Identification and annotation of putative long noncoding RNAs involved in mesenchymal-epithelial transition

Mezenkimal epitelyal hücre dönüşümü (MET) gelişim ve yara iyileşmesi gibi süreçlerde yer alan, ve kanser metastazı tarafından ele geçirilen, çok hücreli canlılar için anahtar bir süreçtir. Yakın zamanda yapılan çalışmalar, MET'nin düzenlenmesinin, epitelyal mezenkimal hücre dönüşümünün (EMT) promotörlerinin kaldırılması veya susturulmasından daha ayrıntılı bir hücresel programlama süreci olduğunu göstermiştir, ancak MET düzenlenmesinin mekanikleri henüz ayrıntılı olarak bilinmemektedir. Uzun protein kodlamayan RNAlar (lncRNAlar), protein translasyonundan bağımsız olarak biyolojik fonksiyonlara sahip RNA molekülleridir. lncRNAların hücresel programlamada yer aldıkları bilinmektedir. MET süreci hakkındaki kısıtlı bilgileri desteklemek amacıyla, bu süreçten elde edilmiş RNA-seq verilerini hesaplama tabanlı analiz ve ağ kurumu yöntemleriyle inceledik ve daha önce anotasyonu yapılmamış lncRNA adaylarını tanımlamaya ve onların biyolojik yolaklardaki olası görevlerini tahminlemeye çalıştık. Sonuç olarak, 608 transkript daha önce anotasyonu yapılmamış lncRNA olarak tanımlandı. Dahası, bu transkriptlerin bir kısmının zamana özgü ifade veya mezenkimal fenotipe göre MET sürecinde yükselen ifade seviyesi gibi anlamlı ifade değişiklikleri gösterdiği belirtildi. Ayrıca, lncRNAların biyolojik anlamlarını belirlemek için, gen eşifade ağları kuruldu ve modüllerdeki anotasyonu yapılmış genlerin gen ontoloji terimleri zenginleştirildi. Sonuç olarak, daha önce anotasyonu yapılmamış lncRNAların, kromatin düzenlenmesi ve hücresel lokalizasyon gibi önemli hücresel programlama süreçlerinde yer alabilecekleri gösterildi.