Sequence analysis

Dentistry SpecialtyOpen AccessTR

Ailesel dental transpoziyon olgularında ekzom dizileme yöntemi kullanılarak aday gen araştırılması

Amaç: Dental transpozisyon, diş sürme mekanizmasındaki bozulmaya bağlı olarak iki komşu dişin yer değiştirmesi şeklinde tanımlanmaktadır. Günümüze kadar çeşitli sınıflandırmalar yapılmıştır. Güncel sınıflamada ise tamamlanmış ve tamamlanmamış dental transpozisyon olmak üzere iki alt birime ayrılmaktadır. Dünya popülasyonundaki prevalansı %0,1-2,4 arasında olmakla birlikte, Türk popülasyonundaki prevalansı %0,1 ve %0,6 arasında değişmektedir. Genel olarak tek taraflı olarak görülmekte ve kadınlarda daha sık ortaya çıkmaktadır. Etiyolojisinde kalıtım, travma, migrasyon, vb. gibi teoriler yer almakla birlikte etiyolojisi günümüze kadar tam olarak aydınlatılamamıştır. Ancak ailesel kümelenme göstermesi, doğumsal kalıtımsal geçiş gösteren diş eksikliği (agenezi) gibi bazı dental anomalilerle yakın ilişkili olması ve dudak-damak yarığı (DDY) (%4-18)- Down (%3-15) sendromu gibi sendromlarla birlikte ortaya çıkması gibi sebeplerle kalıtımsal olabileceği bildirilmiştir. Fakat, genetik olarak bu anomaliye sebep olabilecek gen veya değişimleri (varyasyon) tespit etmeye yönelik herhangi bir çalışma yapılmamıştır. Bu tez çalışmasında sendromik olmayan ailesel dental transpozisyona sahip bireylerde; transpozisyona sebep olabilecek gen ve değişimlerin tespit edilmesinin yanı sıra, transpozisyonla birlikte görülen anomali ve sendromlara (agenezi, Down, DDY) sebep olan genlerdeki yeni değişimlerin saptanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmaya 3 aileden toplam 6 birey (5E, 1K) dahil edilmiştir. Bireylerden DNA eldesi için swab çubuğu ile yanak epitelinden örnek alınmıştır. Bu örneklerden genomik DNA izole edilerek, kullanılan kitin protokolüne uygun olarak NovaSeq Illumina 6000 cihazı ile tüm ekzom dizileme (TED) yapılmıştır. Elde edilen veri biyoinformatik yöntemler ile analiz edilerek aday genler belirlenmiştir. Bu genler; daha önce bilinen genlerden olması, dental gelişimde rol oynayan bir yolağın içinde yer alması, dental transpozisyon ile akraba dental ageneziye bağlı bir yolağın içinde yer alması, DDY ve Down sendromu gibi dental transpozisyonun görüldüğü sendromlara sebep olan bir yolağın içinde yer alması, Minor Alel Frekans değerinin popülasyon çalışmalarıyla uyumluluk göstermesi (MAF<%0,6) gibi kriterler kullanılarak yorumlanmıştır. Bulgular: Çalışmaya katılan bütün bireylerde etkilenen dişlerden bir tanesinin kanin diş olduğu, transpozisyonun sağ ve sol tarafta eşit olmak üzere tek taraflı olarak ortaya çıktığı, kadınlarda daha çok görüldüğü tespit edilmiştir. Dental transpozisyonun gömük diş, sürme gecikmesi, persiste süt dişi ve konjenital 3. molar agenezi ile birlikte görüldüğü bulunmuştur. Ancak 3. Molar dışında herhangi bir agenezi (özellikle lateral dişlerde) veya peg-shape lateral dişe rastlanmamıştır. Daha önce dental gelişimde rol oynadığı bildirilen DSPP, DSP, GLI3 PRICKLE2 genlerinde, dental transpozisyona sebep olabileceği düşünülen değişimler saptanmıştır. DSPP genindeki değişimlerin otozomal dominant (OD) dentinogenesis imperfekta, dentin displazisi gibi gibi dokusal problemlere yol açtığı bilinmektedir. Bizim bireylerimizde de homozigot karakterde DSPP değişimleri bulunmasına rağmen bu tip hastalıklar görülmemiştir. Bu sebeple bu genin dental transpozisyonda rol oynama ihtimali düşük görülmektedir. Ancak DSPP geninde ayrıca heterozigot bir değişimin bulunması ve DSPP'nin WNT yolağı ile ilişkisi sebebiye agenezi mekanizmasında rol oynayabileceği göz önüne alındığında dental transpozisyon mekanizmasında etkili olabileceği düşünülmüştür. Sanger dizi analizi ve segregasyon analizi ile doğrulama çalışmaları gerekmektedir. Yine DSP ve GLI3 genlerinin dental gelişimde rol aldıkları, sendromik ve sendromik olmayan agenezi-oligodonti ile ilişkilendirildikleri bilinmektedir. Bu değişimlerin görüldüğü bireylerde bu genlerde homozigotik karakterde değişimler bulunmasına rağmen hipodonti-agenezi görülmemiştir. Fakat DSP ve GLI3'ün dental gelişimde rol oynaması, GLI3 geninin dental gelişimde önemli bir görev gören SHH yolağı ile ilişkili olması, yine GLI3 geninin kraniyofasiyal iskeletsel morfolojinin belirlenmesinde etkili olabileceği düşünülmesi sebebiyle bu iki genin de dental transpozisyon mekanizmasında düşük de olsa etkili olabileceği düşünülmüştür. Ancak etkilenmemiş aile bireylerinin de dahil olduğu bir gruba Sanger dizi analizi ve segregasyon analizi ile bu durumun doğrulanması gerekmektedir. PRICKLE2 geninin düzlemsel hücre polaritesi (PCP) sisteminde görev alması, hücresel davranış, sinyalizasyon ve biyolojik süreçlerde yer alması ve amelogeneziste rol oynaması sebebiyle dental transpozisyon mekanizmasında görev alabileceği düşünülmüştür. Bu değişimin bireylerde heterozigot karakterde görülmesi de OD geçişli bir anomali olabileceğini ve hafif bir fenotip olarak dental transpozisyonun ortaya çıktığını düşündürmüştür. PRICKLE2 geninin dental transpozisyonun yanı sıra diğer dental anomalilerin oluşmasında da rol oynayabileceği düşünülmüştür. Çünkü PRICKLE2 değişimi tespit edilen ailedeki indeks bireyde dental transpozisyona ilave olarak 3. molar eksikliği, diş gömüklüğü, sürme gecikmesi, mandibular retrognati, üst keser retroklinasyonu; ebeveynde ise ilave olarak 3. molar eksikliği tespit edilmiştir. Ayrıca PRIKCLE2 geni ageneziye, kötü şekilli dişlere ve kök eksikliğine sebep olan WNT yolağında yer almaktadır. Bu bilgiler ışığında en muhtemel adayımız olarak PRICKLE2 geni görülmüştür. Ancak kesin sonuçlara ulaşabilmek amacıyla bu genin dental transpozisyon göstermeyen aile bireylerinin de dahil olduğu tüm aile üzerinde yapılacak Sanger dizi analizi, segregasyon analizi ile doğrulanması ve sağlıklı popülasyonlar üzerinde yapılacak ileri çalışmalarla kesinleştirilmesi ve hayvan modelinde fonksiyon testleri yapılması planlanmaktadır. Bunlara ilave olarak Gli3 eksikliği olan farelerde DDY görülmesi, SHH yolağında yer alan GLI3 ve WNT yolağında yer alan PRICKLE2 genlerinin Down sendromunda salınımının değiştiğinin bilinmesi, ailesel dental transpozisyonun bu hastalıklarda subklinik fenotipik bir dışavurum olabileceği düşünülmüştür. Ancak özellikle DDY'de literatürle uyumlu olarak; dental anomalilerin daha çok yarık bölgesindeki alveolar kretlerin ve diş germlerinin yer değiştirmesi, cerrahi işlemler sebebiyle oluşan skar dokusunun etkisiyle maksiller gelişim yetersizliği görülmesi gibi çevresel etmenler sebebiyle oluşmasının daha muhtemel olduğu öngörülmüştür. Dental gelişimde çok önemli rol oynadığı bilinen ve daha önce mandibular kanin transpozisyonunda etiyolojik faktör olabileceği düşünülen MSX1 ve PAX9 genlerinde herhangi bir anlamlı değişim bulunamamıştır. Sonuç: Bu tez çalışmamızda dental transpozisyonun daha çok maksiller kaninlerde, sağ ve solda eşit olmak üzere tek taraflı, daha çok kadınlarda görülmesi gibi genel literatür bilgileriyle uyumlu sonuçlar elde edilmiştir. Diş gelişimi ve herediter karaktere sahip dental agenezi mekanizmasında görev alan bazı genlerde değişimler saptanması ve ailesel kümelenme sebebiyle dental transpozisyonun da OD geçişli kalıtımsal bir karakter gösterebileceği tespit edilmiştir. Diş gelişiminin karmaşık yapısı sebebiyle dental transpozisyon oluşumunda tek bir gen değil de multifaktöriyel etkileşimlerin görev aldığı düşünülmüştür. Ancak kesin sonuçlar için daha ileri aile çalışmalarına ihtiyaç duyulduğu tespit edilmiştir. Ayrıca etkilenen tüm dişlerin maksiller kaninler olması sebebiyle migrasyon teorisinin de göz ardı edilmemesi gerektiği ortaya çıkmıştır. Bu çalışmada kullanılan TED yönteminin aday gen belirlemede efektif olduğu bulunmuştur. Elde edilen bulguların dental gelişimin daha iyi anlaşılmasına önayak olacağı, böylece bu tip anomali ve maloklüzyonlara farklı bir bakış açısı getirilerek erken dönemde en uygun teşhis ve tedavi imkânı sunulabileceği değerlendirilmiştir.

