Konvansiyonel fasulye (Phaseolus vulgaris L.) yapraklarından SSH yöntemiyle izole edilen genlerin tanımlanması

Dünya nüfusunun büyük bir çoğunluğu beslenme alışkanlıklarında protein ihtiyaçlarını tahıllardan sağlamaktadırlar. Bitkisel protein kaynakları arasında en fazla protein, yemeklik tane baklagillerden alınmaktadır. Fasulye, yemeklik tane baklagiller arasında ekim alanı ve üretim miktarı bakımından dünyada ilk sırayı almaktadır. Ülkemizde ise TÜİK 2014 verilerine göre 91.000 ha alandan 215.000 ton fasulye üretimi gerçekleştirilmiştir. Konvansiyonel tarım, kimyasal ilaç, gübre, hormon ve GDO'lu tohum kullanımını mümkün kılan tarımsal üretim biçimidir. Konvansiyonel tarımda amaç birim alandan maksimum verimi en ekonomik şekilde elde etmektir. Bu çalışmada konvansiyonel koşullarda yetiştirilmiş fasulye ( Phaseolus vulgaris ) bitkisinde anlatımı artan genler, organik koşullarda yetiştirilen fasulyede anlatımı artan genlerle karşılaştırılarak klonlanmıştır. Baskılayıcı çıkarım hibridizasyonu(SSH) yöntemi kullanılarak, Phaseolus vulgaris yapraklarından cDNA kütüphanesi kurulmuştur. Yaprak kütüphanesinden 58 klon için dizin analizi yaptırılmıştır. cDNA dizinlerinin EST dizinleri olarak değerlendirilmesi için biyoinformatik analizler yapılmıştır. Dizinler NCBI (National Center for Biotechnology Information)'a ait GenBank veritabanıyla BlastN ve BlastP uygulaması kullanılarak karşılaştırılmıştır. Blast sonuçları incelendiğinde elde edilen dizinlerinin; 5-metiltetrahidropteroltri-glutamat-homosistein metil transferaz, asit fosfataz, aktin, endopeptidaz, kallus proteini, sisteince zengin salım proteini, Klorofil A- B binding, Klorofil manganez stabilizasyon proteini, sitokrom, D-alanin-D-alanin ligaz, DNAj protein, ekstraselüler dermal protein, format dehidrogenaz, fruktoz bifosfat aldolaz, gliseraldehit-3-fosfat dehidrogenaz, histon, endopeptidaz, late embryogenesis abundant hydroxyproline-rich glycoprotein, metiyonin sentaz, patogenez ilişkili protein, proteaz, sintaksin, s-adenozil metiyonin dekarboksilaz, tohum olgunlaşma proteini, squamous hücreli karsinoma antijen recognized by T-cell like, tioredoksin, transkripsiyon faktörü MYB44, translationally-controlled tumor protein like, universal stress protein, vignain protein kodlayıcı genlere benzerlik gösterdiği bulunmuştur. Bulunan proteinlerin, fotosentez ve karbonhidrat metabolizmasında görev alan ve hücre yapısına katılan proteinler olduğu tespit edilmiştir. Bunlardan özellikle; gliseraldehit-3 fosfat dehidrogenaz, fruktoz bifosfat aldolaz enzimleri; bitkinin karbonhidrat ve protein metabolizmasında görev almasından, tohum olgunlaşma proteini ise, bitkide embriyo gelişimini sağlamasından dolayı önemlidir.