Malatya bölgesi önemli biber ekiliş alanlarında görülen virüs hastalıklarının belirlenmesi ve moleküler olarak tanılanması

Malatya ili Battalgazi ve Arapgir ilçelerinde yetiştirilen biber alanlarındaki Patates X virüsü (Potato virus X, PVX), Patates Y virüsü (Potato virus Y, PVY) ve Biber ılımlı benek virüs (Pepper mild mottle virus, PMMV)'lerinin saptanması ve moleküler teşhislerinin yapılması amacıyla 2016 ve 2017 yılllarında survey çalışmaları yürütülmüştür. Arazi çalışmalarında biberlerde virüs simptomlarına benzer kloroz, yaprak deformasyonu ve beneklenme gibi belirtiler gösteren ve göstermeyen toplam 140 biber örneğine internal kontrol primerleri kullanılarak RT-PCR testi uygulanmıştır. Yürütülen moleküler test çalışmaları sonucunda toplanan biber örneklerinde herhangi bir virüse rastlanılmamıştır. Çalışma kapsamında virüslerin moleküler yöntemler ile araştırılmasında pozitif kontrol olarak kullanılan iki PVY izolatının (PVY-1 ve 2) moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Bu izolatların genomunda sırası ile PVY-1 için 359 bp, PVY-2 için ise 398 bp uzunluğundaki nükleotid dizileri tespit edilmiştir. DNA baz dizileri ile amino asit dizileri belirlenen PVY izolatlarınınMK833915 ve MK833916 erişim numaraları ile Gen Bankasına kayıtları yapılmıştır. Gen Bankasında yürütülen nükleotid dizisi karşılaştırma çalışmalarında PVY-1 ve PVY-2 izolatlarının en çok PVYNTN ırkı ile benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. Bilgisayar programı yardımı ile gerçekleştirilen filogenetik analiz çalışmaları sonucunda PVY-1 ve PVY-2 izolatlarının dünyadaki diğer izolatlar ile sırası ile %94 ve %95 oranında benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir.