Moleküler modelleme metodları kullanılarak protein ve peptit etkileşimlerinin incelenmesi

Peptidler ve proteinler, biyolojik sistemlerde hemen hemen tüm hücresel süreçlerde önemli bir role sahiptir. Protein-peptid etkileşimleri, işlevsel olarak uygun biyolojik etkileşimlerin ve dolayısıyla potansiyel terapötik hedeflerin belirgin bir bölümünü göstermektedir. Özellikle, kanser için peptid bazlı ilaç yolları, dünyadaki sağlık bakımında çok büyük etkiye sahip olduğu ve daha etkili tedavilere acil ihtiyaç duyulması nedeniyle araştırılmaktadır. Bu nedenle küçük moleküller ve antikorlar kullanılmaktadir, ancak bu yapilarin pahalı, hücresel uygulamalarında istenmeyen etkiler görülmüstür. Bundan dolayi, bir dizi farklı ilaç hedefi için oldukça güçlü ve spesifik olabilen peptidler, ilaç tasarımında kullanilmaktadir. Bu çalışmada, HADDOCK (Yüksek Belirgin Uyarılmış Biyolojik Moleküler Docking) çevrimiçi web sunucusu kullanarak kanser gibi insan hastalıklarının tedavisini iyileştirmek için ilaçlar tasarlamak için türevlendirilmiş peptidler ve vasküler endotel büyüme faktörü hakkında yapısal bilgileri keşfediyoruz ve tespit ediyoruz. Bu çalışmanın sonuçları, protein-peptid komplekslerinden türetilen peptid bağlayıcı epitopları kullanan inhibitörlerin rasyonel tasarım ve modellenmesinin klinik uygulamaların yanı sıra alternatif bir yaklaşım gösterdiğini ortaya koymaktadır.