Fidecik aşamasında bor toksisitesine maruz bırakılan Arabidopsis thaliana köklerinde tek hücre RNA dizilemesi

Bu tez kapsamında, bor (B) toksisite tolerans mekanizmasının moleküler temellerini yüksek verimde ve tek hücre düzeyinde aydınlatmak için literatürde ilk kez Arabidopsis thaliana kökleri ile tek hücreli RNA dizileme çalışması yapılmıştır. Bu kapsamda, Arabidopsis thaliana kökleri tohum çimlenmesi aşamasında farklı konsantrasyonlarda B toksisitesine maruz bırakılmıştır. Strese maruz bırakılan köklerden protoplastlar izole edilmiştir ve sonrasında tek-hücre RNA dizilemesi yapılmıştır. Kontrol, 1 mM B ve 2 mM B gruplarından oluşan 8 numune Illumina NovaSeq 6000 ile dizilenmiştir. Üç kopya boyunca toplam 1554 hücre popülasyonu geri kazanıldı. Bu tek hücreli transkriptomda quiescent center, endodermis, kaliptra (root cap), kolumella, korteks ve trikoblast dahil olmak üzere ana dokular tanımlanmıştır. B toksisitesi uygulamalarında trikoblast ve korteks tanımlanmamıştır. Ayrıca, literatürde sunulan genler ve B toksisitesi tolerans mekanizmaları ile ilgili benzer yolaklar tespit edilmekle birlikle hücre tipleri özelinde birçok yeni gen belirlenmiştir. Örneğin; çok yeni bir şekilde esasları ortaya konulan antosiyanin ve GST'lerin birincil rolü bulunan internal B toksisitesi tolerans mekanizmasının kolumella hücre kümesinde olabileceği öngörülmüştür. Ayrıca, B toksisitesi altında hücre özelinde 13 TF ailesi tanımlanmıştır. Son olarak, daha önce tespit edilen ve bu projede bulunan yeni yolakların hücre kümeleri özelinde literatüre sunulması B toksisitesi toleransıyla ile ilgili yeni transgenik ve ıslah çalışmalarına yön vermesi beklenmektedir.