Dizi analiziDiş anomalileriDiş hekimliği+2

Abdurrahman Balaban

Bezmialem Vakıf University

AşılarBiyoinformatikDizi analizi+2

İnsan solunum sinsityal virüsünün protein dizisi çeşitliliği dinamiklerinin incelenmesi

İnsan solunum sinsityal virüsü (hRSV), dünya çapında en bulaşıcı virüslerden biridir ve bronşiolit ve pnömoni gibi alt solunum yolu enfeksiyonlarına yol açabilir. Lisanslı profilaktik hRSV aşısı bulunmamaktadır. hRSV'nin büyük ölçekli proteom çapında dizi çeşitliliği analizinde kullanılacak ve epitop bazlı hRSV aşı tasarımı için potansiyel aşı hedeflerinin tanımlanmasına yol açacak çok sayıda hRSV dizisi halka açık veri tabanlarında mevcuttur. Bu çalışma, virüsün mevcut tüm protein dizilerine odaklanmıştır. Dizi verileri, halka açık NCBI Virüs ve Virüs Patojen Veritabanı ve Analiz Kaynağı (VIPR) veritabanlarından toplanmıştır. Protein dizisi verileri havuz oluşturularak birleştirilmiş ve benzer diziler CD-HIT kullanılarak çıkarılmıştır. Bireysel protein veri kümeleri oluşturmak için 11 hRSV proteininin UniProt referans kayıtları kullanılarak toplanan diziler üzerinde BLASTp analizi yapılmıştır. Her protein veri seti, MUSCLE programı kullanılarak hizalanmıştır. Dizi çeşitliliği, proteinin uzunluğu boyunca örtüşen her 9-mer (nonamer) (1-9, 2-10, vb.) pozisyonu için Shannon entropisi kullanılarak ölçülmuştür. Bundan sonra, T-hücre epitopları, IEDB veritabanı kullanılarak deneysel olarak ispatlanan epitoplar ile eşleştirilmiş ve IEDB'nin önerdiği yardımcı araçlar kullanılarak epitop tahmini yapılmıştır. Tahmin sonuçlarımızı desteklemek için, seçilen epitopların MHC I ve II'ye karşı moleküler docking analizleri ve moleküler dinamik simülasyonları yapılmıştır. VIPR ve NCBI Virus veritabanlarından toplanan toplam dizi sayısı 93.382'dir. Benzer dizilerin çıkartılmasından sonra, sayı 12.413'e düşmüştür (~%87'lik bir azalma). hRSV için gözlemlenen maksimum entropi değeri, M2-2 proteininde 43'üncü nonamer pozisyonunda ~4.2 olarak bulunmuştur. Bununla birlikte, proteom çapında ortalama entropi genel olarak düşüktür (~0.8) ve bu nedenle yüksek korunmuşluk göstermektedir ve bu değerler ~0.5 ( protein N) ile ~2.3 (protein M2-2) arasındadır. Varyantların çoğu (~%55) 0 ile 1 entropi aralığı arasındadır. Nonamer pozisyonlarının yaklaşık yarısı (~%51) yüksek oranda korunmuş olarak sınıflandırılmıştır (indeks insidansı ≥ %90). Epitop tahmini için 2269 yüksek oranda korunmuş nonamer dizisi seçilmiştir. 2269 nonamer dizisinden, sırasıyla MHC Sınıf I ve II için 997 ve 235 epitop tahmin edilmiştir. Bu çalışma, hRSV proteomundaki dizi çeşitliliği ve bunların potansiyel aşı hedefleri hakkında bilgi sağlamaktadır. Proteomun ve tahmin edilen epitoplarının yüksek düzeyde korunması, profilaktik hRSV aşı tasarımı için daha fazla araştırmanın gerekliliğini ortaya koymaktadır. Anahtar Kelimeler: Viral dizi analizi, immünoinformatik, aşı hedef keşfi

Faruk Üstünel

Bezmialem Vakıf University · Institute of Health Sciences

ApoptozisBorik asitDizi analizi+4

Servikal kanser tedavisinde potansiyel terapötik ajan olarak borik asit'in yerinin servikal kanser hücre hattında değerlendirilmesi

AMAÇ: Serviks kanseri hücre hattında borik asit ve kalsiyum fruktoboratın etkisinin incelenmesi GEREÇ VE YÖNTEM: Hela insan serviks kanseri hücre hattı, uygun koşullarda optimize edilerek Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Biyoloji bölümünde üretilerek hücre kültür çalışmaları yapılmıştır. Gerekli üreme koşulları sağlandıktan sonra bu hücre hatlarına borik asit ve kalsiyum fruktoboratın farklı konsantrasyonları verilmiştir. MTT sitotoksisite testleri ile sitotoksik etkinin izlendiği optimum konsantrasyon değerleri (IC50 değerleri) belirlenmiş olup bu IC50 dozları hücrelere verilerek hücre migrasyon koşulları değerlendirilmiştir. Annexin-5 ile hücre apoptoz miktarı ölçülmüştür. BA ve CaFB' nin Hela kanser hücre hattı üzerindeki etkilerini incelemek için Total Antioksidan Seviyesi ve Total Oksidan Seviyesi testleri uygulandı. BA ve CaFB' nin Hela servikal kanser hücre hattında apoptoz ile ilişkili genler üzerindeki etkilerini belirlemek için genler gerçek zamanlı PCR ile analiz edildi. Toplanan veriler istatistiksel olarak GraphPad Prism (versiyon 9) ve Microsoft Excel programı aracılığı ile grafiksel olarak Image J programı aracılığı ile histogram grafikleri ile değerlendirildi. BULGULAR: BA ve CaFB, servikal adenokarsinom Hela hücre hattında sitotoksik etki göstererek ve apoptozisi tetikleyerek anti-proliferatif etki gösterdiği görülmüştür. SONUÇ: BA ve CaFB' nin Hela serviks kanseri hücre hatlarında sitotoksik etki göstererek çeşitli apoptotik yolaklar üzerinden etki gösterdiği, apoptozisi indüklediği görüldü. BA ve CaFB' nin serviks kanseri tedavisinde etkili olabileceği sonucuna varılmıştır. Bu sonuç ilerde yapılacak hayvan ve insan çalışmaları ile doğrulanması gerekmektedir. ANAHTAR KELİMELER: Servikal kanser, Hedef tedavi, Borik asit, Kalsiyum fruktoborat, Apopitozis,

Fatih Kurnaz

Manisa Celal Bayar University

Dizi analiziKolesterolMoleküler klonlama

Williamsia marianensis kaynaklı kolesterol oksidazın E. coli'de heterolog ifadesi

En yaygın tedavi protokollerinin sınırlamaları ve sakıncaları vardır. Bu nedenle, etkili tedaviler bulmak birçok araştırmacının amacıdır.Terapötik peptitler, proteinler ve antikorlar dahil olmak üzere geleneksel farmasötiklere göre çok sayıda fayda sunan umut verici bir ilaç sınıfıdır. Williamsia marianensis'ten üretilen Kolesterol oksidaz'ın terapötik faydaları olduğu gösterilmiştir. Yanık ve kulak örnekleri, yara sürüntüleri, balgam ve idrar örnekleri önceden tanımlanmış izolatların geleneksel biyokimyasal tahlillerle tanımlandığını doğrulamak için alındı. Bu çalışmada, bir ekspresyon vektörüne (pET28b) özgü primerler ile PCR kullanarak kolestrol oksidaz genini klonlandı ve IPTG ile tanımladıktan sonra bunu E. coli (BL-21/DE3) Rosetta'da eksprese edildi. Gyncholestrol oksidaz (~500 bp), bir cox dizisi sağlamak üzere dizilendi ve Genscript Corporation, ABD tarafından sentez için gönderildi. Çift kısıtlamalı bir sindirim modeli gösterildi. pET-28a(+) cox-william elde edilen desen iki şeritten oluşmaktadır: bunlardan biri bir taşıyıcı plazmit (4200 bp) idi ve 2800 baz çiftinden oluşan bir iplik, kolesterol oksidaz genini taşıyordu. Sonuç olarak, kolesterol oksidaz geni başarıyla klonlandı ve eksprese edildi. Williamsia marianensis'ten üretilen kolestrol oksidaz, gelecekteki terapötik sonuçlarda kullanılacaktır.

Alaa Kadhım Shareef

Kırşehir Ahi Evran University · Institute of Graduate Studies in Science

Dizi analiziHayvan hastalıklarıKeçiler+3

Subklinik mastitisli keçilerden izole edilen stafilokok türlerinin farklı virulens özelliklerinin araştırılması

Araştırmamızda subklinik mastitisli keçilerden izole edilen Stafilokok suşlarının virulens faktörleri, enterotoksinleri, antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Subklinik mastitisli keçilerden toplanan 110 süt örneğinden izole edilen Stafilokok suşları araştırmanın temelini oluşturmaktadır. Stafilokok suşları biyokimyasal testlere tabii tutulmuş ve koagulaz pozitif ve negatif olarak ayrılmıştır. Bu izolatlar genotipik olarak PCR ile tiplendirilmiş ardından sekans analizleri yapılarak tam identifikasyonları gerçekleştirilmiştir. İdentifiye edilen Stafilokok suşlarının Panton Valentine Leukocidin (PVL), Clumping factor (CLFA), Coagulase (coa), Alpha hemolysin (Hla), Beta Hemolysin (Hlb), Ý-hemolysin (Ý-hlg) ve Enterotoksin tiplendirilmeleri moleküler yöntemlerle yapılmıştır. Stafilokok izolatlarının sahada sıklıkla kullanılan antibiyotikler ile antibiyogramları gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak numunelerden %23.6 oranında Stafilokok izolasyonu yapılmıştır. Yapılan identifikasyon çalışmaları sonucunda, 5 S. equorum (%19), 5 S. pettenkoferi (%19), 5 S. epidermidis (%19), 3 S. warneri (%12), 3 S. caprae (%12), 2 S. capitis (%7), 1 S. simulans (%4), 1 S. hominis (%4) ve 1 S. aureus (%4), 15 (%13.8) Streptococcus sp., 13 (%12) Bacillus sp., 10 (%9) Lactobacillus sp., 7 (%6.3) Shigella sp., 7 (%6.3) E. coli, 7 (%6.3) Corynebacterium sp., 5 (%4.5) Klebsiella sp. ve 3 (%2.7) Flavobacterium sp. izole ve identifiye edilmiştir. Toplam 17 (%15.5) örnekte ise bakteriyel üreme görülmemiştir. Araştırmamızda elde edilen Stafilokok izolatlarının da söz konusu antibiyotik gruplarından olan Amoksisilin-Klavulanik asit, Ampisilin ve Penisilin G antibiyotiklerine karşı dirençli bulunduğu saptanmıştır. Bu araştırma ile subklinik mastitis etiyolojisinde yaklaşık olarak %70 oranında önemli bir rol oynayan Stafilokokların keçilerde görülen subklinik mastitis hakkındaki bölgesel profili çıkarılmıştır.

