Pankreas kanserlerinde tanı ve tedaviye yönelik işaretçilerin in silico yöntemlerle tespiti

Amaç: Pankreas kanseri mortalitesi yüksek kanserler arasında yer almaktadır. Çoğunlukla hastalık tanı anında metastatik olmakta ve sağkalım süresi azalmaktadır. Bu nedenle pankreas kanserinde erken tanı ve tedavi çok daha önemli olmaktadır. Tanı ve tedavi amacıyla kullanılabilecek olan biyobelirteç özelliğindeki gen/genler ve/veya hastalık oluşmasında önemli olan yolaklar tam olarak netleştirilmemiştir. Bu çalışmada da agresif seyirli ve hızlı metastaz yapma özelliğinde olan pankreas kanseri için erken tanı ve tedavisinde kullanılabilecek yeni moleküler hedeflerin bulunması amaçlanmıştır. Materyal ve metot: Pankreas duktal adenokarsinomunda normal dokuya göre farklı eksprese olan genleri bulmak amacıyla GEO (Gene Expression Omnibus) veritabanı kullanıldı. Toplamda 68 adet normal dokuya, 81 adet pankreatik duktal adenokarsinomaya ait mikroarray verisi toplandı. Bu veri setleri RStudio programında işlenerek Gen Ontolojisi (GO), Kyoto Genler ve Genler Ansiklopedisi (KEGG), Hallmark ve Metabolit yolak analizi yapıldı. Elde edilen bu genlerden protein-protein etkileşim analizi yapılması amacıyla STRING (Etkileşen genlerin saptanması için arama aracı) veritabanı kullanıldı ve Cytoscape' e aktarılarak görselleri elde edildi. Bulgular: 68 adet normal dokuya, 81 adet pankreatik duktal adenokarsinomaya ait mikroarray verisinden istatistiksel olarak anlamlı değişim gösteren 107 adet gen elde edildi. Bu genlerden 26 tanesinin down regüle, 81' nin ise up regüle olduğu görüldü. Yolak analizleriyle birlikte pankreas kanserinde genlerin özellikle ekstraselüler matriks düzenlenmesi, epitelyal-mezenşimal geçiş gibi yollar üzerinden etki ettiği gösterildi. Protein-protein etkileşim analiziyle birlikte bu etkileşim ağının merkezinde FN1, COL1A2, TIMP1, POSTN, COL3A1, MMP1, EGF, THBS2, ALB, ITGA2' nin yer aldığı görüldü. Sonuç: Bu çalışma pankreas kanserinde farklı eksprese olan birçok geni tespit etmiş olup tanısal/prognostik belirteçler ve yeni tedavi hedeflerinin belirlenmesi amacıyla ileri araştırmalar için yardımcı olacaktır.