Irak'ın farklı şehirlerinden izole edilen üropatojenik E. coli (UPEC) için multilokus sekans analizi

DSÖ son zamanlarda mikropların üriner sisteme (böbrekler, üreterler, mesane ve üretra) girip geliştiği bir durum olan idrar yolu enfeksiyonu hakkında endişelenmeye başlamıştır.. Özellikle antibiyotiklere karşı daha dirençli hale geldiğinden beri, büyük ölçüde büyümüştür. İdrar yolu enfeksiyonları (İYE) semptomlardan mustarip hastalardan yüz altmış orta akım temiz yakalama idrar örneği toplanmıştır. 15 May 2022 ile 30 Kasım 2022 tarihleri arasında Muthanna'daki Basra Eğitim Hastanesi, Al-Hüseyin Eğitim Hastanesi, Doğum ve Çocuk Eğitim Hastanesi, Necef'teki Al-Sadr tıp şehri ve Bağdat'taki Merkez Halk Sağlığı Laboratuvarı'ndaki hastalardan numuneler toplanmıştır. Sonuçlar, 160 örnekte; Escherichia coli'nin 77 (%48,2) ile baskın bakteri olduğunu, diğer bakterilerin ise 55 (%34,3) olduğunu ortaya koydu. 160 örnekten 28'i (%17,5) negatif kültür sonucu verdi. E. coli suşlarının 25 izolatı için on farklı antibiyotik için duyarlılık testi yapıldı. Amoksisilin en yüksek direnç oranlarına sahipken, E. coli'de Amoksisilin direncinden sonra Tikarsilin ve Tetrasiklin geldi. Farklı İYE enfeksiyonları ve farklı lokasyonları olan hastalardan izole edilen 25 E. coli izolatını karşılaştırmak için Multilocus Sekans Analizi (MLSA) kullanılmıştır. Bu çalışmada, beş housekeeping genleri (fadD, gyrB, mdh, mutS ve rpoS) yeni MLSA şeması olarak kullanıldı. İncelenen 25 E. coli örneğinden 21 yeni dizi tipi (ST'ler), yeni MLSA şemasına göre tanımlanmıştır. Bu 21 ST, beş grup ve farklı singletone halinde gruplandı. Farklı İYE tipleri (Üritit, Vajinit, sistit ve piyelonefrit) sonuçta ortaya çıkan genotipler üzerinde etkilidir; burada üst İYE enfeksiyonu örneklerinin çoğu, alt İYE enfeksiyonundan farklı ST'lerde gruplandırılmıştır. Bu 5 housekeeping genlerin tümü polimorfik değişiklikler gösterdi. gyrB geni, 12 alel üreten en polimorfik gendi. Karşılaştırıldığında, rpoS, 9 alel üreten daha az polimorfik gendi. Bu çalışma, yeni MLSA şemasının patojenik bakteriler arasında ayrım yapmak için yüksek ayrım gücüne sahip olduğunu kanıtlamıştır. Beş housekeeping genleri (fadD, gyrB, mdh, mutS ve rpoS) moleküler düzeyde inceledikten sonra, bir sonuca varmak için aşağıdaki moleküler teknikler (eBURST analizi, dairesel filogenetik analiz, Split-dekompozisyon analizi ve Phylogram analizi) kullanıldı. E. coli numuneleri, en patojen suşları belirlemek için kullanıldı. E. coli'nin çoğunluğu Basra şehrinde bulundu, bunu Necef, Bağdat ve Al-Muthanna izledi. E. coli üriner sistem enfeksiyonu prevalans oranlarının en yüksek olduğu alanlar da bulundu. Escherichia coli vajinada diğer bölgelere göre- mesane, üreterler veya piyelonefritte olduğundan daha yaygındı.