Evrim Dönmez

Aydın Adnan Menderes University · Institute of Health Sciences

Dizi analiziEchinococcosisEnzime bağlı immünosorbent testi+3

Kistik ekinokokkozis'li hastalarda serolojik sonuçların genotip ilişkisinin dizi analizi sonuçları ile karşılaştırılarak araştırılması

Amaç: Kistik ekinokokoziste (KE) tedavi protokolünün planlanabilmesi için tanının erken dönemde, güvenilir şekilde konulması gerekmektedir. KE tanısında, günümüzde bilinen bütün serolojik tanı yöntemlerinden faydalanılmaktadır. Nüklear, mitokondriyel çalışmalar sonucunda E. granulosus'un başlangıçta 10 genotipi (G1-G10) tanımlanmıştır. Son moleküler çalışmalarla bazı türler aynı başlık altında toplanmıştır. Hastalığın gelişiminde suşun virulansı, parazitin genotipi önemlidir. Çalışmamızda ELISA yöntemiyle elde edilen spesifik antikor titreleriyle dizi analizi sonuçları arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Hafsa Sultan Hastanesi ve Ege Üniversitesi Hastanesinde KE tanısıyla opere edilmiş veya Puncture Aspiration Injection Respiration (PAIR) işlemine tabi tutulmuş hastalardan alınan serum örnekleri, ayrıca kist sıvısındaki protoskoleksler, kist membranları toplanmıştır. DNA İzolasyonu, Elektroforez, PCR ve Sekans Analizi yapılmış, aynı hastaların serumları IgG yönünden seropozitiflik durumu Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA) yöntemiyle belirlenmiştir. Bulgular: Çalışmada serolojik ve moleküler bulgular benzer bulunmuştur. Sonuçlar: Serolojik ve moleküler sonuçlar karşılaştırılmış ve tüm hastalardaki etkenin Echinococcus granulosus sensu stricto G1/G3 olduğu anlaşılmıştır. Çalışmamız, genotipler ile klinik sonuçlar arasındaki ilişkiyi serolojik araştırması açısından özgün bir nitelik taşımaktadır. Anahtar sözcükler: Kistik ekinokokkozis, seroloji, sekans analizi, ELISA, PCR

Özlem Türküm

Manisa Celal Bayar University · Institute of Health Sciences

2018

Akciğer hastalıklarıAkciğer neoplazmlarıDizi analizi+3

Küçük hücreli dışı akciğer karsinomunda yeni nesil dizileme yöntemi ile tedavi ve tedavi sonuçlarının değerlendirilmesi

Küçük Hücreli Dışı Akciğer Karsinomunda Yeni Nesil Dizileme Yöntemi İle Tedavi ve Tedavi Sonuçlarının Değerlendirilmesi Amaç: Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanseri (KHDAK) tedavisinde hedefe yönelik tedavi ajanları konvasyonel tedavinin yanı sıra sıklıkla uygulanmaktadır. Bu çalışmada KHDAK'nin olası patogenezinde rol alan mutasyonların NGS ile tespiti ve prediktif özelliğe sahip hedef mutasyonlara yönelik uygun tedavi seçenekleri ile sitotoksik tedavi alan olguların bir yıllık izlemde progresyon ve sağ kalım üzerine etkilerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: İleri evre KHDAK olan 100 hasta çalışmaya dahil edildi ve bu hastaların gene profilleri kayıt edildi. Hastalar hedefe yönelik tedavi ve klasik kemoterapi olarak aldıkları tedaviye göre gruplandırıldı. Bir yıllık izlemde progresyon görülme oranları, progresyonsuz sağ kalım süreleri ve sağ kalım süreleri incelendi. Bulgular: EGFR mutasyonu %26 oranında saptandı. Bir yıllık sağ kalım oranı %53,1 idi. Hedefe yönelik tedavi alanlarda ortanca progresyonsuz sağ kalım süresi 11 ay, klasik kemoterapi alanlarda 7 aydı (p=0,001). Mutasyon saptanmayıp klasik kemoterapi alanlarda bir yıl içerisinde progresyon görülme oranı %77,6, hedefe yönelik tedavi alanlarda %61,1 ve direnç nedeniyle klasik kemoterapi alanlarda %94,6 idi. Sonuç: Hedefe yönelik tedaviler klasik kemoterapi kombinasyonları ile karşılaştırıldığında küçük hücreli dışı akciğer kanserinde bir yıllık izlemde progresyonsuz sağ kalım süresini uzatmakta ve progresyon gelişme oranını azaltmaktadır. İleri Evre KHDAK tedavi öncesi gen analizi yapılması ve hedefe yönelik ilaçlar ile tedavinin kişiselleştirilmesi hastalarda sağ kalım üzerine olum etki sağlamaktadır. Anahtar sözcükler: Küçük hücreli dışı akciğer kanseri, Hedefe yönelik tedavi, Tirozin kinaz inhibitörü

Mustafa Toğun

Çukurova University

Dizi analiziEpilepsiHeterojen+1

İdiyopatik epilepsi hastalarının yeni nesil dizileme yöntemiyle mutasyon frekanslarının saptanması

Epilepsi, kortikal nöronlarda meydana gelen elektriksel deşarj ve anormalliklerle, tetiklenmemiş nöbetlerin tekrarlanması ile ortaya çıkan kronik durum ve bozukluktur. Epileptik nöbet ise "Beyinde anormal aşırı nöronal aktiviteden kaynaklanan belirti ya da semptomların geçici olarak ortaya çıkması" durumudur. Dünya sağlık örgütünün son verilerine göre, 65 milyon kişiye epilepsi tanısı konulmuş ve literatüre yılda 70.000 ila 128.000 arasında yeni vaka eklenmektedir. Bu çalışmanın amacı, hastaların klinik bulgu ve mutasyonların, hasta kliniğine yansımasını değerlendirmek ve aynı mutasyona sahip fakat prognozu farklı olan hastalar arasında klinik heterojeniteyi göstermektir. Çalışmada Elektoensefalografi (EEG), nöbet tipi ve sıklığı ve antiepileptik sayısının yer aldığı klinik parametmerelerle, hastaların davranış özellikleri de göz önüne alınarak hastaların klinik bulguları yeni nesil dizileme (YND) yöntemi kullanılarak mutasyonlarla birlikte değerlendirildi. İdiyopatik epilepsi tanısıyla takipli toplamda 23 hastada saptanan mutasyonlar; 2 hastada, heterezigot SCN1A c.264+3G>A mutasyonu; 1 hastada heterezigot CHRNA2 c.402G>C (p.Arg134Ser) mutasyonu; 3 hastada sırasıyla heterezigot CACNA1 c.1438C>T (p.Arg480Cys), c.6974_6976dupAGG (p.Gln2325_Ala232insGlu), c.3410C>G (p. Pro1137Arg) mutasyonları; 1 hastada SCN3A heterezigot c.654C>G (p.Phe218Leu) mutasyonu; 1 hastada heterezigot SLC2A1 (p.Gln200His) mutasyonu; 1 hastada KCNMA1 heterezigot c.364G>A (p.Gly122Arg) mutasyonu; 1 hastada heterezigot KCNMB3 c.192C>G (p.Leu64=) mutasyonu; 1 hastada BRD2 heterezigot c.145_146delGCinsTG (p.Ala49Cys); 1 hastada EFHC1 heterezigot c.1504C>T (p.Arg483Trp); 1 hastada TBC1D24 heterezigot c.74A>G; 1 hastada homozigot GRIN2A c.1265T>C (p.Ile422Thr) ve son olarak 1 hastada TBC1D221 heterezigot c.1057G>A (p.Ala353Thr) şeklindedir. 11 hastada ise patojenik varyant saptanmamıştır. Bu çalışma sonucunda, aynı mutasyonel değişime sahip hastaların farklı klinik özellik ve tedaviyle takipli olması; genom üzerindeki bu çalışmada belirlenemeyen farklı mutasyonel değişimler, polimorfizmler, epigenetik faktörler, çevresel faktörler kliniğin ve tedavi sonrası durumun farklılığına sebep olabileceğini düşündürmektedir. Sonuç olarak bu çalışma hastalar arasındaki klinik ve mutasyonel heterojeneyi ortaya koymuş olup özellikle genlerin ifade edildiği protein ve moleküler yolakların araştırılması dahilinde pek çok epileptik nöbet ve sınıflandırılan epilepsi türünün patogenezi aydınlatabilecektir.

Seray Karaçay

Çukurova University · Institute of Health Sciences

2021

Dizi analiziGenlerGöz hastalıkları+2

Çukurova bölgesindeki keratokonus olgularında VSX1 ve LOX genlerinin dizileme yöntemi ile analizi

Amaç: Çukurova bölgesinde keratokonuslu olgularda Visual System Homeobox 1 (VSX1) ve Lizil Oksidaz (LOX) genlerini taramak ve hastalığın genetik temelini ortaya koymak Gereç ve Yöntem: Biyomikroskopik muayene ve topografik bulgulara dayanarak keratokonus tanısı konulan 30 hasta çalışma kapsamına alındı. Hastaların periferik kan örneklerinden DNA izolasyonu, otomatize sistem (QiaCube, Qiagen) aracılı olarak ilgili kitler kullanılarak yapıldı. DNA fragmantasyon ve barkodlama işleminin ardından ilgili gen bölgeleri multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılarak hedef bölgelerin zenginleştirilmesi sağlandı. Elde edilen PZR ürünleri saflaştırma işlemleri sonrası yeni nesil dizileme cihazında (Illumina MiSeq- San Diego, ABD) dizilendi. Saptanan varyantlar, biyoinformatik algoritması uygun olarak analiz edildi. Bulgular: Hastaların 14'ü (%46,7) erkek, 16'sı (%53,3) kadın olmakla, ortalama yaşları 28,63±10,93 (12-52) idi. Yeni nesil dizileme yöntemi ile 2 hastada 2 farklı varyant: VSX1 geninde ekzon 1'de p.G38D ve intron 4'de c.808+17G>A heterozigot mutasyonları bulundu. Bu iki yeni mutasyon bazı biyoinformatik analiz sonuçlarına göre patojen olsa da her iki genetik varyant VARSOME (The Human Genomic Variant Search Engine) veri tabanındaki tüm analizler göz önüne alındığında VUS (variants of uncertain significance) olarak sınıflandı. LOX geninde herhangi bir mutasyon saptanmadı. Sonuç: Çalışmamızda VSX1 geninde saptanan mutasyonlar literatürde ilk kez tanımlanmaktadır. Saptanan bu mutasyonların keratokonusun genetik temelinin anlaşılmasına yönelik gelecekteki çalışmalara yol gösterici olacağını düşünmekteyiz. Çalışmamız keratokonus patogenezinde LOX geninin rolünü araştıracak ileri çalışmalarda, daha geniş olgu sayılarına ihtiyaç duyulacağına dair öngörü sağlayabilir. Diğer yandan çalışmada 30 keratokonus hastasında sadece 2 hastada mutasyon saptanması, keratokonusun genetik heterojenliğini destekler niteliktedir. Anahtar Kelimeler: Keratokonus; Yeni nesil dizileme; VSX1; LOX

