Non-sendromik dental agenezis ve oligodonti hastalarında genetik etiyolojilerin ve fenotipik özelliklerin değerlendirilmesi

Amaç: Bu çalışmanın amacı, oligodonti fenotipine sahip sendromik olmayan diş agenezisi vakalarında genetik etiyolojilerin değerlendirilmesi ve ilgili genlere bağlı fenotipik varyasyonların belirlenmesi yoluyla literatürdeki bilgi birikimine katkı sağlamaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, dahil edilme kriterlerini karşılayan 5-18 yaş arası 13 birey dahil edilmiştir. Katılımcılardan periferik kan örnekleri alınmış ve bu örneklerden genomik DNA, QIAamp® 96 DNA QIAcube® HT DNA izolasyon kiti kullanılarak izole edilmiştir. Varyantların belirlenmesi amacıyla, Diş Displazisi Paneli (WNT10A, WNT10B, PAX9, EDA, EDAR, EDARADD, AXIN2, KRT17, LTBP3, MSX1, SMOC2, TSPEAR) kapsamında 13 genin kodlayan ekzonlarını kapsayan primerler kullanılarak ilgili bölgelere yeni nesil dizileme yöntemi (NGS) uygulanmış; dizileme işlemi Ion GeneStudioTM S5 System cihazı ile gerçekleştirilmiştir. Veriler, Ion Reporter™ yazılımı ve Franklin™ by Genoox yazılımı kullanılarak analiz edilmiştir. Tespit edilen varyantların doğrulanması ve aile bireylerinde segregasyonun değerlendirilmesi amacıyla Sanger dizileme yöntemi kullanılmış; elde edilen ürünler Applied BiosystemsTM 3500 Genetic Analyzer cihazında kapiler elektroforez ile analiz edilmiştir. Dizileme sonuçlarının varyant tespiti ve yorumlanması, Mutation Surveyor® yazılımı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Yeni nesil dizileme analizi sonucunda 6 bireyde WNT10A, 1 bireyde PAX9 ve 1 bireyde EDAR geninde varyant tespit edilmiştir. 5 bireyde ise varyant saptanmamıştır. Ayrıca WNT10A geninde c.376+2T>C, PAX9 geninde c.218G>A, WNT10A geninde c.1073T>G olmak üzere üç yeni varyant tespit edilmiştir. Bu varyantlar, mevcut literatürde ilk kez raporlanmakta olup, diş agenezisi ile olan ilişkileri literatüre yeni bir katkı sunmaktadır. WNT10A genindeki varyantların çoğunlukta olması, bu genin sendromik olmayan oligodonti etiyolojisinde önemli bir rol oynadığını desteklemektedir. Sonuç: Yeni nesil dizileme yöntemi ile elde edilen veriler hem bilinen hem de literatürde ilk kez tanımlanan varyantların tespitine olanak sağlamış; bu sayede diş agenezisinin genetik nedenlerinin daha iyi anlaşılmasına ve literatüre yeni katkılar sunulmasına imkan tanımıştır. Anahtar Kelimeler: Diş agenezisi, Gen, Oligodonti, Varyant, Yeni nesil dizileme