Patateste ekonomik açıdan önemli olan kök-ur ve kist nematodlarının tanılanması için SNP'e bağlı KASP sistemlerinin geliştirilmesi

Patates dünya nüfusunun beslenmesi için temel gıdalardan birisidir. Patates taze tüketiminin yanı sıra hayvan yemi, tohumluk ve endüstriyel nişasta olarak da kullanılmaktadır. Ekonomik öneme sahip olan patatesin yetiştiriciliğinde pek çok zararlı ve hastalık bulunmaktadır. Patates kist nematodlarından Globodera rostochiensis, Globodera pallida; kök-ur nematodlarından Meloidogyne hapla ve Meloidogyne chitwoodi türleri patates bitkisinin ana zararlılarındandır. Bu türler dünya çapında patates üretiminde verim kaybına, market değerinin düşmesine ve üretim alanlarının sınırlanmasına sebebiyet vermektedirler. Karantina analizleri ve mücadele stratejilerinin belirlenebilmesi için bu türlerin doğru ve hızlı bir şekilde tanılanması gerekmektedir. Bu çalışmada; G. rostochiensis, G. pallida, M. hapla ve M. chitwoodi türlerini tanılamak için tek nükleotid polimorfizmlerine (SNP) dayanan KASP (Kompetitive Allele-Specific PCR) tekniği kullanılmıştır. GenBank (NCBI)'asından bu türlere ait diziler kullanılarak her bir tür için spesifik SNP'ler belirlenmiştir. Daha sonra G. rostochiensis için KASP-Gr, G. pallida için KASP-Gp, M. hapla için KASP-NMhp ve M. chitwoodi için KASP-Mch primerleri geliştirilmiştir. Geliştirilen primerler bu türleri birbirlerinden ve diğer bitki paraziti nematodlarından başarılı bir şekilde ayırt edebilmiştir. Bu türlerin farklı biyolojik dönemlerinden elde edilen DNA'lar kullanılarak tanılamaları yapılmıştır. Globodera rostochiensis ve G. pallida türleri tek bir kist üzerinden tanılanabilmiştir. Larva düzeyinde yapılan çalışmalarda G. rostochiensis türü için >8 adet larva DNA'sı, G. pallida türü için 1 adet larva DNA'sının bu türleri tanılamak için yeterli olduğu belirlenmiştir. Meloidogyne hapla türünü tanılamak için geliştirilen KASP-NMhp primerlerinin sadece tek 1 adet larva DNA'sında başarılı bir şekilde çalıştığı tespit edilmiştir. Meloidogyne chitwoodi türünü tanılamak için geliştirilen KASP-Mch primerlerinin >20 adet larva DNA'sında çalıştığı belirlenmiştir. Ayrıca, KASP-Mch primerleri, M. chitwoodi ile enfekteli patates yumrusunun dokusundan doğrudan izolasyon yapılarak elde edilen DNA'ları başarılı bir şekilde tanılanmıştır. Geliştirilen primerler, başta karantina laboratuvarları olmak üzere pek çok uygulama laboratuvarında bu türlerin doğru ve hızlı bir şekilde tanılanabilmesinde kullanılabilecektir.