Astan Ibayev

Çukurova University

2021

DoctorateOpen AccessTR

Akciğer kanserli hastaların bronkoalveolar lavaj sıvılarında akciğer mikrobiyotasının belirlenmesi

Bütün dünyada yüksek morbidite ve mortaliteye sebep olan akciğer kanseri kansere bağlı ölümlerin yaklaşık %20'sinden sorumlu tutulmaktadır. Günümüzde, onkoloji alanındaki çok önemli gelişmelere rağmen, kanser hala tamamen tedavi edilebilir hastalıklar kategorisinde değildir. İnsan vücudunda doğumdan itibaren kolonize olan mikroorganizma türlerinin ya da hastaneden veya çevreden kazanılan fırsatçı patojen mikroorganizmaların, kanser tedavisine verilen bireysel yanıtlar ve toksisite dahil olmak üzere kompleks karsinogenez aşamalarında rol oynadığı gösterilmiştir. Bu sebeple biz bu çalışmada, akciğer kanser tanısı alan ve almayan hastaların akciğer mikrobiyotasında bulunabilecek mikroorganizmaların varlığını araştırmayı ve bu mikrobiyota kompozisyonlarını karşılaştırmayı amaçladık. Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Balcalı Hastanesinde Aralık 2019 –Ekim 2020 tarihleri arasında akciğer kanseri tanısı alan 31 hastadan ve pulmoner nodülü olan fakat akciğer kanseri tanısı almamış 13 kontrol grubu bireyden bronkoalveolar lavaj (BAL) örneği alındı. Örneklerden DNA izolasyonu sonrası 16S rRNA gen bölgesi hedef alınarak yeni nesil dizileme (YND) ile akciğer mikrobiyom analizi yapıldı. Ayrıca konvansiyonel kültür yöntemleri kullanılarak örneklerden bakteri identifikasyonu yapıldı. Çalışmamızda kültürde hasta grubunda Neisseria ve Streptococcus cinsi bakteriler, kontrol grubunda da Haemophilus, Streptococcus cinsi bakteriler baskın olarak izole edilmişken, YND ile mikrobiyom analizinde her iki grupta da Prevotella ve Veillonella gibi anaerop bakteri cinslerinin baskın olduğu tespit edilmiştir. Lactococcus, Pediococcus, Anaerobacillus ve Friedmanniella cinsi bakterilerin akciğer kanseri gelişimi ile yakın bir ilişki içinde bulunduğu görüldü. Çalışmamız Ülkemizde akciğer kanserli hastaların akciğer mikrobiyotasının incelendiği ilk çalışma özelliğini taşımaktadır. Aynı zamanda, dünyada da YND ile akciğer mikrobiyom analizinin kültürde izolasyon ile birlikte değerlendirildiği az sayıda çalışmalardan biridir. Bu sebeple, çalışmamızın akciğer kanserinin mikrobiyota ile ilişkisini aydınlatmaya yönelik çalışmalara ışık tutacağını düşünmekteyiz. Mikrobiyotanın hastalıklarla ilişkisini belirlemek için yapılan çalışmalarda, gerektiğinde YND ile mikrobiyom analizinin uygun besiyerleri kullanılarak konvansiyonal kültür yöntemleri ile de desteklenmesinin, ayrıca akciğer mikrobiyotası ile birlikte bağırsak mikrobiyotasının da incelenmesinin daha faydalı olacağı kanaatindeyiz.

AkciğerAkciğer hastalıklarıAkciğer neoplazmları+5

Ali Üçkayabaşı

Çukurova University · Institute of Health Sciences

Dizi analiziDomatesEnzime bağlı immünosorbent testi+2

Bandırma yöresinde salçalık domates yetiştirilen alanlarda hıyar mozaik virüsü (Cucumber mosaic virus, CMV)' nün saptanması ve karakterizasyonu

Bu çalışma, 2018-2020 yılları arasında Bandırma ve yöresinde ticari olarak yetiştirilen sanayi domates üretim alanlarında Hıyar Mozaik Virüsü (Cucumbermosaicvirus, CMV)'nün saptanması ve karakterizasyonu amacıyla yürütülmüştür. Sanayi domatesi üretim alanlarında simptomatolojik olarak CMV ile enfekteli olduğundan şüphelenilen 22 farklı bahçeden toplam 106 adet domates bitkisinden yaprak örnekleri alınmış ve DAS-ELISA testleri sonucunda 16 bahçeden alınan örneklerde CMV infeksiyonu saptanmıştır. RT-PCR çalışmaları, CMV'ye spesifik RW8 (5'-GGTTCGAA (AG)(AG)(AT)ATAACCGGG–3') ve RV11 (5'-GTTTATTTACAAGAGCGTACGG–3') dejenere primer çifti kullanılarak, DAS-ELISA da pozitif olarak saptanan 16 örnek ile yürütülmüş ve 650 bp büyüklüğünde bant elde edilmiştir. Bunlar içinden survey alanlarını temsil edecek şekilde CMV13 ve CMV14 olmak üzere 2 izolat seçilmiş ve DNA dizileme çalışmalarında kullanılmıştır. Dizi analizleri sonucunda, dünyanın farklı ülkelerinden rapor edilen CMV izolatları kullanılarak oluşturulan filogenetik ağaç üzerinde; CMV14 izolatı aynı grupta yer alırken, CMV13 izolatı farklı bir gruba dahil olmuştur. Anahtar Kelimeler: Domates, CMV, RT-PCR, DAS-ELISA, Dizi Analizi

Asude Nur Papan

Çukurova University · Institute of Graduate Studies in Science

Apis melliferaDizi analiziMorfometri

Düzce ili bal arısı (Apis mellifera L.) biyolojik çeşitliliğinin genetik ve morfometrik yöntemler ile araştırılması

Bu çalışmada Batı Karadeniz'de orman gülü, kestane florası ve Yığılca bal arısı ekotipi ile arıcılıkta öne çıkan Düzce ili bal arısı biyolojik çeşitliliğinin morfometrik ve genetik yöntemler ile tanımlanması amaçlanmıştır. Bu amaç için Düzce ili merkez ve ilçelerini temsil edecek şekilde 24 arılıktan, 72 koloniden toplam 1440 işçi arı örneği toplandı. Örneklerin sağ ön kanatlarında landmark temelli 31 morfometrik karakterin yanı sıra dil, kanat ve bacak segmentlerinin uzunlukları ölçüldü. Morfometrik karakterlerin yanı sıra örnekler mitokondriyal genomda 5 gen bölgesi (CoxI- CoxII, 16srDNA, ND5, Cytb ve CoxI)'nin 10 farklı restriksiyon endonükleaz enzimi ile kesim profili bakımından PCR-RFLP yöntemi ve DNA dizi analizi yapılarak ile değerlendirildi. Morfometrik karakterlerin ölçüm sonuçları Diskriminant Fonksiyon Analizi (DFA) ile karşılaştırıldığında Merkez, Akçakoca ve Cumayeri ilçeleri koordinat düzlemi üzerinde birbirlerinden ve diğer ilçelerden belirgin olarak ayrıldı. Gümüşova-Çilimli ve Kaynaşlı-Yığılca ilçelerine ait grup merkezlerinin ikili gruplar şeklinde üst üste çakıştığı ve Gölyaka İlçesi ile yakın kümelendikleri gözlendi. Koloni ortalamaları baz alınarak popülasyonlar arasındaki mahalanobis uzaklıklarına göre oluşturulan UPGMA dendogramında; Akçakoca, Yığılca, Merkez, Çilimli ve Gümüşova birlikte gruplanırken, Cumayeri, Gölyaka ve Kaynaşlı ise birlikte başka bir küme oluşturdu. Örnekleme yapılan her koloniden bir işçi arı örneği alınarak sırasıyla CoxI- CoxII intergenik gen bölgesi DraI, XbaI ve HinfI; CoxI geni SspI, XhoI, DraI ve HinfI; 16srDNA geni SspI, SwaI, DraI, EcoRI ve HincII; ND5 geni HincII, DraI ve SspI; Cyb geni ise BglII, ClaI, HinfI ve DraI resitriksiyon endonükleaz enzimleri ile kesildi. CoxI- CoxII gen bölgesi XbaI ve HinfI kesimlerinde iki farklı mitotip oluşurken, DraI kesiminde üç farklı mitotip oluştu. 16srDNA/SspI kesiminde 2 mitotip oluşmuş, tip 2 yalnızca Cumayeri, Gümüşova, Kaynaşlı ve Merkezde birer örnekte görülürken 16srDNA/HincII kesiminde ise tip 2 yalnızca Yığılca'nın iki örneğinde görüldü. Cytb/DraI kesiminde ise iki farklı mitotip oluştu. Tip 2 profili Gümüşova'nın 6 örneğinde ve Merkez'in 2 örneğinde görüldü. CoxI ve ND5 genlerinin restriksiyon endonükleaz enzimleri ile kesimi sonucu hiçbir farklılık gözlenmedi. Kesim sonuçlarına göre farklı çıkan örneklerin DNA dizi analizleri yaptırıldı. Bu çalışmanın sonuçları Düzce ilinde yaygın görülen mitokondriyal DNA tipinin Anadolu bal arısı (A. m. anatoliaca) mitotipi ile uyumlu olduğunu; ancak Düzce ili arı biyoçeşitliliğinin ana arı ticareti ve göçer arıcılık faaliyetlerinden etkilendiğini göstermiştir.

