Mikroarray testi için yönlendirilen olguların analiz sonuçları ve klinik özelliklerinin literatür eşliğinde tartışılması

Bilişsel gerilik ve/veya konjenital anomaliler, toplumda nadir görülmelerine rağmen geniş etiyolojik spektruma sahip bir hastalık grubunu oluşturmaktadır. Yapısal kromozom anomalileri, öğrenme güçlüğü, dismorfik yüz bulguları, çeşitli konjenital anomaliler ve büyüme-gelişme geriliği gibi klinik bulgulara yol açan önemli nedenler arasında yer alır. Bu anomalilerin ancak 5 Mb'dan büyük olanları konvansiyonel sitogenetik yöntemlerle tespit edilebilmektedir. Mikroarray tetkiki, intersitisyel bölgelerde bulunan küçük delesyon ve duplikasyonların saptanmasına olanak sağlamaktadır. Günümüzde array tabanlı yöntemler (array CGH, SNP array vb.) kullanılarak bu hasta grubunun %15-20'sine tanı verilebilmektedir. Bu çalışmada, retrospektif olarak tek merkeze mikroarray testi için yönlendirilen toplamda 51 olgunun analiz sonuçları ve klinik özellikleri literatür eşliğinde incelendi. Veriler, Illumina Infinium Global Screening Array platformu kullanılarak elde edildi. Analiz sonuçlarına göre, hastaların önemli bir kısmında "patojenik" ve "olasılıkla patojenik" kopya sayısı değişikliği tespit edildi. Bu değişikliklerin bazıları literatürde daha önce bildirilmiş olup, klinik bulgularla uyumlu genetik değişiklikler olarak değerlendirildi. Bununla birlikte, bazı yeni ve literatürde yer almayan kopya sayısı değişiklikleri de saptandı ve bu sayede literatüre katkıda bulunuldu. Elde edilen bulgular, SNP array testinin genetik hastalıkların tanısında ve yönetiminde önemli bir araç olduğunu bir kez daha göstermiştir. Çalışmamızda, her hastanın kırık noktalarının neredeyse eşsiz olması nedeniyle, değişime uğrayan bölgenin içerdiği genlerin haployetmezlik/triplosensitivite açısından değerlendirilmesinin ve bunun için de ClinGen gibi gen/genomik bölge kürasyonu yapan çalışma gruplarının yaygınlaştırılmasının önemi ortaya konmuştur. Ayrıca mikroarray tetkiki analizi sırasında, kopya sayısı değişikliklerinin özelliklerinin (gen sayısı ve içeriği, literatür verileri ve aile dağılımı vb.) kanıta dayalı şekilde skorlanmasının gerekliliği vurgulandı. Sonuç olarak, SNP array sonuçlarının klinik özelliklerle ilişkilendirilmesi, hastalıkların daha iyi anlaşılmasına ve hastalara doğru genetik danışmanlık verilmesine olanak tanımaktadır. Gelecekte, kopya sayısı değişikliklerinin klinik önemini aydınlatmak amacıyla daha geniş çapta kohort ve vaka kontrol çalışmaları ile kopya sayısı değişikliklerinin kürasyonuyla ilgilenen küresel çalışma gruplarının artmasıyla SNP array testinin klinik yararlarını daha net bir şekilde ortaya koyacağı inancındayız. Anahtar Kelimeler: Kopya sayısı değişikliği, mikroarray analizi, SNP array, bilişsel gerilik