SH-SY5Y nöroblastoma hücresinde soğuk stresin transkriptomik etkilerinin araştırılması

Amaç: Bu çalışmanın amacı soğuk stresinin nöroblastoma hücreleri üzerine etkilerinin transkriptomik ve protein seviyeleri düzeyinde araştırmaktır. Materyal ve Metot: Çalışmada SH-SY5Y nöroblastoma hücre hattı kullanıldı. Soğuk stres modelinde kullanılan hücreler 37°C (Kontrol), 31°C ve 25°C sıcaklıklarında ve 3, 6, 12, 24 saat sürelerinde inkübe edildi. Her sürenin sonunda RNA sekans verileri ve gen ekpresyonu için RNA izolasyonu, western blot için protein ekspresyonu, apoptoz düzeyleri için Annexin-V FITC yöntemi, hücre döngüsü için PI analizi yapıldı. İstatistiksel veriler için tek yönlü ANOVA testi uygulanıp sonuçlar değerlendirildi. Bulgular: SH-SY5Y hücrelerinde düşük sıcaklığın etkileri değerlendirildi ve özellikle 25 °C'de hücre morfolojisinin belirgin şekilde bozulduğu görüldü. RNA-seq analizleri, soğuk stresinin özellikle 31 °C 3 saat ve 25 °C 24 saat koşullarında anlamlı gen baskılanmasına neden olduğu saptandı. qPCR ve Western blot seviyeleri ATF6, HSP90 ve LIN28A'nın bazı koşullarda arttığını, CARHSP1, TP53, UBA52 ve XBP1'in ise çoğunlukla azaldığı saptandı. 25 °C'de inkübasyon süresi uzadıkça apoptoz oranlarının arttığı ve hücre döngüsü fazlarında belirgin değişimler meydana geldiği belirlendi. Sonuç: Çalışmamız da düşük sıcaklık stresinin SH-SY5Y hücrelerinde morfoloji, gen/protein ifadesi, apoptoz ve hücre döngüsü üzerinde belirgin etkiler oluşturduğunu özellikle 25 °C'de hem hücresel bütünlük bozulmuş hem de genetik yanıtlar güçlü şekilde değişmiş olup soğuk stresinin SH-SY5Y hücrelerinde hem moleküler hem de fonksiyonel düzeyde yeniden programladığını ortaya koymaktadır. Anahtar Kelimeler: Kanser, Mikroçevre, Soğuk stresi, SH-SY5Y