Songül Bir

Düzce University · Institute of Graduate Studies in Science

2021

Dizi analiziDizi analizi-DNAGenler+2

Vezikoüreteral reflüsü olan hastalarda SOX17 geninin yeni nesil dizi analizi ile araştırılması

Giriş: Çalışmamızın amacı Vezikoüreteral Reflü (VUR) hastalarının ve sağlıklı kontrollerde SOX17 geninin yeni nesil dizi analizi ile taranarak bu gende tespit edilen varyasyonların VUR'deki klinik önemini belirlemektir. Gereç ve Yöntem: Düzce Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Polikliniği'ne başvuran, VUR tanısıyla takip edilen 36 Hasta Grubu (27 kız, 9 erkek) ve 21 sağlıklı Kontrol Grubu (12 kız, 9 erkek) çalışmaya dahil edildi. Tam idrar tetkikinde lökosit, eritrosit, protein ve serum üre, kan üre azotu (BUN), kreatinin, sodyum, potasyum, klor düzeyleri rutin laboratuar metodlarıyla belirlendi. Hasta ve Kontrol Grubunun DNA'larından SOX17 geni Yeni Nesil Dizileme Yöntemi ile dizilendi. Bulgular: Yaş, cinsiyet, boy ve vücut ağırlığı açısından VUR Hasta Grubu ile Kontrol Grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark yoktu (sırasıyla; p=0,142, p=0,162, p=0,065, p=0,282). Sistolik ve diastolik ortalama kan basınçları arasında Hasta ve Kontrol Grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark izlendi (sırasıyla; p=0,002, p=0,000). Çalışmamızdaki çocuklarda bakılmış olan parametrelerden idrar eritrosit, lökosit, protein, serum üre, klorür, BUN değerlerinde Hasta ve Kontrol Grubu arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmazken (sırasıyla; p=0,601, p=0,291, p=0,897, p=0,313, p=0,166, p=0,325), serum sodyum, potasyum ve kreatinin açısından Hasta ve Kontrol Grubunda istatistiksel olarak anlamlı fark saptandı (sırasıyla; p=0,001, p=0,000, p=0,004). Hasta ve Kontrol Grubunu SOX17 gen varyasyon dağılım durumuna göre kıyasladığımızda; Hasta Grubundan 1 olguda (%4,8) SOX17 NM_022454.3 geni Ekzon 2 Heterozigot c.775T>A p.Tyr259Asn rs267607083 varyasyonu, 1 olguda (%4,8) SOX 17 geni NM_022454.3 Ekzon 2 Heterozigot c.479C>T p.Ala160Val rs200011294 varyasyonu tespit edildi. Kontrol Grubunda 1 olguda (%2,8) SOX17 NM_022454.3 geni Ekzon 2 Heterozigot c.775T>A p.Tyr259Asn rs267607083 varyasyonu, 1 olguda (%2,8) SOX 17 geni NM_022454.3 Ekzon 2 Heterozigot c.479C>T p.Ala160Val rs200011294 varyasyonu tespit edildi. Hasta ve Kontrol Grubunda SOX17 geni varyasyonu açısından istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmadı (p=0,329) iii . Sonuç: SOX17 genindeki c.479C>T p.Ala160Val varyasyonu literatürde vezikoüreteral reflülü hastalarda daha önce hiç tanımlanmamış olup, bu çalışmamızda ilk defa tespit edildi. SOX17 genindeki c.479C>T p.Ala160Val varyasyonu VUR etiyopatolojisindeki rolünün daha iyi açıklanabilmesi için, bu konuda daha geniş serileri içeren ilave çalışmaların yapılması önem arz etmektedir. Bu araştırma, prospektif bir çalışma olup VUR hastalarında SOX17 geninin Yeni Nesil Dizileme Yöntemi dizilendiği ilk çalışma olmasından dolayı bu bulguyu teyit edebilmek için çok sayıda olgunun olduğu çok merkezli çalışmalar gereklidir. Anahtar Sözcükler: Çocuklarda Vezikoüreteral Reflü, SOX17 Geni, Yeni Nesil Dizileme Yöntemi

Nihan Kalay Duran

Bebek-prematürBebek-yenidoğmuşBebek-yenidoğmuş hastalıkları+5

Respiratuvar distres sendromlu preterm yenidoğanlarda NKX2.1 geninin yeni nesil dizi analizi ile araştırılması

Giriş-Amaç: Respiratuvar distres sendromu (RDS), tedavisinde ciddi gelişmeler elde edilmesine rağmen, erken doğan bebeklerde solunum sıkıntısının en sık rastlanan nedenidir ve preterm doğum ile ilişkili en önemli mortalite ve morbidite sebebidir. RDS insidansı 28 hafta ve daha küçük prematürlerde %93 olup, görülme sıklığı bebeğin gebelik yaşı ile ters orantılı olarak artmaktadır. Patofizyolojisinde prematüre bebeklerdeki yetersiz pulmoner sürfaktan üretiminin neden olduğu gösterildikten sonra, 1959 yılında hastalığın eski adı olan "hiyalen membran hastalığı" RDS ile değiştirildi. Son zamanlarda yapılan epidemiyolojik çalışmalarda; ailevi eğilimin ve ırksal farklılıkların RDS riskini arttırdığının görülmesi üzerine genetik araştırmalara eğilim artmıştır. Aynı gebelik haftasında doğan tüm bebekler için; antenatal steroid uygulamasına, postnatal sürfaktan tedavisine ve optimal ventilatör bakımına rağmen tedaviye eşit yanıtın alınmadığı görülmüştür. Pulmoner sürfaktan proteinlerinin homeostazında rol oynayan NKX2.1 (NK2 homeobox 1) geni ayrıca akciğer farklılaşmasının erken bir belirteci olarak ve akciğerin yapısal gelişimi ile yüzey aktif madde proteinleri SP-B, SP-C ve ABCA3'ün ekspresyonu için önemlidir. NKX2.1'deki mutasyonlar, yenidoğan bebeklerde RDS ve büyük çocuklarda interstisyel akciğer hastalığı, ve solunum yetmezliğine neden olur. Çalışmamızda RDS 'li preterm yenidoğanlarda NKX2.1 geninde yeni nesil dizi analizi yöntemiyle etiyolojiden sorumlu genetik değişimi ortaya koymayı hedefledik. Böylece hastalığın oluşumundan sorumlu tutulan genlerden olan NKX2.1 geninde meydana gelen mutasyonlar göz önünde bulundurularak uygulanılacak olan terapötik yaklaşımlar ile tedavi maliyetinin azaltılmasının yanı sıra hastalar için yan etkilerin daha az olduğu yeni tedavi stratejilerinin geliştirilmesine katkı sağlamayı amaçladık. Gereç-Yöntem: Çalışmaya Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı Yenidoğan Yoğun Bakım Ünitesi'nde prematüre doğum ve RDS nedeni ile izlenen 32 hasta ve RDS dışı başka nedenlerle takip edilen 18 prematüre yenidoğan kontrol grubu olarak alındı. Olguların hedeflenen moleküler genetik tanısı için ilk olarak rutin amaçlı istenilen tam kan örneklerinden geriye kalan atık kanlardan DNA izolasyon işlemi yapıldı. İzole edilen DNA örneklerinden hedeflenen gen bölgeleri, spesifik primerler kullanılarak çoğaltılıp saflaştırma işlemi uygulandıktan sonra hedefe yönelik yeni nesil dizi analizi yöntemiyle bu mutasyonlar incelendi. Çalışmada yer alan preterm yenidoğanlarda c.-61C>T heterozigot, c.-85G>T heterozigot, c.446A>C heterozigot, c.1031G>A p.Gly344Asp heterozigot varyasyonları ve NKX2.1 geninde bileşik heterozigot mutasyonları saptandı. Bulgular: RDS tanılı 32 hastanın 20'si (%62,5), erkek 12'si (%37,5) kız olup erkek/kız oranı 1,66 idi. Kontrol grubundaki 18 hastanın 8'i (%44,4) erkek, 10'u (%55,6) kız olup erkek/kız oranı 0,8 olarak bulundu. Hasta grubunun gestasyonel yaşı (hafta) ortalama 32,71±2.03 hafta, Kontrol grubunun 33,05±7.05 hafta olduğu saptandı. Antropometrik değerler incelendiğinde iki grup arasında doğum ağırlığı, boy ve baş çevresi değerleri açısından anlamlı bir farklılık yoktu. Hastanede yatış süresi ve entübe takip süresi Hasta grubunda istatistiksel olarak anlamlı bir şekilde Kontrol grubundan fazlaydı. Anneye ait parametreler incelendiğinde anne yaşı, gravite, parite, abortus sayısı ve antenatal steroid uygulanması açısından Hasta ve Kontrol Grubunda anlamlı bir fark tespit edilmedi. Çalışmaya dahil edilen preterm yenidoğanlarda c.-61C>T heterozigot, c.-85G>T heterozigot, c.446A>C heterozigot, c.1031G>A p.Gly344Asp heterozigot varyasyonları ve NKX2.1 geninde bileşik heterozigot mutasyonu saptandı. Sonuç: NKX2.1 genindeki c.1031G>A p.Gly344Asp varyasyonu literatürde RDS'li hastalarda daha önce hiç tanımlanmamış olup, bu Çalışmamızda ilk defa tespit edilmiş olması ve bileşik heterozigot mutasyonu gibi yalnızca RDS'li gruptaki yenidoğanlarda rastlanılmış olmaları nedeniyle tespit edilen bu değişikliklerin RDS için belirteç olarak kullanılabileceğini düşünüyoruz. Anahtar kelimeler: Respiratuar distres sendromu, prematüre, yeni nesil dizi analizi, NK2 homeobox 1 geni

Betül Türen

Dizi analiziHücre dizisiKolon hastalıkları+3

HCT-116 ve HT-29 kolon kanseri hücre hattında kuersetinin hücre ölüm yolakları üzerine etkisinin incelenmesi

