Möleküler dinamik simülasyon yöntemiyle peptidlerin farklı çözücüler içindeki yapılarının incelenmesi.

Bu tez çalışmasında son zamanlarda protein bazlı ilaç üretiminde sıklıkla kullanılan ve deneysel yöntemlerle ikincil yapıları belirlenmiş olan, Salmon Calcitonin (sCT) (pdb kodu 2GLH) peptidinin olası üç boyutlu konformasyonlarının Moleküler Dinamik Simülasyon (MD) tekniği ile belirlenmesi ve bu konformasyonlar üzerine çözücü ve sıcaklığın etkisinin araştırılması amaçlanmıştır.Bu amaçla seçilen beş farklı çözücü ortamında (SPC, TIP3p, TIP4p, TIP5p ve METHANOL), 300 K sabit sıcaklık ve 1 atm sabit basınç şartlarında MD simülasyonları gerçekleştirilmiş, sCT peptitinin olası üç boyutlu konformasyonları ve bunların ikincil yapı değişimleri tespit edilmiştir. Sonuçlar sCT peptitinin ağırlıklı ikincil yapılarının alfa-heliks, rastgele sarmal, beta dönüşleri ve kıvrılmalar şeklinde olduğunu ve bunların oranlarının seçilen çözücüye bağlı olduğunu göstermiştir. Bu sonuçlarla literatürdeki Nükleer Manyetik Rezonans (NMR)ve Circular Dichroism (CD) spektral yöntemleri ile elde edilmiş deneysel sonuçlar arasında uyum olduğu gözlenmiştir.Diğer yandan sıcaklık etkisinin araştırılması amacıyla, iki farklı çözücü ortamında aynı şartlar altında, 200?500 K arasındaki farklı sıcaklıklarda MD simülasyonları gerçekleştirilmiş ve elde edilen sonuçlar, sıcaklıkla üç boyutlu konformasyonların farklı ikincil yapılar şeklinde dönüştüğünü ancak bu dönüşüm türünün seçilen çözücüye bağlı olduğunu ortaya koymuştur.