Origanum L. ve Thymus L. cinslerine ait bazı taksonların moleküler karakterizasyonu

Bu çalışmada Antalya il sınırları içerisinde doğal olarak yetişmekte olan bazı Origanum L. ve Thymus L. bitki materyalleri farklı lokasyonlardan toplanmış ve morfolojik özelliklerine göre sınıflandırılmıştır. Her iki cinse ait toplam genoma ait DNA örnekleri izole edilmiş ve farklı DNA markır teknikleri kullanılarak kloroplast, mitokondri ve nüklear genom bilgilerinden yararlanılarak cinslere ait türler tür, lokasyon ve genotip düzeyinde araştırılmıştır. Çalışmada kullanılan örnekler bitkilerin çiçeklenme dönemlerinde, her bir tür için 3 lokasyondan, her bir lokasyondan ise en az üç genotip toplanmıştır. Araştırmada kullanılan toplam genotip sayısı 115 olup 63 adedi Origanum L. ve 52 adedi Thymus L. cinsine aittir. Origanum L. örneklerine ait DNA materyali 21 primer çifti kullanılarak SSR veya diğer adıyla mikrosatellit tekniği ve bir primer çifti kullanılarak SCAR tekniği kullanılarak çalışılırken, Thymus L. genotipleri CpSSR, CAPS-SSR ("CAPS Microsatellite"), CAPS ve DAMD-PZR teknikleri kullanılarak çalışılmıştır. Nüklear ve sitoplazmik genom tabanlı SSR ve SCAR markırlarından yararlanılarak Origanum L. cinsine ait O. saccatum, O. solymicum, O. husnucanbaseri, O. bilgeri, O. minutiflorum, O. majorana, O. onites, O. vulgare subsp. hirtum türleri UPGMA ve PCO analizleri ile karakterize edilmiştir. Türler arasında belirlenmiş olan genetik ilişkiler morfolojik temelde yapılan taksonomik sıralamayı desteklemektedir. Çalışmada Origanum L. türlerinden O. saccatum, O. solymicum, O. husnucanbaseri, O. minutiflorum, O. majorana, O. onites, O. vulgare subsp. hirtum türlerine özgü DNA markırları geliştirilmiştir. Bu DNA markırları, tür teşhisinde kullanılabilecek türe özgü SSR markırları olup, ayrıca türler arası gen akışı ve doğal melezlerin tespitinde kullanılabilecek niteliktedirler. Çalışılan her bir türde oldukça yüksek düzeyde varyasyona neden olan genetik heterozigotluk tespit edilmiştir. Aynı türe ait farklı lokasyonlarda veya aynı lokasyonda gözlenen genetik varyasyonun çeşitli seviyelerde görülmesinde coğrafik ve ekolojik faktörlerin de önemli bir rolü olduğu düşünülmektedir. Çalışmada ayrıca genotiplerin toplanmış olduğu yatay ve dikey lokasyonlar arasında genetik farklılığın bulunduğu ve bu farklılığın uçucu yağ içerikleri ile ilişkili olabileceği ön denemelerle tespit edilmiştir. Bu bağlamda, bu tez kapsamında elde edilen bulguların sadece Origanum L. türlerinin genetik karakterizasyonu ile sınırlı olmadığını, ileride yapılacak ıslah çalışmalarına da ışık tutacak nitelikte olduğunu göstermektedir. Çalışmanın diğer bölümünde ise, Lamiaceae familyasının en problemli cinslerinden biri olan Thymus L. çalışılmıştır. Çalışma materyali olarak Antalya il sınırlarında doğal olarak yetişen T. cilicicus T. revolotus, T. cherlerioides var. isauricus, T. leucotricus var. austroanatolicus, T. zygoides var. lycaonicus, T. sipyleus subsp. sipyleus var. sipyleus, T. sipyleus subsp. sipyleus var. davisianus, T. sipyleus subsp. sipyleus var. rosulans ve T. longicaulis kullanılmıştır. DNA analizleri sonucunda, Thymus L. tür içi ve türler arasındaki genetik farklılığın yüksek düzeyde olduğu DAMD-PZR analizleri ile ortaya konulmuştur. Thymus L. taksonlarının genetik ilişkilerinin ortaya konması amacıyla daha az değişken olan kloroplast ve mitokondri lokusları kullanılmıştır. Thymus L. taksonlarının kloroplast ve mitokondri lokuslarında da DNA düzeyinde varyasyonun varlığı gözlenmiş, ancak bu varyasyonun morfolojik gözlemlerle ortaya konulmuş olan taksonomik sıralamaya uymadığı tespit edilmiştir. Çalışmada elde edilen verilere dayanarak Thymus L. genotiplerinin bir arada incelendiğinde taksonomik sıkıntının bulunduğu ve bu nedenle ileriki çalışmalarda salt Antalya il sınırları değil bütün Türkiye genelinden toplanan örneklerin ITS, MatK ve mikrosatellit markırları yardımıyla tekrar analiz edilmesi gerektiği öngörülmüştür.