaktır. Son olarak Libya yükseköğretim kurumlarındaki eğitimde bireyler arasındaki farklılıkların dikkate alınması gerekmektedir.
Hurma (Phoenix dactylifera L.) çekirdeği esansiyel yağının gökkuşağı alabalığında (Oncorhynchus mykiss) büyüme performansı ve bağışıklık sistemi üzerine etkileri
Bu çalışmada, hurma (Phoenix dactylifera L.) çekirdeği esansiyel yağının gökkuşağı alabalığında (Oncorhynchus mykiss) yem değerlendirme, büyüme ve gelişme performansı parametreleri ve ayrıca bağışıklık parametrelerinden fagositik aktivite, nitroblue tetrazolium (NBT), süperoksit dismutaz, lizozim aktivitesi ve miyeloperoksidaz aktivitesi üzerine etkileri incelenerek su ürünleri sektörü açısından bir yem katkı maddesi olarak kullanılabilme imkanı değerlendirilmiştir. Hurma çekirdeği esansiyel yağında birçok bakımdan önemi bir bileşik olan β-Citronellol'ün % 31,70 oranında bulunduğu, gökkuşağı alabalığı yemlerine hurma çekirdeği esansiyel yağı katılmasının; yem dönüşüm oranını (YDO) düşürdüğü, yüzde canlı ağırlık artışını (% CAA) ve spesifik büyüme oranını (SBO) artırdığı, büyüme ve gelişme parametreleri bakımından ‰ 2 oranında hurma çekirdeği esansiyel yağı ilave etmenin bu çalışmadaki en uygun doz olduğu tespit edilmiştir. Fagosistik aktivite, nitroblue tetrazolium (NBT) ve miyeloperoksidaz aktivite değerlerinin ‰ 2 oranında hurma çekirdeği esansiyel yağı ilave edildiği gruplarda diğer gruplara göre geliştiği, süperoksit dismutaz ve lizozim aktivitesi değerlerinin hurma çekirdeği esansiyel yağı ilave edilmesinden etkilenmediği, bağışıklık parametrelerinin ‰ 1 oranında yapılan hurma çekirdeği esansiyel yağı ilavesinden sonra artmaya başladığı, bağışıklık parametreleri için de bu çalışmada en uygun dozun ‰ 2 oranında hurma çekirdeği esansiyel yağı ilave etmek olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak; çalışmada kullanılan en yüksek doz olan ‰ 2'lik grupta en iyi sonuçlar alınmıştır. Bu nedenle daha yüksek miktardaki dozların çalışılarak, ayrıca balıkların fizyolojisinin de incelenmesi tavsiye edilebilir.
Görüntü işleme tekniklerini kullanarak optik işaret tanıma sistemi
Bu tez, görüntü işleme teknolojisi ile Optik İşaret Tanıma (OİT) sistemi geliştirmeyi amaçlamıştır. Ülkemizde ve dünyadaki eğitim sistemlerinde gerek öğrencilerin başarılarının değerlendirilmesinde gerekse öğrenci seçiminde çoktan seçmeli şıklar içeren optik formlar çok sık kullanılmaktadır. Optik formların optik okuyucu cihazlar sayesinde optik işaret tanıma teknikleri kullanılarak değerlendirilmektedir. Bu tezde, çoktan seçmeli test sınavları cevap kâğıtlarının görüntü işlemeye dayalı okunması için bir sistem tasarımı ve uygulaması ile elde edilen sonuçların değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Sistem, Microsoft Visual Studio 2013 ile Visual Basic (VB) programlama dili kullanılarak geliştirilmiştir. Sınav kâğıtlarının okunması ve değerlendirmesi işlemi eğiticilerin zamanının önemli bir kısmını alan önemli bir aktivitedir. Bu işlemin doğru ve hatasız bir şekilde gerçekleştirilmesi eğitimin değerlendirilmesi açısından son derece önem arz etmektedir. Ayrıca bu sistem yüzlerce veya binlerce optik cevap kâğıtlarının işlenmesi için hızlı bir şekilde işlem yapabilmektedir. Sistemde işaretlenen bir veya birden fazla seçeneği tespit edebilen yöntem kullanılmaktadır. Kullanılan yöntem; optik cevap anahtarı şablonu ve anahtar noktanın (key point) hesaplanmasına dayanmaktadır. OİT, cevap kâğıtlarını ve cevap anahtarı şablonunu tarayıcı yardımıyla bilgisayara aktardıktan sonra oluşan görüntüler, sistem için girdi olarak kullanılmıştır. Bu sistem dört aşamalı olarak çalışmaktadır. İlk aşamada koordinatlar (başlangıç noktasının ve bitiş noktasının çalışma alanı, başlangıç noktasının ve bitiş noktasının uzunluğu ve genişliği, işaretleme alanının ve grup bölgelerinin boyutu) seçilerek şablon oluşturulur. Tüm koordinatlar kaydedilir. İkinci aşama olarak, anahtar nokta algılama algoritması uygulanır. Üçüncü aşama olarak ise optik notun cevap sayfaları otomatik olarak üç ilgi alanına (öğrenci kimliği, öğrenci adı ve çoktan seçmeli sorular) ayrılır ve her bir kabarcık sütun veya satırdaki siyah pikseli projeksiyon profili ve eşik tekniği kullanarak hesaplar. Projeksiyon profili ve eşikler, N-sıra yatay ve N-sütun dikey çizgiler tanımlamak için kullanılır. Yatay çizgiler çoktan seçmeli soruları belirlemek için uygulanabilir ve ardından eşikle (Bernsen'in tekniği kullanılarak) sınıflandırılabilir. Aynı zamanda, dikey çizgi öğrenci kimliğini ve öğrenci adını tanımlamak için uygulanabilir ve daha sonra eşikleme işlemi sınıflandırılabilir. Literatürde yer alan bilimsel çalışmaların birçoğunda karakter sınırını belirleme amacıyla yatay ve