Patojen ilişkili protein 1 (pr-1) genlerinin karpuz bitkisinde (Citrullus lanatus (Thumb.) Matsum. & Nakai) genom çapında in-silico analizi

Karpuz (Citrullus lanatus (Thumb.) Matsum. & Nakai) ekonomik açıdan önemli ve dünya çapında sevilerek tüketilen bir tarım bitkisidir. Karpuz üretiminde abiyotik faktörlerle beraber biyotik faktörler önemli derecede sınırlayıcı etkiler gösterebilmektedir. Patojen ilişkili (PR) proteinler biyotik faktörler sınırlayıcı stres faktörlerine karşı bitki savunma sisteminde önemli görevler yapan proteinlerdir. Biyotik faktörlere karşı dirençli bitkilerin geliştirilmesi ve seçimi amacıyla PR ailesinden olan PR1 proteinlerinin C. lanatus genomunda in-silico analizi gerçekleştirilmiştir. Gerçekleştirilen analizlerde 19 adet PR1 geni tanımlanmıştır. Çoğunlukla tek ekzon taşıyan genler 14-25 kDa aralığında PR1 proteinlerinin (CsPR1) üretimini sağlamaktadır. PR1 proteinlerinin genellikle suda çözünebilir ve hücre dışı boşlukta yer alan proteinler olduğu tahmin edilmiştir. Proteinler antifungal, antibakteriyel ve antiviral özellikler kazandıran CAP_PR-1 (IPR001283/ Allergen V5/ Tpx-1-related) domaini taşıdığı belirlenmiştir. Proteinlerin korunmuş motifler içerdiği görülmüştür. ClPR1 proteinlerinde patojen-protein etkileşiminde önem arz eden CAP1, CAP2, CAP3 CAP4 ve CBM bölgeleri proteinlerde yer aldığı görülmüştür. ClPR1 proteinlerinin NJ tabanlı filogenisinde 3 ana gruba ayrıldığı ve genlerinin çoğunun 2. kromozomda kümelendiği ve 2, 3, 4, 6, ve 10. kromozomlarda konumlandığı görülmüştür. Proteinlerin 3D yapıları daha 1CFE kodlu PR14A (Solanum lycopersicum) proteini homolojisine dayalı olarak üretilmiş ve analiz edilmiştir. Çalışmada özetle karpuz genomunda yer alan PR1 proteinlerinin identifikasyonu ve karakterizasyonu in-silico yöntemle gerçekleştirilerek elde edilen bilgiler daha sonraki moleküler geliştirme çalışmalarına katkı sağlanması amacıyla literatüre sunulmuştur. Anahtar Kelimeler: Biyotik faktör, bitki patojeni, tolerans, moleküler yanıt