Patlıcanda yeni nesil dizileme verileri kullanılarak indel markörlerin geliştirilmesi

Islah programlarının sürdürülebilir olması ve yeni özelliklerin kültür çeşitlerine aktarılabilmesi için genetik çeşitlilik oldukça önem arz etmektedir. Genetik çeşitliliğin belirlenmesinde,morfolojik markörlerin yetersiz kalması nedeniyle moleküler markörler tercih edilmektedir. Moleküler markör sistemlerinden, SSR (Simple Sequence Repeat/Basit Tekrarlı Diziler veya Mikrosatelitler), AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism/Çoğaltılmış Parça Uzunluğu Polimorfizmi), ISSR (Inter Simple Sequence Repeat/Basit Tekrarlı Diziler Arası Polimorfizm) ve SNP (Single Nucleotide Polymorphism) gibi markörler birçok bitki türünde genetik çeşitliliğin belirlenmesi, genetik bağlantı haritalarının oluşturulması ve genom yapısını incelemek için kullanılmaktadır. SSR, AFLP gibi markörler Poliakrilamid Jel Elektroforezi ile ayrıştırılabilmektedir. Ancak SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markörler, yeni nesil dizileme verileri kullanarak elde edilir ve yüksek maliyet gerektirmektedir. InDel markörler ise, ekleme-silme dizisi bölgesinin her iki tarafından tasarlanan spesifik primerlere dayanan polimorfizm oranı yüksek, agaroz jelde ayrıştırılabilen markörlerdir. InDel markör geliştirilerek birçok bitki türünde çeşitli çalışmalar yapılmıştır. Ancak Patlıcanda (Solanum melongena L) InDel markör geliştirmek için yapılan çalışmalar sınırlıdır ve agaroz jelde ayrışabilen ürünler veren patlıcan InDel markörlerine literatürde rastlanmamıştır. Bu çalışma ile farklı patlıcan genotiplerinin, yeni nesil dizileme verileri kullanarak InDel markörleri geliştirilmesi hedeflenmiştir. InDel bölgelerinin bulunması için Dindel yazılım programı kullanılarak InDel bölgeleri belirlenmiş ve belirlenen InDel bölgeleri ile ilişkili primerler Primer3 programı kullanılarak dizayn edilmiştir. Yeni dizayn edilen InDel markörleri patlıcan genetik kaynaklarının tanımlanması, polimorfizm durumlarının belirlenerek ileride yapılacak genetik haritalama ve ıslah çalışmalarına katkı sağlaması hedeflenmektedir.