Clustering protein interfaces and their analysis

Deneysel tekniklerdeki ilerlemeler protein-protein etkileşimleri ve arayüzdeki yapısal bölgeleriyle ilgili yapı verilerini sağlamıştır. Proteinler ve zincirler arasındaki yapısal bölge etkileşimlerini sınıflandırmak, protein-protein etkileşimlerini modelleme ve dizayn prensiplerini özetlemede kıymetli anlayış sağlayabilir. Bu tez ana olarak protein-protein etkileşimlerini arayüz yapılarını kullanarak sınıflandırma, sınıflandırılan kümeleri kullanarak farklı protein bağlanma yerlerini tespit ve analiz etme, ve yapısal bölge birleşmelerini incelemek üzerine odaklanmıştır. PDB'de 22604 adet eşsiz arayüz yapısı bulunmuş ve bu eşsiz yapılar kullanılarak çoklu bağlanma bölgesi bulunan protein çiftleri bulunmuştur. Aynı monomer veya tamamlayıcı monomer üzerindeki yapısal bölge birleşmeleri PFAM yapısal bölge sınıflandırmasına göre ilk defa analiz edilmiştir. Yapısal bölge birleşmeleri bir ağ oluşturularak temsil edilmiştir. PFAM bölge sınıflandırma analizine ek olarak, protein arayüzlerinde en çok kullanılan ve en çok farklı eşsiz yapılara sahip olan SCOP yapısal bölge türlerini herbir sınıflandırma seviyesinde bulmak için, kıvrım, aile ve süperaile SCOP yapısal bölgeleri eşsiz protein arayüz yapılarıyla eşleştirilmiştir. Bu geniş kapsamlı protein arayüz yapıları ve arayüz yapısal bölge birleşmeleri calışması bu konuda çalışan topluluk için kaynak niteliğindedir.