Formalinle sabitlenmiş parafine gömülü rahim kanseri dokusundan yeni bir DNA ekstraksiyon protokolü

Formalinle sabitlenmiş parafine gömülmüş (FFPE) doku, moleküler analiz için önemli bir malzeme kaynağıdır. Anatomik patoloji alanında, tanıyı doğrulamak için endometrial tümörler gibi belirli tümörlerde moleküler testlere ihtiyaç vardır. FFPE dokularından DNA elde etmek halen zor bir islemdir. Moleküler analiz için uygun kalite ve miktarda DNA elde etmek için birçok laboratuvar protokolü ve ticari olarak temin edilebilen ekstraksiyon kitleri geliştirilmiştir. Bu çalışmada, Harran Üniversitesi Araştırma Hastanesi Patoloji Anabilim Dalı'ndan izin alınarak elde edilen 30 FFPE uterus tümörlü doku bloğu kullanılrak yeni bir DNA ekstraksiyon yöntemi geliştirmeyi amaçladık. Her bloğun üç kopyasından ekstrakte edilen DNA'nın miktarı ve kalitesi spektrofotometre ile ölçüldü. DNA kalitesi ortalama 1.7-2.0 (A260/A280) arasında bulundu ve A260/A230'un ortalama absorbans oranı 1.39 bulundu. Ortalama DNA verimi, mikrolitre başına 40.4 nano gram olarak gözlendi. FFPE dokularından ekstrakte edilen DNA'nın kalite ve miktar sonuçları moleküler analiz için yeterliydi. Yeni DNA ekstraksiyon protokolünün az miktarda FFPE dokusu (numune başına 30 mikrogram), yaygın kimyasallar ve çözeltilerle altı kolay adım (Proteinaz K ve RNaz A gibi pahalı kimyasallar olmadan), gibi birçok avantajı vardır. Ayrıca, örneklerden üç saatten az bir sürede) ve uygun maliyetle (numune başına 1 ABD dolarından az) DNA elde edilmektedir. Yeni DNA ekstraksiyon protokolü, DNA tabanlı teknolojiler üzerinde çalışan her laboratuvara uyarlanabilir.