Laboratuvar yapımı bir PCR yöntemi ile Mycobacterium tuberculosis Kompleks'inin saptanması

Tato, V. Laboratuvar Yapımı Bir Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) Yöntemi İle Mycobacterıum tuberculosıs Kompleksinin Saptanması. Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Mikrobiyoloji Programı, Doktora Tezi, Ankara, 2024. Bu çalışmanın amacı, senX3-regX3 gen sistemi hedef alınarak ve özgün primerler kullanılarak geliştirilen gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (real-time PCR) testinin, MTBK'nin saptanmasındaki etkinliğini ortaya koymaktır. Bu amaçla, MTBK için özgül ve iyi korunmuş bir bölge olan senX3-regX3 gen bölgesini hedef alan iki farklı primer-prob seti tasarlanmıştır. Bu çalışmada Hacettepe Üniversitesi Hastaneleri Merkez Laboratuvarında TB tanısı konmuş hastaların balgam örneklerinden izole edilen 20 MTBK izolatının saf kültürlerine sekizer adet seri dilüsyon yapılarak elde edilen 160 örnek kullanılmıştır. Yirmi adet negatif kontrol grubu izolatının eklenmesiyle toplam örnek sayısı 180 olmuştur. MTBK senX3 ve regX3 hedef gen bölgeleri için tasarlanmış primer ve prob setleri ile geliştirilmiş olan iki farklı laboratuvar yapımı ('in-house') gerçek zamanlı PCR testi örneklere uygulanmıştır. Örnekler eş zamanlı olarak altın standart kültür yöntemi olarak Löwenstein-Jensen (LJ) besiyerine de ekilmiş ve elde edilen sonuçlar karşılaştırılmıştır. Çalışma sonucunda senX3 gen bölgesinin hedef alındığı laboratuvar yapımı gerçek zamanlı PCR testinin duyarlılığı %95,8; özgüllüğü ise %95 olarak saptanmıştır. regX3 gen bölgesinin hedef olarak alındığı laboratuvar yapımı gerçek zamanlı PCR testinde ise duyarlılık ve özgüllük sırasıyla %97,5 ve %90 olarak bulunmuştur. Sonuç olarak bu çalışmada MTBK saptanması amacıyla geliştirilen laboratuvar yapımı gerçek zamanlı PCR tanı testi için hedef olarak seçilen senX3-regX3 gen bölgesi ile ümit verici sonuçlar alınmıştır. Bu bölgenin farklı moleküler tanı yöntemlerinin geliştirilmesinde iyi bir hedef bölge olabileceği düşünülmektedir.