dikey projeksiyon profili uygulanmıştır. Bu çalışmada da bir kabarcık sınırını belirlemek için projeksiyon profili uygulanmıştır. Son aşama olan dördüncü aşamada ise sınav kâğıdı önceden kaydedilmiş dosyadaki cevap anahtarı ile karşılaştırılarak ve otomatik olarak doğru cevapların sayısını hesaplayarak her öğrenci için bir istatistik sonuç elde edilir. Bu tez çalışmasında 100'den fazla sınav kâğıdı test edilmiştir. Sonuç olarak, çoktan seçmeli cevap kâğıtlarının beş farklı formatından oluşan alan tespiti için %100 doğruluk oranı sağlanmıştır. Sistemin her bir sınav kâğıdı başına düşen işlem süresi 1 saniyeden azdır. Geliştirilen sistemin performansı, bu konuda yapılmış üç farklı çalışma ile karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırmalar, işlem sürelerinin başarım karşılaştırılmasına ve doğruluk oranı üzerine odaklanmaktadır. Karşılaştırma işleminde kullanılan tüm test formları, 25-100 arası soru içermektedir. Karşılaştırma sonucu işlem süresi, her bir sınav kâğıdı için 1 saniyeden uzun sürmüştür. Ayrıca işlem sonuçları çalışmaya bağlı olarak %97.6-%100 arasında doğruluk oranı ile gerçekleştirilmiştir. Bu karşılaştırma sonucunda daha doğru olduğu tespit edildi.
Kolorektal kanserli bireylerde glutatyon peroksidaz enzim polimorfizmi ve selenyum durumunun değerlendirilmesi
Kanser insidansı açısından, kolorektal kanser kadın ve erkekler arasında ikinci sırada yer almaktadır. Araştırmalar, hücrelerin habis dönüşümünün indüklenmesinden sorumlu faktörlerden birinin reaktif oksijen türleri (ROS) olduğunu göstermektedir. ROS üretimi ve antioksidan sistem performansı arasındaki dengesizlik oksidatif strese neden olmaktadır. Normal hücreler, bu hasarlardan korunmak için savunma mekanizması geliştirmişlerdir ve reaktif maddeleri detoksifiye eden antioksidan sistemler tarafından korunurlar. GPx' in temel rolü,hidroperoksit seviyelerini düzenlemek ve ROS aracılı DNA hasarı ile kanser başlangıcının önlenmesidir. Selenyumun hayvan modellerinde kanser insidansını azalttığını ve yeni veriler de insanlarda da koruyucu olabileceğini göstermektedir. Se, selenoproteinler aracılığıyla biyolojik rollerini kullandığı için, selenoprotein genlerindeki genetik varyasyonlar CRC'ye duyarlılığı etkileyebilir. Çalışmada GPx enzim polimorfizmi, selenyum düzeyi ve kolorektal kanser gelişim riski değerlendirildi. 90 kolon kanserli hasta ve 99 kontrol üzerinde çalışılmıştır. Kolon kanserli hastaların serum selenyum düzeyleri kontrol grubu ile karşılaştırıldığında aradaki fark ileri düzeyde istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0,001). Bireylerin taşıdıkları genotipler ile selenyum serum düzeyleri değerlendirildiğinde anlamlı bir farklılık bulunamamıştır. GPX gen polimorfizmi sonuçları değerlendirildiğinde genotip dağılımı açısından kontrol grubu ve kolon kanserli hastalar arasında istatistiksel olarak ileri düzeyde anlamlık saptanmıştır (p< 0,001).
Determination of Serum Lxa4 and Serum Pct levels in patients with psoriasis vulgaris and their relationship with disease intensity
Psoriais vulgaris is, right along with it's physiological influences it also causes psychologically negative effect on sick people, important public health problem which inflammatory and also admitted as systematic lately. Because of the disease's inflammatory and not recover properly, made think people more forceful anti-inflammatories may helpfully as treatment modality. This anti-flammatories which are in the pipeline in the same time endogeny foresighted not only treatment but also can be use as diagnosis so this study started. The purpose of this study; in patient and control group, determine PCT and LXA4 levels in blood serum and examine values between disease activity. 40 Patient and 40 healthy people who has psoriasis vulgaris diagnosis with as control group who have similar characteristic from age and sexualtiy be included to study. Serum LXA4 and serum PCT's level measurement is carried out by using "Human Lipoxin A4 ELISA Kit" and "Human PCT ELISA Kit". People who are in Patient and Control group's age and sexuality is recorded during bloodletting. In group of Patient also recorded disease activity(heaviness). As a result: There is no significant difference between two groups, patient and control, in serum LXA4 and serum PCT levels and disease activity with serum LXA4 and PCT8 values (p>0,05). This situation is showed that PCT and LXA4's do not increase significant in every disease which inflammatory develops, this mediators do not useful for psoriasis vulgaris diagnose or treatment, may significant increase specifically on another inflammatory diase. Key Words: Psoriasis vulgaris, lipoxin A4, procalcitonin, inflammation