LC-MS-MS ile prostat kanserinde proteom profillerinin incelenmesi

Prostat kanseri (PCa) tüm dünyada erkeklerde en çok görülen kanser türlerinden biri olup büyük oranda ölümle sonuçlanmaktadır. Prostat kanserinin tanısı, genel olarak parmakla rektal muayeneye (PRM), serum PSA (Prostat spesifik antijen) ölçümüne ve biyopsiye dayanmaktadır. PSA'nın en büyük dezavantajı, yanlış negatif veya yanlış pozitif test sonuçlarına yol açmasıdır. Biyopsi, hastalar tarafından organ ve dokularının hasar görmesine sebep olabilir endişesi ile tercih edilmek istenmemektedir. Bu çalışmada ise LC-MS-MS tekniği kullanılarak invaziv tekniklere alternatif olacak şekilde prostat kanseri tanısında kullanılabilecek biyobelirteçler belirlenmiştir. Steril tüplerde uygun şartlarda muhafaza edilen sağlıklı ve prostat kanserli idrar örneklerine aseton çöktürme tekniği uygulanarak proteinlerin saflaştırılma işlemi yapılmıştır. Bu aşamadan sonra filtre yardımlı örnek hazırlama tekniği kullanılarak proteinlerin enzimatik parçalanması gerçekleştirildi. Elde edilen peptitler LC-MS-MS cihazı ile analiz edilerek protein profilleri karşılıklı olarak incelendi. Hastalık ile ilişkili olabilecek up-regüle ve down-regüle olmuş proteinler saptandı. Bulunan anlamlı proteinler için string yolak analizi yapılarak bu proteinlerin birbirleri ile olan ilişkilerinin yanısıra, moleküler fonksiyonları, hücresel, biyolojik ve reaksiyon prosesleri incelendi. Ingenuity Pathways Analysis (IPA) programı ile iki grup arasında anlamlı olarak belirlenen proteinler incelendi ve prostat kanserle ilişkili olan Pyruvate kinase PKM ve Kallikrein-11 proteinleri biyobelireç adayları olarak tespit edildi. Elde edilen bu sonuçlar umut vadedici bir ön çalışma olup, belirlenmiş olan biyobelirteçlerin doğrulanması aşamasından sonra LC-MS-MS tekniğinin klinikte uygulanabilir olabilmesi için çok önemlidir. Bu teknik ile idrardan prostat kanseri teşhisinin kısa sürede ve yüksek doğrulukla yapılabilir duruma gelmesi kanserlerin hızlı bir şekilde teşhis edilerek, başarılı tedavi programlarının oluşturulması açısından önem arz etmektedir.