Monte Carlo simülasyon tekniği içeren tüm-atom temsilli protein modelleri için efektif paralel programlar ve algoritmalar geliştirilmesi

Proteinlerin dinamiğinin daha iyi anlaşılmasını sağlamak için, atomlar arasındaki etkileşmelerin temel fiziksel ve kimyasal prensiplerini incelenmemizi sağlayacak yeni tüm-atom Monte Carlo protein modeli geliştirilmiştir. Protein spesifik Go modeli yaklaşımı ve Grand Central Dispatch kütüphanesi kullanılarak Monte Carlo programımız paralelleştirilmiştir. Kuyu potansiyeli ve Lennard-Jones etkileşim potansiyelini içeren modelimiz için elde edilen sonuçlar %30'a varan hız avantajının elde edildiğini göstermektedir. Simülasyondan elde edilen yolakların analizi; katlanma ve açılma geçişlerinin gerçek proteinlerde ki gibi termodinamiksel olarak kooperatif şekilde gerçekleştiğini göstermektedir. Bu tez çalışmasında geliştirilen protein modeli ve paralel program; proteinlerin uzun zaman ölçekli davranışların analizi, protein- protein etkileşmeleri, protein yapı tahminleri ve mutasyonlar altında protein kararlılığındaki değişimler hakkında araştırmalar yapılamasına büyük kolaylık sağlayacaktır.