Kanser çok basamaklı, uzun süreli bir süreçtir ve sağlıksız bir hücrenin kontrolsüz bölünüp büyümesinin ardından tümör üreten hücre ölümünün yokluğu ile karakterizedir. Kolorektal kanserler dünyada en sık görülen kanserlerdendir Literatüre kalın bağırsağın iç yüzeyindeki hücrelerin kontrolsüz bölünmesiyle karakterize, yaygın gastrointestinal malign tümör olarak geçmiştir. Ülkemizde oluşan kanser türleri arasında ilk beşte yer alır ve görülme sıklığı giderek artmaktadır. Kanser araştırmalarındaki önemli zorluklardan biri sağlıklı hücreler bozulmadan, kanser hücrelerinin etkili bir şekilde nasıl öldürüleceğidir ve bu noktada kanserli hücreleri tedavi etmek için ölüm yolaklarının bilinmesi kritik bir önem taşır. Son yıllarda keşfedilmiş olan ferroptoz, demir bağımlılığı ile ortaya çıkan yeni bir programlanmış hücre ölümü türü olarak bilinir ve kanser hücreleri büyümeyi sağlamak için normal hücrelere kıyasla daha fazla demir talebi sergilediğinden kanser hücrelerinde ferroptozun indüklenmesinin çoklu kemoterapötiklerin direncini tersine çevirdiği ve kanser direncini azalttığı doğrulanmıştır. Bu çalışmalar ferroptozun tömör oluşumunda, gelişmesinde önemli bir düzenleyici olarak rol oynadığını göstermiştir. Flavonoidlerden kuersetin kanser önleme, ilerlemesini durdurma ve geleneksel kanser tedavilerinin yan etkilerini azaltılmasında başarılı olduğu bilinen metabolittir. Kuersetinin kolon kanserini engelleyici etkilerinin hücre ölüm yolakları üzerine etkilerinin ortaya çıkarılabilmesi için yapılan bu çalışmada kuersetin molekülünün kolon kanseri hücre hatlarında kemoterapik ajan ile kombine kullanımlarına ve tek kullanımlarının hücre canlılığı üzerindeki etkilerinin belirlenerek hücre ölüm mekanizmalarından apoptoz ve ferroptoz üzerindeki potansiyel etkilerinin değerlendirilmesi amaçlandı. Çalışmamızda öncelikle kuersetin ve kemoterapik ajan sitotoksik konsantrasyonları 3-(4,5-dimetiltiazol-2-il)- 2,5-difenil tetrazolyum bromür (MTT) testi ile HT-29 ve HCT-116 hücrelerinde 14 belirlendi. Daha sonra sitotoksik kuersetin ve kemoterapik ajan ile 24 saat inkübe edilen HCT-116 ve HT-29 hücreleri Apoptotik Proteaz Aktive Edici Faktör-1 (APAF-1), İnsan Kaspaz-3 Proteini (CASP-3), Uzun Zincirli Yağ Asidi-KoA Ligaz (ACSL4) ve Glutatyon Peroksidaz 4 (GPx4) seviyeleri enzime bağlı immünosorbent testi yöntemiyle (ELİSA) belirlendi. Çalışmada kuersetin molekülünün her iki kolon kanseri hücresinde tek başına APAF-1 ve CASP-3 biyobelirteçlerini kontrol grubuna göre arttırarak apoptotik yolağı aktive ettiği belirlenmiştir. GPx4 ve ACSL4 biyobelirteçlerinde ise kombine uygulamanın ACSL4'ü arttırıp GPx4'ü azaltarak ferroptotik yolağı indükleyip kanserli hücrede sinerjik etki yaptığı belirlenmiştir. Yapılan bu çalışma sonucundaki veriler kolon kanserine karşı kombine veya diğer alternatif yaklaşımlarına temel veri sağlayıp kanser tedavisi için ferroptoz sinyal yolağının daha detaylı araştırılmasında etken maddenin kullanımına yönelik çalışmalara katkı sağlayabilir.

Özge Güler

Düzce University · Institute of Health Sciences

Dizi analiziGenlerGranülom+1

Sarkoidoz tanılı hastalarda CRR2 geninin yeni nesildizi analizi ile taranması

Sarkoidoz, granülom oluşumuyla sonuçlanan hastalık bölgelerinde mononükleer hücrelerin birikmesi ile karakterize edilen, nedeni bilinmeyen bir multisistem hastalığıdır. Hastalığın, genetik olarak yatkın konakçılarda bilinmeyen çevresel antijenler tarafından tetiklendiği düşünülmektedir. Biz bu çalışmada sarkoidoz tanılı hastalarda CCR2 geninin yeni nesil dizi analizi(YND) ile taranmasını amaçladık. Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Göğüs Hastalıkları Kliniği'nde sarkoidoz tanısı ile takip edilen 31 hasta ile sarkoidoz dışı bir nedenle başvurmuş 19 kontrol dahil edilmiştir. Mevcut çalışmamıza 35'si (%70) erkek, 15'i (%30) bayan olmak üzere toplam 50 birey dahil edilmiştir. Hasta grubunda 24(%77,4) kadın ve 7(%22,6) erkek varken, kontrol grubunda 11(%57,9) kadın ve 8(%53,3) erkek vardı (χ2=2,138; p=0,144). Çalışmamızda; CCR2 (NM_001123396.4) geninde hasta ve kontrol grubunda tespit edilen varyasyonlar sırasıyla NM_001123396.4:c.1044G>A(p.Thr348=)(rs3092960) (Hasta:3, Kontrol:3), NM_001123396.4(CCR2):c.156G>T(p.Val52=)(rs3918367) (Hasta:2, Kontrol:0), NM_001123396.4(CCR2):c.190G>A(p.Val64Ile)(rs1799864) (Hasta: 8, Kontrol:6), NM_001123396.4:c.780T>C(p.Asn260=)(rs1799865) (Hasta: 24, Kontrol:8) olarak bulundu. Sonuç olarak NM_001123396.4(CCR2):c.156G>T(p.Val52=)(rs3918367) ve NM_001123396.4:c.780T>C(p.Asn260=)(rs1799865) varyasyonları hasta grubunda kontrol grubundan anlamlı derecede yüksekti (p<0,05). Tespit edilen bu CCR2 varyasyonların sarkoidozun etyopatogenezisindeki rolünün daha iyi anlaşılabilmesi için CCR2 geninin YND ile tarandığı gemiş serileri içeren ilave çalışmalara ihtiyaç vardır.

Pınar Yıldız

Düzce University · Institute of Health Sciences

Diabetes mellitusDizi analiziGenler+4

Klinik olarak mody diyabeti olduğu düşünülen türk çocuklarında hedefe yönelik yeni nesil dizi analizi yöntemiyle moleküler tanının ortaya konması

Diyabet özellikle çocukluk çağında klinik ve etyopatogenetik heterojenite gösteren ağır bir kronik hastalıktır. Maturity Onset Diabetes of the Young (MODY) otozomal dominant kalıtım paternine sahip ve belirgin genetik heterojenitesi olan bir diyabet tipidir. MODY'nin moleküler genetik tanısı optimal tedavi, prognoz ve genetik danışmanlık için gereklidir. Etyolojisi genetik heterojenite gösteren hastalıklar için NGS yöntemi(yeni jenerasyon dizi analizi) uygulanması en ideal yöntem olarak karşımıza çıkmaktadır. Biz bu çalışmamızda klinik olarak MODY diyabet şüphesiyle takipli olan hastalarımızda, NGS ile genetik etyolojiyi ortaya çıkarmak ve genotip–fenotipilişkisini değerlendirmeyi amaçladık. Klinik olarak MODY diyabet şüphesi olan 35 hasta çalışmaya dahil edilmiştir. Aday hastalar 400 olgunun kayıtlı olduğu Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Endokrin Bilim Dalı çocuk diyabeti veri tabanından aile öyküsü, vücut ağırlığı, ketoza yatkınlık, insülin, C-peptid ve otoantikor varlığı özelliklerine göre en uygun olanlardan seçilmiştir. Hastalardan periferik kan örneği alınarak DNA izole edilmiş ve MODY etyolojisinde ortaya konmuş olan 13 adet GCK, HNF1A, HNF4A, HNF1B, PDX1, NEUROD1, KLF11, CEL, PAX4, INS, BLK, ABCC8 ve KCNJ11 genleri NGS yöntemiyle çalışılmış, saptanan varyantlar yine NGS ile doğrulanmıştır. Saptanan varyantların biyoinformatik ve in-siliko analiz verileri, segregasyon çalışmaları ve hastaların klinik ve laboratuvar bulguları birlikte değerlendirilerek patojenitesine karar verildi. 11 hastada(%31) bakılan MODY genlerinde mutasyon saptanmıştır.2 hastada GCK, 2 hastada CEL,1'er hastada ise HNF1A,KLF11,BLK,NEUROD1, ABCC8, 1 hastada ise HNF1A,HNF4A ve WFS1 geninde mutasyon tespit edildi. Hastaların 9'u heterozigotformda iken, 1 hasta birleşik heterozigot, 1 hasta ise kompleksgenotipe sahipti. Çalışmamızda GCK geni Ekzon 5'te c.537delG ve CEL geni Ekzon 6'da IVS5-1G>A olmak üzere daha önce tanımlanmamış iki yeni değişiklik tespit ettik. Klinik olarak MODY diyabeti, tip 1 ve tip 2 diyabetten ayırt etmek zor olduğundan, monojenik form diyabeti olan birçok hastanın yanlış sınıflandırılmakta olduğunu söyleyebiliriz. Her ne kadar MODY bütün diyabet vakalarının % 1-2'sini oluştursa da, MODY'nin moleküler genetik tanısı optimal tedavi, prognoz ve genetik danışmanlık için gereklidir. Türk toplumunda MODY diyabet ile ilgili daha fazla kişiyle yapılacak olan moleküler çalışmalarla ülkemize özgü değişiklikler ortaya konabilecek, yeni mutasyonlar tanımlanacak ve genotip-fenotip ilişkilendirmeleri daha doğru yapılabilecektir.

Mustafa Doğan

2017

BilirubinDizi analiziGenler+3

Sendromik olmayan obez hastalarda yeni nesil dizi analizi ile uridin difosfat glukronil transferaz 1A1 (UGT1A1) geninin araştırılması

Amaç: Obezite dünya genelinde artan prevelansı ve özellikle gelişmiş ülkelerde en önemli sağlık sorunlarından biridir. Bildiğimiz kadarıyla literatürde UGT1A1 geninin non sendromik obezlerde yeni nesil dizi analizi yöntemi ile değerlendirildiği çalışma yoktur. Bu çalışma ile Düzce Üniversitesi Hastanesi Çocuk Polikliniklerine obezite tanısıyla başvuran olgularda yeni nesil dizi analizi ile UGT1A1 genindeki değişimleri ortaya koymayı amaçladık. Materyel metod: Olguların hedeflenen moleküler genetik tanısı için ilk olarak rutin amaçlı istenilen tam kan örneklerinden geriye kalan atık kanlardan DNA izolasyon işlemi yapıldı ve hedefe yönelik yeni nesil dizi analizi yöntemiyle moleküler genetik analizi yapıldı Bulgular: Çalışmaya 45 obez (%76,3), 14 kontrol (%23,7) dahil edildi. UGT1A1 gen değişimi açısından Obez çocukların 28'inde (%62) genetik değişim varken kontrol grubunda genetik değişim 7'sinde (%50) idi (p>0.05). Kontrol grubunda sadece 2 varyasyon saptanmışken, obez grubunda bu varyasyona ek 7 varyasyon daha saptandı. Obezite başlangıç yaşının 2 yaş altında ve üstünde oluşmasına göre sınıflandırdığımızda ilk 2 yıl içinde (erken başlangıçlı) olan hastaların %38,9'unda, 2 yaş sonrası herhangi bir yaşta (geç başlangıçlı) obezite kliniği gelişen hastaların %77,8'inde UGT1A1 geninde varyasyon oluştuğunu gözlemledik. 2 yaş altında obezite gelişen çocuklarda hem total hem direk bilirubin seviyesinin anlamlı olarak daha düşük saptandı. Sonuç: Geç başlangıçlı grupta UGT1A1 geninde oluşmuş olan genetik değişimler lojistik regresyon analizi ile değerlendirildiğinde obezitenin geç yaşta olma riskini 3 kat (3,42 %95 CI, 0,15-5,11:p 0,000) oranında arttırdığını gösterdik. Ancak bilirubinin koruyucu etkisi göz önüne alındığında erken başlanıçlı obezitede bilirubinin daha düşük saptanması nedeniyle takiplerinin daha dikkatli yapılması gerekmektedir. Çalışmamız obezite başlangıç yaşı, UGT1A1 gen poliformizmi çeşitliği ve bilirubin seviyesinin yaş bağımlı değişimini gösteren ilk çalışmadır.

