Elf3 regulated transcriptome dynamics during mesenchymal to epithelial transition

Mezenkimel epitel geçiş (MET), içerisinde gelişimsel süreç, kanser gelişimi ve doku rejenerasyonunu barındıran ve birçok fizyolojik süreçte gözlenen anahtar bir biyolojik olaydır. MET regülasyonu, genetik ve epigenetik faktörlere bağlı olarak birçok transkripsiyonel olay sayesinde gerçekleşir. MET, epitel mezenkimel geçiş (EMT) regülasyonunda rol alan faktörlerin ortadan kaldırılması ile tetiklenen bir süreç gibi düşünülse de son yayınlanan çalışmalar MET regülasyonunun bundan ibaret olmadığını göstermektedir. MET tam olarak anlaşılmamış olmasına rağmen, MET regülasyonunda rol alan önemli genler olduğu tahmin edilmektedir. Bunlar arasında, Elf3'ün Grhl3'ün promotor bölgesi ile ilişki kurarak MET regülasyonunda gerekli olduğu düşünülmektedir. Grhl3 ise Cdh1 geni üzerinde bulunan bir cis düzenleyici unsur ile ilişki kurarak E-cadherin lokalizasyonunu etkilediği tahmin edilmektedir. Bu çalışmada, Elf3 yokluğunda içerisinde Grhl3 gibi önemli faktörleri barındırabilecek olan kodlayan, kodlamayan ve tekrarlayan (repetitive) transkriptom dinamiklerinde birtakım değişiklikler olacağı öngörülmüştür. Sonuçta, diferansiyel ifade analizi birçok protein kodlayan genin, uzun protein kodlamayan RNA'ların ve tekrar elementlerinin ifade değişimlerini ortaya çıkarmıştır. Diferansiyel olarak ifade edilen genler ile Gen Ontoloji ve KEGG yolak zenginleştirme analizleri yapılmıştır. Son olarak, MET'de Elf3 yokluğunun, hücre döngüsünde, özellikle DNA replikasyonu, mitotik çekirdek bölünmesi ve kromozomal ayrılmada bozukluklara yol açabileceği gösterilmiştir.