Understanding the molecular mechanisms involved in bladder tumorigenesis using experimental and computational approaches

Mesane kanserinde kromatin regülasyonunda görevli genlerin sıklıkla mutasyona uğradığı bilinmektedir. Bu sebeple mesane kanserinin epigenetik regülasyonunda rol oynayan ve tümör oluşumuna sebep olabilecek moleküler mekanizmaları anlamak oldukça önemlidir. Bu tez kapsamında öncelikli amaç, mesane kanserinde deregüle olan epigenetik mekanizmaların hem deneysel hem de hesaplamalı yöntemler kullanılarak anlaşılmasını sağlamaktır. Bu nedenle, ilk olarak, mesane kanseri alt tiplerinin düzenleyici kromatin bölgeleri üzerinde açık bölgelerdeki sinyallerin tespit edildiği güncel yayınlanmış ATAC-Seq verileri incelendi. Bulgular, nöronal mesane kanserinde üç farklı çalışma grubunda nöronal düzenleyici unsurlar tarafından düzenlenen ß-catenin hedef genlerinin artışını göstermiştir. Ayrıca, mutasyon verileriyle entegrasyon sonucunda, nöronal mesane kanserinde nöronal olmayanlara kıyasla önemli ölçüde daha yüksek onkojenik ekzon 3 ß-catenin mutasyonlarının olduğu belirlendi. İkinci olarak, deneysel teknikler kullanılarak mesane kanserindeki epigenetik deregülasyonunun araştırılması hedeflendi. Bu amaçla, mesane kanserinde en sık mutasyona uğrayan kromatin düzenleyici olan KDM6A genine odaklanıldı. KDM6A yokluğunda mesane kanserinin fenotipik ve epigenomik profilinin nasıl etkilendiğini araştırmak için kasa invaziv mesane kanseri karakterine sahip 5637 hücre hattında KDM6A geni knock-out edildi. Hücrelerin uzun süreli büyümesinde 5637 ve KDM6A-null 5637 canlılıkları arasında önemli bir değişiklik saptanmadı. Kromatin düzenleyici gen olan HDAC1 gibi kromatin organizasyon yolağında görev alan genlerin görece yüksek sinyallere sahip olduğu belirlendi. Bulgularımız, kromatin düzenleyici KDM6A yokluğunda baskılayıcı kromatin durumlarının artabileceğini göstermektedir, fakat gelecekte daha ayrıntılı bir şekilde araştırılması planlanmaktadır.