Mikrodizin analizi çalışılan olgularda raporlanan kopya sayısı değişimlerinin güncel literatür verileri ve klinik korelasyonlarıyla reanalizi

Genom boyunca gözlenen kopya sayısı değişimleri (CNV), bireyler arası fenotipik farklılıklara katkı sağlamaktadır. Ancak bu değişimlerin klinik etkisi her zaman kesin verilerle ortaya konulamamaktadır. İnsan genomunun çoklu parametrelerle değerlendirilmesini sağlayan yeni teknolojiler ve mevcut verilerin yeniden analizi tanısal süreçteki belirsizlikleri azaltarak tanı başarısını artırmaktadır. Bu çalışmada, olası patojenik, patojenik ve klinik önemi bilinmeyen (VUS) CNV'lerin, olguların klinikleri ve güncel literatür ışığında yeniden değerlendirilmesinin tanısal verimliliğe katkısı araştırıldı. Çalışmaya, 2017-2023 yılları arasında mikrodizin analizi çalışılmış 272 olguya ait 310 CNV dahil edildi. Reanaliz sonucunda başlangıçta VUS olarak sınıflandırılan 174 varyantın %6'sı (11/174) benign, %1'i (1/174) olası patojenik ve %1'i (2/174) patojenik olarak yeniden sınıflandırıldı. Varyant bazında yeniden sınıflandırma oranı %4,5, olgu bazında ise %5,1 olarak saptandı. En fazla değişim 2018 yılına ait ilk değerlendirmelerde gözlendi. Sınıflandırması değişen varyantların büyük çoğunluğunun >400 kb büyüklüğünde olduğu belirlendi. Benign reklasifikasyonların çoğu sağlıklı ebeveynden kalıtılmış duplikasyonlardan oluştu (8/11). Yeniden sınıflandırılan olgularda tamamlayıcı moleküler testlerin tanısal katkısı dikkat çekti, özellikle kliniği açıklamayan VUS varyantlarda ileri analizlerin yapılması önerildi. En sık reklasifiye edilen değişim, prenatal ve postnatal grupta ortak olarak saptanan Xp22.31 duplikasyonu oldu. Sınıflandırma değişiklikleri, özellikle prenatal grupta anormal USG bulgusu olan olgularda ve postnatal grupta entelektüel yetersizlik tanısı olanlarda gözlendi. Sınıflandırması değişmemiş olsa da üç olguda güncel klinik ve/veya literatür verisinin tanısal incelemede katkısı oldu. Çalışmamız, CNV'lerin klinik korelasyon ve literatür desteğiyle yeniden değerlendirilmesinin, tanısal sürece anlamlı katkı sağladığını ve VUS varyantların yönetiminde yol gösterici olduğunu göstermiştir.