Malatya, Elazığ ve Adıyaman illeri badem (Prunus dulcis Mill.) ve ceviz (Juglans regia L.) üretim alanlarında Peach latent mosaic viroid (plmvd) etmeninin araştırılması ve moleküler karakterizasyonu

Malatya, Elazığ ve Adıyaman illeri badem ve ceviz üretim alanlarında Peach latent mosaic viroid (PLMVd)'inin belirlenmesi amacıyla 2019-2020 yıllarında survey çalışmaları yürütülmüştür. Badem ve ceviz üretim alanlarından rastgele toplam 530 yaprak örneği toplanmış ve total RNA izolasyonları gerçekleştirilmiştir. PLMVd'nin toplanan örneklerdeki varlığını araştırmak için ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (reverse transcriptase polymerase chain reaction, RT-PCR) yöntemi kullanılmıştır. RT-PCR yöntemi ile testlenen badem örneklerinin hiçbirinde PLMVd infeksiyonuna rastlanmamıştır. Testlenen ceviz örnekleri içerisinde Malatya ili Hekimhan ilçesinden alınan örneklerin tamamında (10 örnek, H izolatları) ve Elazığ ili Keban ilçesinden alınan örneklerden sadece birinde (25 örnek, K1 izolatı) PLMVd'nin varlığı tespit edilmiştir. PLMVd-K1 izolatı ve rastgele seçilen H1, H2 ve H3 izolatlarının tüm genomları, bir TA klonlama vektörü olan pGEM-T Easy vektöre aktarılarak klonlanmıştır. Saflaştırılan rekombinant plazmidler, üniversal SP6 ve T7 primerleri ile çift yönlü olarak dizilenmiş ve elde edilen PLMVd dizileri CLC Mainworkbench programında üst üste çakıştırılmış (contig) ve referans dizi baz alınarak manuel olarak düzeltilmiştir. Elde edilen konsensus dizilerine göre; PLMVd-K1 (MW294170), -H1 (MW294171), -H2 (MW294172) ve -H3 (MW294173) izolatlarının 338 bp uzunluğunda oldukları tespit edilmiştir. RNA katlanma analizlerinde, tespit edilen dört PLMVd-ceviz izolatının da referans PLMVd izolatının (M83545) oluşturduğu gibi dallanmış küre şekilinde ikincil yapı oluşturdukları görülmüştür. Cevizlerde tespit edilen PLMVd izolatlarının dünyanın farklı coğrafi bölgelerinde tespit edilen 20 farklı PLMVd izolatının nükleotid dizileri ile %96.7-99.1 arasında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Malatya-Hekimhan ve Elazığ illeri ceviz üretim alanlarında PLMVd infeksiyonlarının varlığı ilk defa bu çalışma ile ortaya konmuştur.