Molecular charcterization of the ATPase component of a putative ABC type ttransporter in Moraxella catarrhalis

ÖZETMoraxella catarrhalis'te bulunan muhtemel bir ABC taşıyıcısınınATPase komponenti'nin Moleküler KarakterizasyonuMoraxella catarrhalis, solunum yolu enfeksiyonları ve orta kulak iltihaplarının enbüyük etkenlerinden biridir. M. Catarrhalis'in hastalık yapıcı özelliği hakkındaki şu ana kadaredinilen bilgiler çok az.Patojenik bir bakterinin konakladığı canlıda enfeksiyona yol açabilmesi için,konakladığı canlının hücrelerinin yüzeyine yapışması birinci koşuldur. Konak canlınınhücrelerine yapışıp çoğalan patojen; ardından tüm vücuda yayılarak canlıda bir enfeksiyonasebep olabilir. Patojen ve konak canlı arasındaki etkileşimi sağlayan olaylardan bir tanesi de ,iki canlı arasında, bazı protein taşıyıcıları (transporter) aracılığıyla, sağlanan alış verişdir.Bunlardan ATP-binding cassette (ABC) transporter sistemleri hem ökaryotlarda hem deprokaryotlarda aktif transportta yer alır. Bu tez çalışmasında, M. Catarrhalis'de bulunanmuhtemel bir ABC transporter'ın ATP componentinin moleküler karakterizasyonu yapılmıştır.Bu proteinin DNA ve amino asit dizileri çıkarılmıştır. Bu genin karakterizasyonunda yapılandeneylerde esas alınan yaklaşım Genomic Survey Sequence (GSS) approach'tur. Elimizdekipozitif klonda bulunan insert, DNA walking methodu kullanılarak sekanslanmıştır. Buna göreATPase komponentinin yapısında bulunan korunmuş motifler şunlardır: Walker A, Q loop, Cloop (signature sequence), Walker B, D loop and Switch II. ATPase komponentinin ABCtaşıyıcılarında en korunmuş yapı olarak kabul edilmesinin sebebi yapısında bu motifleribarındırıyor olmasıdır. Amino asit dizisi, çokça kullanılan, güvenilir biyoinformatikprogramlarından biri olan BLAST veri tabanında taranmıştır. Buna göre klonumuza ait aminoasit dizisi bu veri tabanında bulunan diğer patojen bakterilerdeki ATPase komponentleriyle %50-70 arası homoloji göstermiştir. Böylece, klonumuza ait amino asit dizisinin ABCtaşıyıcılarıyla olan yakınlığı istatistiksel verilerle ortaya konmuştur.Anahtar Kelimeler: Moraxella catarrhalis, ABC protein taşıyıcısı, ATPase komponent, WalkerA, Walker B.3