MEFV gen mutasyonları taşıyan bireylerde yeni nesil dizileme yöntemi ile elde edilmiş yaygın ve yeni varyantların veri tabanlarında analizleri: Retrospektif çalışma

MEFV geni 16. Kromozomun kısa kolu üzerinde 115 kb'lık bir bölge üzerindedir. Bu gen yaklaşık 3.7 kb uzunluğunda bir transkript kodlar. Genin ürünü 781 aminoasitlik pirin proteinidir. Pirin sadece olgun granülositlerde ifade olur. Pirinin görevi nötrofil aktivasyonunu azaltıp inflamasyonu baskılamaktır. Pirinin dört domaininden biri olan B30.2'dur. B30.2 bölgesinin ekspresyonu ile kaspaz-1 aktivasyonu olur ve IL-1b üretimini azaltır. Pirin mutasyona uğrayınca sıradan uyarıcılara cevap olarak aşırı derecede IL-1b üretimine neden olur. Çalışmalar atak döneminde İnterlökin IL–2, IL–6, IL–8 veTümör Nekroz Faktör-alfa (TNF-α) düzeylerinin yüksek olduğu saptanmıştır. FMF (familial mediterranean fever) hastalığı MEFV genindeki mutasyonlar sonucu ortaya çıkan otoinflamatuar hastalıkların en sık görülenidir. Hastalık ani başlayan ateş ve seröz zarların inflamasyonu ile karakterizedir. Akdeniz çevresinde yaygın olan hastalık Seferadik Yahudier, Ermeniler, Araplar ve Türkler arasında yaygındır. Bu çalışmanın amacı FMF hastalığına sebep olan MEFV geni varyantlarını tespit etmek, sınıflandırmak ve yeni varyantlar tespit edip varyant sınıflandırmasına kazandırmaktır. Çalışmaya katılan 673 erkek, 841 kadın toplam 1514 hastadan alınan kan örnekleriyle NGS dizilime yardımıyla gen analizi yapılmıştır. Sophia DDM progamıyla analizi sonucun da 75 tanesi ekzonda 29 tanesi intronda olmak üzere 104 varyant tespit edilmiştir. Tespit edilen bu varyantların 7 tanesi ekzonik 6 taneside intronik olmak üzere 13 tanesi novel varyanttır. Sonra elde edilen bu varyantlar çeşitli insilico analizler kullanarak patojenik özellikte olup olmadığına göre çeşitli sınıflandırmalara tabi tutulmuştur. Ayrıca birçok veritabanıyla analiz edilerek posttranslasyonel modifikasyonlarda rolü olup olmadığı anlaşılmaya çalışılmıştır. Elde edilen varyantların allel frekansı üzerine çalışılarak ne kadar sıklıkla görüldüğü hakkında bilgi edinilmeye çalışılmıştır.