Merve Aslantaş

2019

AstımDizi analiziLökotrienler+1

Astımlı hastalarda interlökin-4 (IL4) ve lökotrien C4 sentaz (LTC4s) genlerinin yeni nesil dizi analizi ile araştırılması

Giriş: Astım farklı uyaranlara karşı artmış havayolu duyarlılığı ve geri dönüşümlü havayolu obstrüksiyonu ile karakterize, genetik ve çevresel risk faktörlerinin birleşiminden kaynaklanan tekrarlayan kronik inflamatuar bir hastalıktır. Çocukluk çağı kronik hastalıklarının en sık görülenidir. Günümüze kadar sürekli olarak prevalansı, morbiditesi ve mortalitesi artan bir hastalık haline gelmiştir. Astım oluşumunda üç aşama sorumlu tutulmaktadır. Bunlar, artmış havayolu duyarlılığı, havayolu inflamasyonu ve geri dönüşümlü havayolu obstrüksiyonudur. Astım multifaktöryel bir hastalık olarak değerlendirilmektedir. Astımlı ebeveynlerin çocuklarında astım riski arttığı uzun zamandır bilinmektedir ve astım prediktivite indeksinin üç majör risk faktöründen biridir. Astım, basit Mendelian kalıtım sergilemeyen karmaşık genetik yapıya sahip bir hastalıktır. Astım genetiği ile ilgili günümüzde yapılan birçok çalışma mevcuttur, ama hala net olarak astım genetiği anlaşılamamıştır. Bildiğimiz kadarıyla literatürde IL-4 veya LTC4S geninin yeni nesil dizi analizi yöntemi ile değerlendirildiği çalışma yoktur. Biz bu çalışma ile astım tanısıyla takip edilen hastalarda yeni nesil dizi analizi ile IL-4 ve LTC4 genindeki değişimleri ortaya koymayı amaçladık. Gereç ve Yöntem: Bu çalışma Düzce Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Kliniğinde GINA kriterlerine göre astım tanısı konulup takip edilen 50 hasta üzerinde yapılmış prospektif bir çalışmadır. İlk olarak rutin amaçlı istenilen tam kan örneklerinden geriye kalan atık kanlardan DNA izolasyon işlemi yapıldı. İzole edilen DNA örneklerinden hedeflenen gen bölgeleri, bu bölgelere spesifik primerler kullanılarak çoğaltılıp saflaştırma işlemi uygulandıktan sonra hedefe yönelik yeni nesil dizi analizi yöntemiyle bu bölgelerdeki mutasyonlar saptandı. Ayrıca hastaların demografik, klinik ve laboratuvar verileri kaydedildi. Bulgular: Çalışmaya 32'si (%64) erkek, 18'si (%36) kız olmak üzere toplam 50 hasta alındı. Hastaların yaşı ortalama 7,12±3,8 yıl (1-16 yıl), semptom başlama yaşı ise ortalama 2,73±3,2 yıl (3 ay-13 yıl) idi. Çalışmamıza dahil edilen 50 hastanın 31'inde (%62) mutasyon saptanmıştır. Astımlı olgu grubunda IL-4 geninde intron 1'de c.-33C>T, intron 3'de c.361-9C>A, ekzon 4'te c.23G>A ve intron 3'de c.360+18 C>A mutasyonları saptandı. LTC4S geninde intron 4'te c.312-16 T>C, intron 3'de c.230-12 T>C, intron 1'de c.59-10 C>A, intron 1'de c.-33 C>T ve intron 3'de c.361-9 C>A mutasyonları tanımlandı. Sonuçlar: Astıma en sık eşlik eden hastalık allerjik rinit ve alerjik konjonktivit olarak değerlendirildi. Astım tanısı koyarken MPV düşüklüğünün kriterlerden biri olabileceği kanaatindeyiz. Total IgE düzeylerinin astım tanısında önemli parametrelerden birisi olduğu çalışmamızda da görüldü. IL-4 geninde mutasyon taşıyıcı bireylerde akut ürtiker oluşma olasılığı, taşıyıcı olmayanlara göre 5,6 kat daha fazla olduğu görüldü. IL-4 geninde homozigot olarak mutasyon saptanan olguların kliniğinin heterozigot olanlara göre daha kötü olması IL-4 gen mutasyonlarının astım ile ilişkili olduğunu göstermiştir. Çalışmamızda LTC4S geninde yüksek oranda gözlenen intron 4'te c.312-16 T>C genetik değişimi astımla ilişkilendirildi. Çalışmamızın astımın genetik alt yapısı ve farmakogenetik konusu üzerine yapılacak daha geniş ve kontrollü çalışmalara ışık tutacağını umuyoruz.

Muhammet Mesut Nezir Engin

Dizi analiziGenlerMutasyon+5

Febril konvülziyon geçiren hastalarda IL 2, IL 6 ve IL10 sitokin genlerinin yeni nesil dizi analizi ile araştırılması

Giriş: Febril Konvülziyon (FK) patogenezi tam olarak açıklanamamakla birlikte aile öyküsü ve genetik yatkınlık tüm çalışmalarda dikkat çekilen en önemli faktörlerdir. Aile öyküsündeki genetik mutasyonların patogenezdeki rolü ülkemizde ve dünyada yapılan çalışmalarda literatürle uyumlu ve ilgi çekicidir. Yapılan bazı çalışmalarda, ateşle seyreden febril nöbetler ile birlikte altta yatan genetik yatkınlık proinflamatuarların ve antiinflamatuarların düzenlenmesi için rol oynayan sitokinler olan interlökin (IL) 2, 6, 10 ve tümör nekroz faktörü (TNF) ile bağlantılı olduğu düşünülmüştür. Bu çalışmada yöremizde nedeni bilinmeyen febril konvüzyonlu hastalarda IL 2, IL 6 ve IL 10 sitokinleri kodlayan genlerdeki değişiklikler araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem : Ağustos 2018 ve Mayıs 2019 tarihleri arasında Çocuk Acil Servisine başvuran FK tanısıyla değerlendirilmiş 42 kişilik Hasta Grubu belirlenen kriterlere göre prospektif olarak çalışmaya alındı. Kontrol Grubu ise yine belirlenen kriterlere göre 12 kişilik Hasta Grubuyla benzer yaş aralığından seçilmek üzere çalışmaya eklendi. Hasta Grubunun genetik analizleri yanısıra hasta yakınları tarafından doldurulmak üzere 30 soruluk febril konvülziyon geçiren hastalarda anamnez anket formu dağıtıldı, elde edilen veriler çalışma bulgularına eklenerek hastaların cinsiyetleri, ilaç kullanımları, aile öyküleri, nöbet sayıları, nöbet tipleri, tam kan sayımları, C-reaktif protein değerleri ve EEG tetkik sonuçları çalışmada mukayese edildi. Kontrol Grubunun genetik analizleri yanısıra alınan kan tetkiklerinde tam kan sayımları ve serum reaktif protein değerleri FK geçiren hasta grubuyla karşılaştırıldı. Bulgular: Febril konvülziyon tanısı alan 42 hastanın 27'si erkek (%59,5), 15 tanesi ise kız (%40,5) dı. Erkek / kız oranı 1,47/1 olarak saptandı. Çalışmamızda Hasta Grubunda nöbet tipi baz alındığında 42 kişilik Hasta Grubundan 32 (%76,2) kişide basit tipte FK gözlenirken, 10 (%23,8) kişide komplike FK tanımına uyan nöbet türü gözlendi. Hasta Grubunda 24 (%57,1) kişinin 1. ve 2. dereceden akrabalık ilişkisi olan yakınlarında çocukluk döneminde febril konvülziyon öyküsü saptandı, 18 (%42,9) çocukta ise ailede febril konvülziyon geçirme öyküsü bulunmamaktaydı. Çalışmamızda 42 hastadan 31 (%73.8) hastada olmak üzere genetik varyasyon olduğu gözlendi, genetik varyasyon sayısı en çok IL 10 c.378+19T>C rs1554286 homozigot yönünde görüldü, Kontrol Grubunda ise 12 kişilik grubtan 8'inde (%66,6) benzer şekilde IL 10 c.378+19T >C rs1554286 homozigot genetik varyasyonu izlendi, ayrıca kontrol grubunun kalan 4 kişilik kısmında IL 10 c.378+19T > C rs1554286 heterozigot genetik varyasyonu saptandı. Sonuçlar: Çalışmamız IL 2, 6, 10 sitokin genlerinin Yeni Nesil Dizi Analizi ile eş zamanlı araştırıldığı ilk çalışmadır. Çalışmamızda bazı öne çıkan sonuçlar mevcuttur. Bu çalışmada febril nöbet sayısı azaldıkça IL 10 c.378+19T>C rs1554286 homozigot varyasyonu taşıyan Hasta Grubunda yığılmaların arttığı tespit edildi. Sözü edilen durum IL 10 c.378+19T>C rs1554286 homozigot varyasyonunun hastalığa karşı koruyucu etkisi olabileceğini ve nöbet sayısını azalttığını düşündürmektedir. Elde edilen analiz sonuçlarına göre, IL 2 sitokin geninde varyasyon taşıyan hastalarda, varyasyon taşımayanlara oranla 1,414 kat daha fazla febril konvülzyon olma riskine sahip olduğu gözlendi (OD:1,414; CI:1,161-1,721). Bir diğer elde edilen sonuca göre, IL 6 sitokin genlerinde varyasyon taşıma, EEG'de patolojik bulgu saptanma riskini artırırdığı, IL 10'da tespit edilen varyasyonun ise EEG bulgularında bozulma riskini azalttığı, koruyucu etkisi olduğunu düşündürmektedir. Çalışmamızda elde edilen sonuçlara göre IL 10 sitokin geninde varyasyon taşımanın, FK'lı hastalarda ilaca gereksinimi azalttığı bu anlamda koruyucu etkisi olduğu şeklinde yorumlanabilir

Fatih Kaya

Dizi analiziGenlerÖzel öğrenme bozukluğu+2

Özgül öğrenme bozukluğu tanısı almış hastalarda DCDC2 ve DYX1C1 genlerinin yeni nesil dizi analizi yöntemiyle incelenmesi

Amaç: Özgül Öğrenme Bozukluğu (ÖÖB) çocukluk çağında sık görülen nörogelişimsel bozukluklardan biridir. Bildiğimiz kadarıyla ÖÖB etiyolojisine yönelik yapılan çalışmalarda, ÖÖB ile DYX1C1 ve DCDC2 genleri arasındaki ilişkiyi yeni nesil dizi analizi (YND) yöntemi ile tüm geni tarayarak inceleyen çalışma yoktur. Bu çalışma ile Türk toplumunda ÖÖB tanısı almış çocuklarda DYX1C1 ve DCDC2 genlerini YND analizi yöntemiyle inceleyen ilk çalışma olması amaçlanmıştır. Materyal metod: Çalışmaya 6-12 yaş arasında, DSM 5 tanı ölçütlerine göre sadece ÖÖB (n=12) ile ÖÖB ve dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğu (DEHB) (n=45) tanıları konulmuş hasta grubu ile hasta grubuyla aynı yaş/sınıfta olan herhangi bir psikiyatrik bozukluk tanısı bulunmayan ve çalışmaya katılmaya gönüllü olan kontrol (n=48) grubu dahil edilmiştir. ÖÖB belirtilerini ayrıntılı değerlendirmek için ÖÖB test bataryası ve zeka seviyesini belirlemek için WISC-R testi, hasta ve kontrol grubunda ayrı ayrı uygulanmıştır. Hasta ve kontrol grubunda ek psikiyatrik tanı tarama görüşmesi yapmak ve çocuğun şu andaki işlev düzeyini belirlemek için ''Okul Çağı Çocukları İçin Duygulanım Bozuklukları ve Şizofreni Görüşme Çizelgesi- Şimdi ve Yaşam Boyu Şekli (ÇDŞG-ŞY-T)'' yapılmıştır. Ek tanıları dışlamaya yardımcı olması için katılımcıların kendi dolduracağı ''Anksiyete ve İlgili Bozukluklar İçin Tarama-Çocuklar İçin'' ve ''Çocuk Depresyon Ölçeği'' verilmiştir. Her iki grubun anne/baba ve öğretmenlerine "Öğrenme Bozukluğu Belirti Tarama Listesi", "Yıkıcı Davranım Bozuklukları için DSM-IV'e Dayalı Tarama ve Değerlendirme Ölçeği" verilmiştir. Çalışmaya katılanların artık kanlarından alınan periferik venöz kan örneklerinden, genomik DNA izolasyonu yapıldıktan sonra YND analizi yöntemiyle DYX1C1 ve DCDC2 genleri taranmıştır. Tarama sonucu elde edilen veriler istatistiksel olarak analiz edilmiştir. Bulgular: DYX1C1 gen varyasyonlarının tümünün bireysel kıyaslamasında ÖÖB ile ilişkisi bulunurken (p=0,029), varyasyonların olup olmamasına göre bakıldığında ÖÖB ile ilişkisi bulunamamıştır (p=0,247). DCDC2 gen varyasyonlarının tümünün hem bireysel kıyaslamasında hem varyasyonların olup olmamasına göre bakıldığında ÖÖB ile ilişkisi bulunamamıştır. Genlerde bulunan varyasyonlara bakıldığında ise DYX1C1 geninden sadece 572A>G varyasyonu kontrol grubunda anlamlı olarak daha yüksek iken, 1249G>T varyasyonu hasta grupta anlamlı olarak daha yüksek bulunmuştur. DCDC2 geninden ise sadece 426-13C>T varyasyonunun kontrol grubunda anlamlı derece yüksek olduğu görülmüştür. Varyasyonların klinik ile karşılaştırılmasında; DYX1C1 geninden 572A>G varyasyonunun; bir dakikada okunan kelime sayısı, okuma hızı, zihinden hesaplama, toplama, aylarda öncelik-sonralık ilişkilerinin sorgulanması testinde, alfabetik ve ritmik sayma sıralama testinde, gesell ve saat çizme alt testlerinde daha iyi performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. Ayrıca okuma testinde harf atlama, hece atlama, harf ekleme, hece ekleme, sözcük ekleme, sözcüğün sonunu uydurarak okuma hata türlerinde, işittiğini yazma bölümünde harf atlama, hece atlama, ters yazma ve harf karıştırma hata türlerinde, gördüğünü yazma bölümünde hece ayırma hata türünde, serbest yazma bölümünde hece atlama hata türünde daha az hata yapma ile ilgili olduğu görülmüştür. 1249G>T varyasyonunun; bir dakikada okunan kelime sayısı, okuma hızı, aylarda öncelik-sonralık ilişkilerinin sorgulanması, alfabetik sıralama alt testlerinde, WISC-R testindeki sözcük dağarcığı ve yargılama testinde daha düşük performans gösterme ile ilişkili olduğu ve okumada özellikle hece atlama, harf ekleme, hece ekleme hata türlerinde daha sık olmakla birlikte, okumada daha fazla hata yapma ile ilgili olduğu bulunmuştur. 271G>A varyasyonunun; işittiğini yazma testinde harf atlama hata türünde, serbest yazma testinde harf atlama ve harf karıştırma hata türünde daha sık hata yapma ile ilgili olduğu ve lateralizasyon testinde düşük performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. DCDC2 geninden 426-13C>T varyasyonunun toplama sorularında, günlerde öncelik-sonralık ilişkilerinin sorgulanması, saat çizme alt testlerinde ve hasta gruplar içinde WISC-R şifre alt testinde daha iyi performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. Ayrıca okuma testinde sözcük ekleme, sözcüğün sonunu uydurarak okumada, işittiğini yazma bölümünde sözcük atlama hata türünde, serbest yazma bölümünde ise imla hatası, sözcük atlama, harf karıştırma, harf ekleme, imla hatası hata türlerinde daha az hata yapma ile ilgili olduğu görülmüştür. 661A>G varyasyonunun okumada daha fazla hata yapma ile WISC-R testinde performans, genel bilgi, aritmetik, şifre alt testinde daha düşük performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. 183C>T varyasyonun zihinden hesaplama becerilerinde, WISC-R resim düzenleme alt testinde daha düşük performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. 3C>G varyasyonunun WISC-R şifre alt testinde daha düşük performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. 1017C>T varyasyonunun toplama sorularında daha düşük performans gösterme ile ilgili olduğu görülmüştür. Sonuç: Türk toplumunda 572A>G ve 426-13C>T varyasyonlarının ÖÖB açısından koruyucu olabileceği, 1249G>T, 271G>A, 661A>G, 183C>T, 3C>G ve 1017C>T varyasyonlarının ise ÖÖB açısından riskli varyasyonlardan olabileceği yönündeki bulgularımızı doğrulamak ve genişletmek için daha büyük ölçekli çalışmalara gerek duyulmaktadır.

Sümeyra Elif Kaplan Karakaya

DisleksiDizi analiziGenler+3

Özgül öğrenme bozukluğu tanısı almış hastalarda foxp2 geninin yeni nesil dizi analizi yöntemiyle incelenmesi

Amaç: Özgül Öğrenme Bozukluğu (ÖÖB), okul çağındaki çocukların akademik ve sosyal alanda yaşadıkları güçlüklerin önemli bir sebebidir. ÖÖG etyolojisi henüz net olarak bilinmemekte ancak nörobiyolojik temelde gelişen genetik ve çevresel faktörlerin ve bunların birbirleri ile etkileşiminin etkili olduğu düşünülmektedir. Bu çalışmada, FOXP2 geninin ÖÖB etyolojisindeki rolünü araştırmak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmamız kesitsel bir çalışma olarak gerçekleştirilmiştir. Araştırmada hasta grubu 52, kontrol grubu 46 çocuktan oluşmaktadır. DSM-5 kriterlerine göre yapılan görüşmelere ek olarak tüm çalışma grubuna Özgül Öğrenme Bozukluğu Test Bataryası ve Okul Çağı Çocukları İçin Duygulanım Bozuklukları ve Şizofreni Görüşme Çizelgesi - Şimdi ve Yaşam Boyu Versiyonu (ÇDŞG-ŞY) ile yarı yapılandırmış tanısal görüşme çizelgesi uygulanmıştır. Ayrıca tüm gruba Sosyodemografik Bilgi Formu, Anksiyete ve İlgili Bozukluklar İçin Tarama-Çocuklar İçin ve "Çocuk Depresyon Ölçeği" doldurtulmuştur. Hasta ve kontrol grubunda FOXP2 gen varyasyonu yeni nesil dizi analizi yöntemi ile araştırılmıştır. Bulgular: Hasta ve kontrol gruplarında FOXP2 geninde toplam 17 çeşit varyasyon saptanmıştır. Hasta grubunda 42 çocukta (%80,8) bulunan farklı 13 varyasyon bulunmuşken, kontrol grubunda 27 çocukta (%52,17) toplamda 4 farklı varyasyon bulunmuştur. FOXP2 geni ile ilişkili varyasyonların hasta grubunda anlamlı olarak daha yüksek olduğu görülmüştür. Sonuç: Çalışmamızda ÖÖB tanılı çocuklarda FOXP2 varyasyonunun daha sık görüldüğü saptanmıştır. Ancak ÖÖB'de bu konuda yeterli sayıda çalışma bulunmadığı için, hasta grubunda saptanan varyasyonların etyopatogenezdeki rolünün ne olduğunu kesin bir dille söylemek mümkün değildir. FOXP2 geniyle ilişkili varyasyonların ÖÖB'nin etyolojisindeki rolünün ve klinik parametrelerle ilişkisinin belirlenebilmesi için gelecekte daha fazla çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır.

Merve Yazıcı